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- PDB-2r8z: Crystal structure of YrbI phosphatase from Escherichia coli in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r8z
タイトルCrystal structure of YrbI phosphatase from Escherichia coli in complex with a phosphate and a calcium ion
要素3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
キーワードHYDROLASE / YrbI / phosphatase / divalent metal / phosphate / KDO8-P / HAD superfamily / Lipopolysaccharide biosynthesis / Magnesium
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / N-acylneuraminate cytidylyltransferase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KdsC family / : / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase KdsC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O6 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tsodikov, O.V. / Aggarwal, P. / Rubin, J.R. / Stuckey, J.A. / Woodard, R.W. / Biswas, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The Tail of KdsC: CONFORMATIONAL CHANGES CONTROL THE ACTIVITY OF A HALOACID DEHALOGENASE SUPERFAMILY PHOSPHATASE.
著者: Biswas, T. / Yi, L. / Aggarwal, P. / Wu, J. / Rubin, J.R. / Stuckey, J.A. / Woodard, R.W. / Tsodikov, O.V.
履歴
登録2007年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
E: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
F: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
G: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
H: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
I: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
J: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
K: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
L: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
M: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
N: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
O: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
P: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,73948
ポリマ－320,57816
非ポリマー2,16132
水46,8032598
1
M: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
N: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子

O: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
P: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子

I: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
J: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
K: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
L: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,36924
ポリマ－160,2898
非ポリマー1,08016
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24020 Å2
手法PISA
2
A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
E: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
F: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
G: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
H: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,36924
ポリマ－160,2898
非ポリマー1,08016
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23910 Å2
手法PISA
3
A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,68512
ポリマ－80,1444
非ポリマー5408
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10510 Å2
手法PISA
4
I: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
J: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
K: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
L: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,68512
ポリマ－80,1444
非ポリマー5408
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10440 Å2
手法PISA
5
E: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
F: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
G: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
H: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,68512
ポリマ－80,1444
非ポリマー5408
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10150 Å2
手法PISA
6
M: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
N: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子

O: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
P: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,68512
ポリマ－80,1444
非ポリマー5408
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_544-x,y-1/2,-z-11
Buried area10300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.370, 156.908, 114.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase / KDO 8-P phosphatase


分子量: 20036.121 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pET / 由来: (組換発現) Escherichia coli O6 (大腸菌) / 株: BL21 / 遺伝子: kdsC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B
参照: UniProt: P67653, 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.04 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→38.4 Å / Num. obs: 162029

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 9.433 / SU ML: 0.138 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23075 8524 5 %RANDOM
Rwork0.18397 ---
obs0.1863 162029 98.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.509 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å21.06 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21648 0 96 2598 24342
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02221968
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0452.01829790
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.70452874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.38424.715878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.143153814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.16815144
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.23560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0216168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1780.211965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.215098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.22606
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1760.282
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2951.514702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.535222746
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.87738144
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4284.57044
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 533 -
Rwork0.242 10595 -
obs--87.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93470.13720.00780.9056-0.08590.9116-0.04270.1630.0979-0.19680.02130.0905-0.0516-0.03060.0213-0.102-0.0032-0.0762-0.14960.0316-0.170539.63112.344-21.635
21.49890.79350.06951.8668-0.11230.7144-0.00530.2112-0.1658-0.23180.0361-0.130.09230.1029-0.0308-0.11380.029-0.0192-0.078-0.0665-0.167753.57-14.428-22.787
30.89160.138-0.09721.3664-0.62021.15250.03620.023-0.06280.0832-0.0784-0.2731-0.00670.11120.0422-0.21060.016-0.077-0.1525-0.0111-0.049269.013-7.4372.327
40.99330.0618-0.22810.96910.17421.0139-0.02390.02730.06520.0376-0.00470.0024-0.1301-0.00610.0286-0.1519-0.0187-0.0619-0.1818-0.0015-0.121755.06319.253.557
51.06260.0764-0.34251.07060.0511.36010.05630.1212-0.0247-0.0571-0.00740.15650.0827-0.0983-0.0489-0.1499-0.0291-0.0974-0.16720.0221-0.139820.957-23.316-6.385
60.99750.09460.07851.3976-0.35761.04940.0228-0.03590.14390.0678-0.00180.2154-0.0421-0.0896-0.021-0.21070.0172-0.031-0.13890.0095-0.064114.884.0875.607
71.79290.640.08461.6042-0.1180.6248-0.0185-0.27460.09440.25050.022-0.0241-0.0517-0.0705-0.0035-0.10370.0333-0.0337-0.0968-0.0381-0.190634.758-1.52327.729
81.4246-0.3285-0.29870.94610.04241.02740.0363-0.0394-0.12060.14050.0484-0.06190.2209-0.0265-0.0847-0.0712-0.0083-0.1095-0.17340.0317-0.158140.702-28.51815.654
92.90250.1986-0.13551.259-0.13971.8868-0.16070.2607-0.1216-0.55160.106-0.1497-0.0823-0.27250.05470.2215-0.02090.10710.0140.0158-0.17451.542-43.96328.999
102.11910.283-0.61081.48080.11742.0216-0.0643-0.0941-0.349-0.17420.0271-0.30250.3123-0.01550.03720.01750.02330.1518-0.06280.04780.087511.566-65.35747.863
111.6566-0.1115-0.91611.40490.30593.15920.0219-0.3498-0.16460.0229-0.0566-0.5084-0.20920.44620.0348-0.1339-0.0184-0.00040.13450.12240.117924.071-44.00565.413
122.3006-0.249-0.63671.3584-0.22192.3792-0.0284-0.03060.1580.0296-0.0149-0.209-0.67280.03510.04330.231-0.02010.0814-0.05230.0486-0.053814.139-22.63446.481
132.30460.8404-0.50072.1069-0.41481.59150.1264-0.29420.12890.0982-0.1971-0.1179-0.5386-0.25510.07070.14860.2005-0.01530.1680.0193-0.22390.924-22.195-39.71
141.2946-0.3754-0.13131.22810.09522.213-0.02910.07-0.0650.0776-0.0307-0.12560.107-0.20540.0599-0.1325-0.0153-0.04540.14560.0701-0.19414.392-50.775-30.203
151.42050.1716-0.66011.8758-0.51932.3836-0.03060.0677-0.2430.1721-0.0335-0.09970.31730.66040.0641-0.06980.1499-0.04620.3682-0.045-0.191624.04717.707-59.176
161.45330.1102-0.39921.4001-0.40661.81930.1569-0.16680.04640.3289-0.1783-0.1102-0.3730.62220.02140.0992-0.2888-0.12670.4633-0.0422-0.288727.44846.583-49.557
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA8 - 1888 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2BB8 - 1888 - 188
3X-RAY DIFFRACTION3CC8 - 1888 - 188
4X-RAY DIFFRACTION4DD8 - 1888 - 188
5X-RAY DIFFRACTION5EE8 - 1858 - 185
6X-RAY DIFFRACTION6FF8 - 1888 - 188
7X-RAY DIFFRACTION7GG8 - 1888 - 188
8X-RAY DIFFRACTION8HH8 - 1888 - 188
9X-RAY DIFFRACTION9II8 - 1888 - 188
10X-RAY DIFFRACTION10JJ8 - 1888 - 188
11X-RAY DIFFRACTION11KK8 - 1888 - 188
12X-RAY DIFFRACTION12LL8 - 1888 - 188
13X-RAY DIFFRACTION13MM8 - 1888 - 188
14X-RAY DIFFRACTION14NN8 - 1888 - 188
15X-RAY DIFFRACTION15OO8 - 1858 - 185
16X-RAY DIFFRACTION16PP8 - 1888 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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