PDB-2r8z: Crystal structure of YrbI phosphatase from Escherichia coli in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r8z

タイトル

Crystal structure of YrbI phosphatase from Escherichia coli in complex with a phosphate and a calcium ion

要素

3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / YrbI /

phosphatase (ホスファターゼ) /

divalent metal /

phosphate (リン酸塩) / KDO8-P / HAD superfamily / Lipopolysaccharide biosynthesis /

Magnesium (マグネシウム)

機能・相同性

機能・相同性情報

3-デオキシマンノオクツロソン酸-8-ホスファターゼ /

3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O6 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Tsodikov, O.V. / Aggarwal, P. / Rubin, J.R. / Stuckey, J.A. / Woodard, R.W. / Biswas, T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The Tail of KdsC: CONFORMATIONAL CHANGES CONTROL THE ACTIVITY OF A HALOACID DEHALOGENASE SUPERFAMILY PHOSPHATASE.
著者: Biswas, T. / Yi, L. / Aggarwal, P. / Wu, J. / Rubin, J.R. / Stuckey, J.A. / Woodard, R.W. / Tsodikov, O.V.

履歴

登録	2007年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r8z.cif.gz	590.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r8z.ent.gz	482 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r8z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/2r8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/2r8z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	2r8x-1 3hyc-d 2r8x-2 2r8e-d 3i6b-2 3udb-8 5era-2 6ull-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #51 - 2004年3月カルシウムポンプ (Calcium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

E: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

F: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

G: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

H: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

I: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

J: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

K: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

L: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

M: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

N: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

O: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

P: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

323 kDa, 16 ポリマー
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1

M: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

N: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

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O: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

P: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

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I: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

J: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

K: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

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2

A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

E: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

F: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

G: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

H: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

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3

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C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

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J: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

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L: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

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F: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

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M: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

N: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

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O: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

P: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.370, 156.908, 114.051
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase / KDO 8-P phosphatase 分子量: 20036.121 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pET / 由来: (組換発現) Escherichia coli O6 (大腸菌) / 株: BL21List of strains of Escherichia coli / 遺伝子: kdsC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B 参照: UniProt: P67653, 3-デオキシマンノオクツロソン酸-8-ホスファターゼ
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 2598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.04 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.1→38.4 Å / Num. obs: 162029

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 9.433 / SU ML: 0.138 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23075	8524	5 %	RANDOM
R_work	0.18397	-	-	-
obs	0.1863	162029	98.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.509 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.51 Å²	0 Å²	1.06 Å²
2-	-	-0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21648	0	96	2598	24342

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	21968
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.045	2.018	29790
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.704	5	2874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.384	24.715	878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.143	15	3814
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.168	15	144
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	3560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	16168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.178	0.2	11965
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	15098
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.176	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.168	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.124	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.295	1.5	14702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.535	2	22746
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.877	3	8144
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.428	4.5	7044
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	533	-
R_work	0.242	10595	-
obs	-	-	87.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9347	0.1372	0.0078	0.9056	-0.0859	0.9116	-0.0427	0.163	0.0979	-0.1968	0.0213	0.0905	-0.0516	-0.0306	0.0213	-0.102	-0.0032	-0.0762	-0.1496	0.0316	-0.1705	39.631	12.344	-21.635
2	1.4989	0.7935	0.0695	1.8668	-0.1123	0.7144	-0.0053	0.2112	-0.1658	-0.2318	0.0361	-0.13	0.0923	0.1029	-0.0308	-0.1138	0.029	-0.0192	-0.078	-0.0665	-0.1677	53.57	-14.428	-22.787
3	0.8916	0.138	-0.0972	1.3664	-0.6202	1.1525	0.0362	0.023	-0.0628	0.0832	-0.0784	-0.2731	-0.0067	0.1112	0.0422	-0.2106	0.016	-0.077	-0.1525	-0.0111	-0.0492	69.013	-7.437	2.327
4	0.9933	0.0618	-0.2281	0.9691	0.1742	1.0139	-0.0239	0.0273	0.0652	0.0376	-0.0047	0.0024	-0.1301	-0.0061	0.0286	-0.1519	-0.0187	-0.0619	-0.1818	-0.0015	-0.1217	55.063	19.25	3.557
5	1.0626	0.0764	-0.3425	1.0706	0.051	1.3601	0.0563	0.1212	-0.0247	-0.0571	-0.0074	0.1565	0.0827	-0.0983	-0.0489	-0.1499	-0.0291	-0.0974	-0.1672	0.0221	-0.1398	20.957	-23.316	-6.385
6	0.9975	0.0946	0.0785	1.3976	-0.3576	1.0494	0.0228	-0.0359	0.1439	0.0678	-0.0018	0.2154	-0.0421	-0.0896	-0.021	-0.2107	0.0172	-0.031	-0.1389	0.0095	-0.0641	14.88	4.087	5.607
7	1.7929	0.64	0.0846	1.6042	-0.118	0.6248	-0.0185	-0.2746	0.0944	0.2505	0.022	-0.0241	-0.0517	-0.0705	-0.0035	-0.1037	0.0333	-0.0337	-0.0968	-0.0381	-0.1906	34.758	-1.523	27.729
8	1.4246	-0.3285	-0.2987	0.9461	0.0424	1.0274	0.0363	-0.0394	-0.1206	0.1405	0.0484	-0.0619	0.2209	-0.0265	-0.0847	-0.0712	-0.0083	-0.1095	-0.1734	0.0317	-0.1581	40.702	-28.518	15.654
9	2.9025	0.1986	-0.1355	1.259	-0.1397	1.8868	-0.1607	0.2607	-0.1216	-0.5516	0.106	-0.1497	-0.0823	-0.2725	0.0547	0.2215	-0.0209	0.1071	0.014	0.0158	-0.1745	1.542	-43.963	28.999
10	2.1191	0.283	-0.6108	1.4808	0.1174	2.0216	-0.0643	-0.0941	-0.349	-0.1742	0.0271	-0.3025	0.3123	-0.0155	0.0372	0.0175	0.0233	0.1518	-0.0628	0.0478	0.0875	11.566	-65.357	47.863
11	1.6566	-0.1115	-0.9161	1.4049	0.3059	3.1592	0.0219	-0.3498	-0.1646	0.0229	-0.0566	-0.5084	-0.2092	0.4462	0.0348	-0.1339	-0.0184	-0.0004	0.1345	0.1224	0.1179	24.071	-44.005	65.413
12	2.3006	-0.249	-0.6367	1.3584	-0.2219	2.3792	-0.0284	-0.0306	0.158	0.0296	-0.0149	-0.209	-0.6728	0.0351	0.0433	0.231	-0.0201	0.0814	-0.0523	0.0486	-0.0538	14.139	-22.634	46.481
13	2.3046	0.8404	-0.5007	2.1069	-0.4148	1.5915	0.1264	-0.2942	0.1289	0.0982	-0.1971	-0.1179	-0.5386	-0.2551	0.0707	0.1486	0.2005	-0.0153	0.168	0.0193	-0.2239	0.924	-22.195	-39.71
14	1.2946	-0.3754	-0.1313	1.2281	0.0952	2.213	-0.0291	0.07	-0.065	0.0776	-0.0307	-0.1256	0.107	-0.2054	0.0599	-0.1325	-0.0153	-0.0454	0.1456	0.0701	-0.1941	4.392	-50.775	-30.203
15	1.4205	0.1716	-0.6601	1.8758	-0.5193	2.3836	-0.0306	0.0677	-0.243	0.1721	-0.0335	-0.0997	0.3173	0.6604	0.0641	-0.0698	0.1499	-0.0462	0.3682	-0.045	-0.1916	24.047	17.707	-59.176
16	1.4533	0.1102	-0.3992	1.4001	-0.4066	1.8193	0.1569	-0.1668	0.0464	0.3289	-0.1783	-0.1102	-0.373	0.6222	0.0214	0.0992	-0.2888	-0.1267	0.4633	-0.0422	-0.2887	27.448	46.583	-49.557

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	8 - 188	8 - 188
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	8 - 188	8 - 188
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	8 - 188	8 - 188
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	8 - 188	8 - 188
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	8 - 185	8 - 185
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	8 - 188	8 - 188
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	8 - 188	8 - 188
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	8 - 188	8 - 188
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	8 - 188	8 - 188
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	8 - 188	8 - 188
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	K	8 - 188	8 - 188
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	L	8 - 188	8 - 188
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	M	8 - 188	8 - 188
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	N	8 - 188	8 - 188
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	O	8 - 185	8 - 185
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	P	8 - 188	8 - 188

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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