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Yorodumi- PDB-3ij5: 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of 3-deoxy-D-manno-oct... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ij5 | ||||||
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Title | 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase from Yersinia pestis | ||||||
Components | 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase / idp02274 / Lipopolysaccharide biosynthesis / Magnesium / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Yersinia pestis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase from Yersinia pestis Authors: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ij5.cif.gz | 169.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ij5.ent.gz | 133.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ij5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/3ij5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/3ij5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2r8yS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23063.264 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia pestis (bacteria) / Strain: CO92 / Gene: kdsC, NP_407035, y0150, YPO3578, YP_3833 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-DE3 References: UniProt: Q8ZB47, 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Protein solution: 7.3 mg/mL, 0.5M Sodium chloride, TRIS-HCl (pH 8.3); Screen solution: Classics II, drop D7, 0.1M BIS-TRIS (pH 6.5), 25% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 22, 2009 / Details: Beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→30 Å / Num. all: 60372 / Num. obs: 60372 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 18.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→1.98 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 2886 / % possible all: 96.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2R8Y Resolution: 1.95→29.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 6.834 / SU ML: 0.089 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Individual Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.136 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.078 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→29.91 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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