PDB-3myt: Crystal structure of Ketosteroid Isomerase D38HD99N from Pseudomo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3myt

タイトル

Crystal structure of Ketosteroid Isomerase D38HD99N from Pseudomonas testosteroni (tKSI)

要素

Steroid Delta-isomerase

キーワード

ISOMERASE / lipid metabolism / steroid metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

steroid Delta-isomerase / steroid Delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Comamonas testosteroni (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.961 Å

データ登録者

Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Schwans, J. / Sunden, F. / Herschlag, D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D38HD99N from Pseudomonas Testosteroni (tKSI)
著者: Schwans, J. / Sunden, F. / Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Herschlag, D.

履歴

登録	2010年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3myt.cif.gz	216.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3myt.ent.gz	175.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3myt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3myt_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3myt_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3myt_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	3myt_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/3myt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/3myt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8choS 3m8c 3mhe 3mki S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fug-3 1fpu-2 3iue-3 3ip9-d 2hiw-2 5bwn-d 3wgj-1 3pj9-2 6cn2-d 3ip7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

56.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Steroid Delta-isomerase

C: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.2 kDa, 2 ポリマー
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3

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 8 ポリマー
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4

B: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

A: Steroid Delta-isomerase

C: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.274, 64.274, 504.199
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-407- HOH

#1: タンパク質	Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase 分子量: 13434.177 Da / 分子数: 4 / 変異: D38HD99N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア) 株: ATC 11996 / 遺伝子: ksi / プラスミド: pKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: P00947, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EQU / EQUILENIN / エキレニン分子量: 266.334 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 40 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2mM DTT, 1.8mM equilenin, pH 7.2, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	1	0.97946
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	2	0.97946

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD	2010年3月25日
MARMOSAIC 325 mm CCD	2	CCD	2010年1月5日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si single crystal	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1
2	Si double crystal	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.961→29.348 Å / Num. all: 45766 / Num. obs: 45766 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 11.7 % / R_sym value: 0.142 / Net I/σ(I): 14

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.961-2.07	6.8	0.865	0.802	1	40565	5946	0.31	0.87	0.802	1.9	91.1
2.07-2.19	9.3	0.62	0.586	1.3	57408	6182	0.19	0.62	0.586	3.2	99.7
2.19-2.34	9.7	0.59	0.557	1.3	56852	5870	0.19	0.59	0.557	3.7	99.8
2.34-2.53	10.7	0.371	0.353	2.2	58887	5523	0.11	0.37	0.353	6.2	99.9
2.53-2.77	11.8	0.267	0.255	3.1	60359	5130	0.08	0.27	0.255	9.1	100
2.77-3.1	12.9	0.169	0.163	4.8	60487	4672	0.05	0.17	0.163	14.8	100
3.1-3.58	14.7	0.103	0.099	7.7	61282	4182	0.03	0.1	0.099	25.2	100
3.58-4.38	16.2	0.08	0.077	9.2	57898	3577	0.02	0.08	0.077	35.6	100
4.38-6.2	18.2	0.06	0.059	11.8	52791	2903	0.01	0.06	0.059	42	100
6.2-29.35	17.3	0.042	0.041	16.9	30762	1781	0.01	0.04	0.041	45.8	99.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.2 Å	29.36 Å
Translation	2.2 Å	29.36 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.15	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
Web-Ice		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 8CHO

8cho

解像度: 1.961→29.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.504 / SU ML: 0.133 / SU R Cruickshank DPI: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28184	2219	5 %	RANDOM
R_work	0.22336	-	-	-
obs	0.2262	41851	95.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.452 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9 Å²	0.45 Å²	0 Å²
2-	-	0.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.961→29.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3776	0	159	324	4259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	4173
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.049	1.977	5703
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.695	5	529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.005	23.333	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.295	15	623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.239	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	621
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.231	1.5	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.06	2	4146
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.17	3	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.725	4.5	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.961→2.012 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	146	-
R_work	0.304	2667	-
obs	-	-	84.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1879	0.0782	-0.0521	0.114	0.1829	0.5609	-0.0051	-0.0077	0.0144	0.0071	0.0171	0.0134	0.0327	0.0464	-0.012	0.0063	-0.0008	-0.0064	0.0229	0.0073	0.0222	22.4091	17.6303	2.3946
2	0.1534	-0.0985	-0.1982	0.2179	-0.0633	0.5009	-0.0031	-0.013	0.0261	-0.0212	0.0257	-0.0182	0.0508	-0.0054	-0.0226	0.0237	-0.0059	0.004	0.0121	-0.0004	0.0159	13.508	12.3761	-39.4264
3	0.2389	0.0652	0.0333	0.0653	-0.1264	0.4391	-0.0287	0.0343	-0.0119	-0.0013	0.0195	-0.0028	-0.0049	0.0261	0.0092	0.0148	0.0144	0.0046	0.0406	0.004	0.0048	37.7782	22.8715	-15.426
4	0.2111	-0.0359	-0.1647	0.0319	0.1329	0.569	0.0281	0.0067	-0.0205	-0.0104	-0.003	-0.0099	-0.0405	-0.0283	-0.0251	0.0095	-0.0002	0.0018	0.0137	0.0047	0.025	-4.5592	27.68	-34.6955

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 125
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 125
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 125

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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