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- PDB-3mv8: Crystal Structure of the TK3-Gln55His TCR in complex with HLA-B*3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mv8
タイトルCrystal Structure of the TK3-Gln55His TCR in complex with HLA-B*3501/HPVG
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
  • HPVG peptide from Epstein-Barr nuclear antigen 1
  • alpha chain of the TK3 TCR
  • beta chain of the TK3 TCR
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA B*3501 / EBV / TCR / TCRpMHC complex / HPVG / TCR polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell PML body / viral latency / regulation of interleukin-12 production / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / enzyme-substrate adaptor activity / regulation of interleukin-6 production / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication ...host cell PML body / viral latency / regulation of interleukin-12 production / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / enzyme-substrate adaptor activity / regulation of interleukin-6 production / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / defense response / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein-folding chaperone binding / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / protein refolding / endonuclease activity / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / DNA-binding transcription factor activity / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / E2/EBNA1, C-terminal / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / E2/EBNA1, C-terminal / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Epstein-Barr nuclear antigen 1 / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 2fyy, 3ffc / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gras, S. / Chen, Z. / Miles, J.J. / Liu, Y.C. / Bell, M.J. / Sullivan, L.C. / Kjer-Nielsen, L. / Brennan, R.M. / Burrows, J.M. / Neller, M.A. ...Gras, S. / Chen, Z. / Miles, J.J. / Liu, Y.C. / Bell, M.J. / Sullivan, L.C. / Kjer-Nielsen, L. / Brennan, R.M. / Burrows, J.M. / Neller, M.A. / Khanna, R. / Purcell, A.W. / Brooks, A.G. / McCluskey, J. / Rossjohn, J. / Burrows, S.R.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2010
タイトル: Allelic polymorphism in the T cell receptor and its impact on immune responses
著者: Gras, S. / Chen, Z. / Miles, J.J. / Liu, Y.C. / Bell, M.J. / Sullivan, L.C. / Kjer-Nielsen, L. / Brennan, R.M. / Burrows, J.M. / Neller, M.A. / Khanna, R. / Purcell, A.W. / Brooks, A.G. / ...著者: Gras, S. / Chen, Z. / Miles, J.J. / Liu, Y.C. / Bell, M.J. / Sullivan, L.C. / Kjer-Nielsen, L. / Brennan, R.M. / Burrows, J.M. / Neller, M.A. / Khanna, R. / Purcell, A.W. / Brooks, A.G. / McCluskey, J. / Rossjohn, J. / Burrows, S.R.
履歴
登録2010年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HPVG peptide from Epstein-Barr nuclear antigen 1
D: alpha chain of the TK3 TCR
E: beta chain of the TK3 TCR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7516
ポリマ－94,6555
非ポリマー961
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.760, 63.610, 88.140
Angle α, β, γ (deg.)101.12, 97.60, 112.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain / HLA B*3501 heavy chain / MHC class I antigen B*35


分子量: 31940.246 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30685, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 alpha chain of the TK3 TCR


分子量: 22185.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#5: タンパク質 beta chain of the TK3 TCR


分子量: 27322.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Q55H mutant / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド HPVG peptide from Epstein-Barr nuclear antigen 1


分子量: 1327.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 参照: UniProt: P03211

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非ポリマー , 2種, 202分子

#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAIN D, E DO NOT CURRENTLY EXIST IN UNP DATABASE. CHAIN D: ...THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAIN D, E DO NOT CURRENTLY EXIST IN UNP DATABASE. CHAIN D: TRAV20/TRAJ58 TCR ALPHA CHAIN CHAIN E : TRBV9 WITH THE MUTATION Q55H, TRBJ2-2 TCR BETA CHAIN THE ABOVE CODES ARE FROM IMGT DATABASES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 15%PEG 3350, 0.2M LiSO4, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.979457 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979457 Å / 相対比: 1
Reflection数: 194018 / Rmerge(I) obs: 0.097 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 49428 / % possible obs: 98.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
610169799.410.04
56153999.210.043
45352699.110.045
34987598.810.063
2.93181698.410.104
2.82.9208498.310.125
2.72.8244598.110.16
2.62.7273798.110.177
2.52.6323897.910.219
2.42.5383797.910.268
2.32.4449797.510.33
2.22.3530197.510.381
2.12.2637097.310.477
反射解像度: 2.1→100 Å / Num. obs: 49428 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 30.885 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.1-2.20.477325191637097.3
2.2-2.30.3813.720970530197.5
2.3-2.40.334.417791449797.5
2.4-2.50.2685.215153383797.9
2.5-2.60.2196.412752323897.9
2.6-2.70.1777.810818273798.1
2.7-2.80.168.69617244598.1
2.8-2.90.12510.68161208498.3
2.9-30.10412.57129181698.4
3-40.06318.938458987598.8
4-50.04525.513542352699.1
5-60.04325.55875153999.2
6-100.0427.76727169799.4
100.0332183446698.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 2fyy, 3ffc / 解像度: 2.1→84.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 16.111 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 2513 5.1 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.231 49426 98.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.04 Å2 / Biso mean: 30.518 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0.37 Å20.59 Å2
2---1.28 Å20.61 Å2
3---1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→84.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6672 0 5 201 6878
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0217063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0461.9429628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9255867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.81123.859368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.468151153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7011556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21003
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2441.54272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.46926931
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.65632791
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.094.52697
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 178 -
Rwork0.292 3459 -
all-3637 -
obs--97.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9353-0.27631.32663.0801-1.09434.2234-0.07-0.0253-0.0612-0.1857-0.0701-0.28430.30480.04240.14020.09410.01840.03060.0411-0.03040.11910.947827.50552.7562
22.71970.3752-0.72521.5257-0.26081.23850.01420.04730.0729-0.0928-0.015-0.0639-0.0028-0.01690.00080.08560.0069-0.03190.0315-0.0340.07622.391530.99255.8375
31.19090.0434-0.49521.36570.41381.81590.02930.26130.0181-0.36310.0027-0.0346-0.1208-0.1002-0.03210.16410.0018-0.02950.10530.02340.12172.551632.7593-9.8852
45.7661.71411.93124.17540.51546.4624-0.04730.6836-0.0108-0.37210.29070.32460.6396-0.8063-0.24340.2552-0.1309-0.02630.35660.0390.0522-3.398214.38-26.3192
53.84450.5549-5.41821.9781-0.412917.19690.20980.09680.17410.24590.04550.4680.1857-0.9672-0.25520.2096-0.01890.02730.14340.00510.24322.19499.9015-4.8156
63.4219-0.5046-1.94621.41230.78854.2665-0.00310.195-0.1253-0.1775-0.2225-0.27350.17980.35550.22560.20540.08150.08310.16610.02710.211512.542212.017-13.3163
77.1418-1.7836-0.17136.68120.0010.3236-0.1279-1.5452-0.48430.4460.0163-1.03950.39070.65590.11160.63570.71650.17231.56030.29620.414420.3486.4319-8.7131
80.3532-0.94-1.24312.99742.54245.60110.0392-0.02970.0234-0.1266-0.152-0.2301-0.04510.48090.11280.2510.01470.01840.22450.0190.18738.895617.694-6.3527
93.7125-0.262-2.40032.35832.02655.952-0.7866-0.0651-0.77410.11240.15310.15321.86820.55910.63360.76230.17950.2040.16920.03130.380411.65152.2132-12.6883
101.38651.1008-1.20772.0269-3.38546.20210.08220.02880.1411-0.1464-0.0880.02470.3910.30650.00580.11290.0289-0.04390.1969-0.05850.17696.179639.70487.2971
111.17192.7160.495511.87472.41180.49580.188-0.0514-0.09290.2271-0.1076-0.40980.0356-0.023-0.08040.1408-0.0013-0.05170.1276-0.02060.11230.167835.22115.5483
122.4626-1.1867-0.02622.136-1.31471.15770.0362-0.0657-0.1027-0.1214-0.1892-0.10010.02790.21630.15290.1302-0.0428-0.00760.10580.00640.20227.013473.23313.5335
131.17-0.9491-0.01523.95911.26511.3415-0.00620.00240.0228-0.161-0.13940.2631-0.0399-0.05990.14560.0658-0.026-0.0150.03830.00340.15650.341262.608913.0091
140.19690.41180.01013.24931.34781.25960.0383-0.08110.03540.09390.0143-0.0921-0.12710.0472-0.05260.0808-0.003-0.01790.0997-0.00770.11797.613877.610529.3755
152.45513.12760.13753.98590.17580.0134-0.11670.1143-0.3108-0.12570.1302-0.39620.03480.0414-0.01350.41840.10450.0820.3997-0.02430.294816.53289.334428.1818
163.45741.99090.49085.30230.61022.2496-0.07180.2477-0.6768-0.39860.19530.48070.0088-0.3081-0.12350.2466-0.0243-0.05610.14530.00180.32743.283983.700633.0608
172.5671-1.8866-0.17235.6516-3.66934.747-0.0509-0.32890.53190.4617-0.2675-0.7206-0.330.32390.31840.1535-0.0651-0.02720.1239-0.04720.192914.623895.614235.7145
183.98491.25071.63121.8051.13941.81240.0468-0.07510.02810.1627-0.0439-0.08380.1138-0.0319-0.00290.09540.0023-0.02740.0022-0.00240.101114.653450.192527.6869
192.2717-0.78480.47163.8483-0.53241.1138-0.0197-0.1732-0.20850.12610.16620.2452-0.0957-0.055-0.14650.0979-0.01380.02260.06080.00580.099510.445978.549542.1175
209.9013-3.1805-1.98555.6684-0.87694.1868-0.1837-0.6282-0.6880.5720.2166-0.05340.10540.2611-0.03280.1703-0.0361-0.02490.12390.07550.183115.704569.037749.5325
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2A47 - 144
3X-RAY DIFFRACTION3A145 - 196
4X-RAY DIFFRACTION4A197 - 276
5X-RAY DIFFRACTION5B0 - 10
6X-RAY DIFFRACTION6B11 - 36
7X-RAY DIFFRACTION7B37 - 52
8X-RAY DIFFRACTION8B53 - 70
9X-RAY DIFFRACTION9B71 - 99
10X-RAY DIFFRACTION10C1 - 7
11X-RAY DIFFRACTION11C8 - 11
12X-RAY DIFFRACTION12D5 - 20
13X-RAY DIFFRACTION13D21 - 92
14X-RAY DIFFRACTION14D93 - 142
15X-RAY DIFFRACTION15D143 - 155
16X-RAY DIFFRACTION16D156 - 175
17X-RAY DIFFRACTION17D176 - 204
18X-RAY DIFFRACTION18E2 - 114
19X-RAY DIFFRACTION19E115 - 204
20X-RAY DIFFRACTION20E205 - 243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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