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万見
- PDB-3mv5: Crystal structure of Akt-1-inhibitor complexes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mv5
タイトルCrystal structure of Akt-1-inhibitor complexes
要素
  • GSK3-beta peptide
  • v-akt murine thymoma viral oncogene homolog 1 (AKT1)
キーワードTRANSFERASE / kinase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


glycogen cell differentiation involved in embryonic placenta development / regulation of tRNA methylation / response to insulin-like growth factor stimulus / potassium channel activator activity / negative regulation of protein localization to lysosome / positive regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / maintenance of protein location in mitochondrion / negative regulation of lymphocyte migration / cellular response to decreased oxygen levels / regulation of type B pancreatic cell development ...glycogen cell differentiation involved in embryonic placenta development / regulation of tRNA methylation / response to insulin-like growth factor stimulus / potassium channel activator activity / negative regulation of protein localization to lysosome / positive regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / maintenance of protein location in mitochondrion / negative regulation of lymphocyte migration / cellular response to decreased oxygen levels / regulation of type B pancreatic cell development / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / maternal placenta development / Negative regulation of the PI3K/AKT network / negative regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane / establishment of protein localization to mitochondrion / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / AKT phosphorylates targets in the nucleus / regulation of glycogen biosynthetic process / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / neuron projection organization / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / beta-catenin destruction complex disassembly / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of cilium assembly / positive regulation of I-kappaB phosphorylation / superior temporal gyrus development / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / response to fluid shear stress / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / positive regulation of organ growth / maintenance of cell polarity / positive regulation of protein localization to centrosome / : / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / MTOR signalling / fibroblast migration / interleukin-18-mediated signaling pathway / positive regulation of sodium ion transport / positive regulation of cilium assembly / mammary gland epithelial cell differentiation / negative regulation of endopeptidase activity / negative regulation of protein acetylation / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / beta-catenin destruction complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / positive regulation of glucose metabolic process / tau-protein kinase / CRMPs in Sema3A signaling / heart valve development / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / regulation of microtubule-based process / response to growth factor / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of protein localization to cell surface / regulation of protein export from nucleus / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / peripheral nervous system myelin maintenance / Maturation of nucleoprotein / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / cellular response to interleukin-3 / positive regulation of fibroblast migration / cell migration involved in sprouting angiogenesis / response to growth hormone / Wnt signalosome / negative regulation of protein localization to nucleus / anoikis / glycogen biosynthetic process / negative regulation of TOR signaling / regulation of long-term synaptic potentiation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Maturation of nucleoprotein / AKT phosphorylates targets in the cytosol / labyrinthine layer blood vessel development / execution phase of apoptosis / response to food / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of cell-matrix adhesion / response to UV-A / regulation of myelination / regulation of postsynapse organization / regulation of axon extension / regulation of neuron projection development / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA
類似検索 - 分子機能
Protein kinase B alpha, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. ...Protein kinase B alpha, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-XFE / RAC-alpha serine/threonine-protein kinase / RAC-alpha serine/threonine-protein kinase / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Pandit, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Design of selective, ATP-competitive inhibitors of Akt.
著者: Freeman-Cook, K.D. / Autry, C. / Borzillo, G. / Gordon, D. / Barbacci-Tobin, E. / Bernardo, V. / Briere, D. / Clark, T. / Corbett, M. / Jakubczak, J. / Kakar, S. / Knauth, E. / Lippa, B. / ...著者: Freeman-Cook, K.D. / Autry, C. / Borzillo, G. / Gordon, D. / Barbacci-Tobin, E. / Bernardo, V. / Briere, D. / Clark, T. / Corbett, M. / Jakubczak, J. / Kakar, S. / Knauth, E. / Lippa, B. / Luzzio, M.J. / Mansour, M. / Martinelli, G. / Marx, M. / Nelson, K. / Pandit, J. / Rajamohan, F. / Robinson, S. / Subramanyam, C. / Wei, L. / Wythes, M. / Morris, J.
履歴
登録2010年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: v-akt murine thymoma viral oncogene homolog 1 (AKT1)
C: GSK3-beta peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0044
ポリマ－40,7312
非ポリマー2722
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area15080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.706, 55.417, 93.287
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 v-akt murine thymoma viral oncogene homolog 1 (AKT1)


分子量: 39608.094 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase Domain / 変異: S473D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKT-1, AKT1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: B2RAM5, UniProt: P31749*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド GSK3-beta peptide


分子量: 1123.220 Da / 分子数: 1 / 断片: 10 residue peptide from GSK3-b (Residues 3-12) / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P49841*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-XFE / (3R)-1-(5-methyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)pyrrolidin-3-amine


分子量: 217.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.23 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Vari-max optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→90.54 Å / Num. obs: 14895 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.13 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.5 / Scaling rejects: 353
反射 シェル解像度: 2.47→2.56 Å / 冗長度: 2.68 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. measured all: 2986 / Num. unique all: 1104 / Χ2: 1.19 / % possible all: 72.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK8.0SSIデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.47→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / WRfactor Rfree: 0.246 / WRfactor Rwork: 0.18 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.804 / SU B: 10.355 / SU ML: 0.233 / SU R Cruickshank DPI: 0.478 / SU Rfree: 0.316 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 758 5.1 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.205 14880 96.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.94 Å2 / Biso mean: 32.119 Å2 / Biso min: 4.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.22 Å20 Å2-0.51 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2670 0 17 56 2743
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1861.9753714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7495325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.823.333135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.72615496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7391520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022091
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.21214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.21833
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.130.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0731.51676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.82522613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.831252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1224.51101
LS精密化 シェル解像度: 2.47→2.536 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.508 25 -
Rwork0.265 713 -
all-738 -
obs--64.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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