PDB-3mq2: Crystal Structure of 16S rRNA Methyltranferase KamB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mq2

タイトル

Crystal Structure of 16S rRNA Methyltranferase KamB

要素

16S rRNA methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Methyltranferase / Ribosomal / 16S / Antibiotic Resistance / Aminoglycoside / S-Adenosyl-L-Methionine

機能・相同性

Vaccinia Virus protein VP39 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. DSM 40477 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Macmaster, R.A.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Structural insights into the function of aminoglycoside-resistance A1408 16S rRNA methyltransferases from antibiotic-producing and human pathogenic bacteria.
著者: Macmaster, R. / Zelinskaya, N. / Savic, M. / Rankin, C.R. / Conn, G.L.

履歴

登録	2010年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mq2.cif.gz	185.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mq2.ent.gz	147.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mq2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mq2_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mq2_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3mq2_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	3mq2_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/3mq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/3mq2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mteC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bxc-3 6btq-2 3bxc-8 2arl-d 1iad-d 3bxc-1 4ppk-3 1mou-d 4pfr-2 6b5x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 16S rRNA methyltransferase

B: 16S rRNA methyltransferase

ヘテロ分子

48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 16S rRNA methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 16S rRNA methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.302, 64.112, 72.069
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	16S rRNA methyltransferase 分子量: 23971.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. DSM 40477 (バクテリア) 遺伝子: kamb / プラスミド: pET44 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AS PER THE AUTHORS THE SEQUENCE DEPOSITED IN THIS ENTRY IS THE FULL LENGTH PROTEIN LISTED IN UNP ...AS PER THE AUTHORS THE SEQUENCE DEPOSITED IN THIS ENTRY IS THE FULL LENGTH PROTEIN LISTED IN UNP ENTRY Q2MFK4. HOWEVER, Q2MFK4 HAS NOT BEEN UPDATED WITH THE FULL SEQUENCE OF THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING THE PDB ENTRY 3MQ2.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.25M Potassium thiocyanate, 24% PEG 2000 monomethylether, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2009年4月10日
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2009年6月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 46638 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 16.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.8

反射シェル

解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	モデル構築
PHENIX	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
PHENIX	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.69→25.081 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2097	2338	5.01 %
R_work	0.1739	-	-
obs	0.1757	46637	97.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.737 Å² / k_sol: 0.442 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→25.081 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3332	0	52	290	3674

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3585
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.106	4896
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.675	1376
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	640

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.69-1.7506	0.2258	200	0.1729	4067	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7506-1.8206	0.2125	232	0.1661	4246	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8206-1.9035	0.2187	203	0.1598	4406	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9035-2.0038	0.2231	247	0.1534	4422	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0038-2.1293	0.1808	223	0.1531	4465	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1293-2.2936	0.1925	260	0.1555	4510	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2936-2.5242	0.2086	241	0.1646	4474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5242-2.889	0.2177	227	0.18	4549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.889-3.638	0.207	244	0.185	4555	X-RAY DIFFRACTION	100
3.638-25.0842	0.2091	261	0.1837	4605	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	手法	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	refined	0.679	-0.2607	0.1597	1.1391	0.1549	0.8517	-0.1009	0.0536	0.0057	0.0232	0.0632	-0.1394	0.0202	0.1059	-0.0252	0.0547	-0.0128	0.0021	0.0853	-0.0069	0.0709	-2.9405	-8.1642	25.8202
2		0.2428	0.2559	0.2273	0.9075	0.4068	0.9867	-0.0424	-0.0244	0.0187	-0.1045	-0.0197	0.026	-0.0922	0.0337	0.0314	0.073	0.0076	0.0076	0.0503	0.0061	0.0497
3		0.5296	0.2703	0.236	0.881	0.5004	0.8541	-0.0731	0.1033	0.0171	-0.3488	0.0699	0.0442	-0.183	0.0103	0.0525	0.1534	0.0162	-0.0334	0.0745	0.0062	0.048
4		0.7589	-0.2323	0.1574	0.9359	-0.0247	0.7556	-0.0287	-0.0673	-0.0574	0.0402	0.039	0.153	-0.0634	-0.0732	0.0093	0.0397	-0.0069	0.0029	0.0806	0.0093	0.0872
5		0.3837	0.2989	-0.0772	0.7008	0.0008	0.5656	-0.0232	-0.05	-0.0688	0.0603	0.0138	-0.0813	0.034	-0.0257	0.0046	0.0475	0.0086	0.0065	0.048	0.0034	0.0535
6		0.6343	0.603	-0.1673	0.9305	-0.1354	0.5216	-0.0843	0.0205	-0.1004	-0.1139	0.0828	-0.2214	0.0229	0.0043	0.0043	0.0619	-0.0017	0.0385	0.0559	-0.0021	0.0895

精密化 TLSグループ

Selection details: chain B and resid 156:215)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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