PDB-3mo1: Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mo1

タイトル

Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment

要素

ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN
ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / HIV / gp41 MPER / 13H11 / 2F5 / Z13 / 4E10 / Fab antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nicely, N.I. / Dennison, S.M. / Kelsoe, G. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Haynes, B.F.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Non-Neutralizing HIV-1 gp41 Envelope Antibody Demonstrates Neutralization Mechanism of gp41 Antibodies
著者: Nicely, N.I. / Dennison, S.M. / Kelsoe, G. / Ueda, Y. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Haynes, B.F.

履歴

登録	2010年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mo1.cif.gz	191.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mo1.ent.gz	153.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mo1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/3mo1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/3mo1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3mnwC 3mnzC 3moaC 3mobC 3modC 3mnvS 1tjh S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rlm-5 5mp5-4 1xf3-2 3nzh-d 2g2r-1 5ggq-d 6wj0-d 3e8u-d 5mvj-4 2mcp-d 3l7f-3 3g6j-3 3uo1-d 6dca-2 5waw-d 5mp1-2 1gpo-1 1ucb-d 1nd0-3 4kte-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN

B: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.365, 60.436, 80.118
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.22, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-233- ACT
2	1	B-234- SO4
3	1	B-394- HOH

詳細

The biological unit is a heterodimer of one light chain (A) and one heavy chain fragment (B). The biological unit in this structure is the same as the asymmetric unit.

#1: 抗体	ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN 分子量: 24719.545 Da / 分子数: 1 / 断片: FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus,Homo sapiens / 細胞株 (発現宿主): HEK293T CELL / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN 分子量: 23521.475 Da / 分子数: 1 / 断片: FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus,Homo sapiens / 細胞株 (発現宿主): HEK293T CELL / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2 詳細: Reservoir: Qiagen AmSO4 suite condition with 2 M ammonium sulfate, 0.2 M ammonium acetate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→42.3 Å / Num. all: 40173 / Num. obs: 38807 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 13.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_271)	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MNV

3mnv

解像度: 1.8→40.05 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.25 / 位相誤差: 23.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2208	1997	5.16 %
R_work	0.1869	-	-
obs	0.1886	38721	96.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.331 Å² / k_sol: 0.377 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.5595 Å²	0 Å²	0.8531 Å²
2-	-	6.5605 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3323	0	25	345	3693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3464
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.155	4702
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.112	1226
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	529
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	599

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.845	0.2901	144	0.2185	2637	X-RAY DIFFRACTION	97
1.845-1.8949	0.2495	141	0.2062	2605	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8949-1.9507	0.2758	141	0.2141	2621	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9507-2.0136	0.2519	142	0.1841	2597	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0136-2.0856	0.2152	140	0.1752	2573	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0856-2.1691	0.2249	141	0.1743	2582	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1691-2.2678	0.2585	141	0.1982	2564	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2678-2.3874	0.2528	138	0.196	2561	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3874-2.5369	0.266	140	0.195	2567	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5369-2.7328	0.231	142	0.1964	2619	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7328-3.0077	0.2537	142	0.2029	2613	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0077-3.4427	0.2366	145	0.1846	2673	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4427-4.3366	0.1767	149	0.1506	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3366-40.0598	0.1586	151	0.1664	2778	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1767	-2.5537	-3.0604	3.1727	3.339	3.8165	-0.095	-1.0126	0.812	0.067	0.4857	-0.4009	0.1216	0.699	-0.4024	0.1968	0.0452	-0.0377	0.3176	-0.1204	0.2169	-11.9907	241.1655	32.346
2	3.6644	-0.9337	-1.3216	1.1375	0.4758	0.5967	-0.2068	-0.395	-0.1984	-0.0145	0.2218	0.0616	0.0825	0.0767	0.0497	0.2227	0.0877	-0.0007	0.2164	0.006	0.12	-16.7702	230.4173	30.1585
3	3.9962	-1.3751	-0.6158	0.9572	1.0025	0.6998	0.0313	-0.1281	0.2842	0.0021	0.0694	-0.1703	0.1538	0.1338	-0.0974	0.2075	0.0516	-0.0012	0.2263	-0.0467	0.1409	-10.7202	233.8277	26.4327
4	3.0295	-2.1269	-1.6301	1.4629	0.9571	2.2365	0.1942	-0.2767	0.5668	-0.1917	0.1919	-0.2363	-0.3942	0.127	-0.209	0.1758	0.027	0.0194	0.2008	-0.0844	0.1864	-19.9477	241.7997	30.6732
5	1.3016	-0.1388	-0.022	0.5603	0.7504	2.1127	0.0352	0.208	-0.0505	-0.0638	0.0015	0.0653	0.0785	0.219	-0.0255	0.1813	-0.02	-0.0226	0.2193	-0.0187	0.1421	-18.4556	229.2069	-5.8779
6	0.248	-0.143	0.3955	0.4024	-0.4443	0.6085	-0.0853	-0.1063	0.0164	-0.043	0.1276	0.0403	-0.2731	-0.0602	-0.0153	0.2146	0.0485	-0.0212	0.3043	-0.0323	0.1249	-17.9476	234.3519	-5.7562
7	3.4789	-0.1804	0.6898	1.1162	-0.1489	0.1648	0.1231	0.6537	0.2367	-0.34	0.0442	-0.0178	-0.2151	0.2902	-0.0832	0.2949	0.0461	-0.0002	0.36	0.011	0.1214	-18.9866	241.1996	-14.0195
8	0.5182	-0.5888	0.4209	0.9114	-0.478	0.4538	0.0554	-0.1456	-0.1014	-0.0234	0.1505	0.1507	0.2047	-0.1229	-0.0909	0.2338	0.043	-0.0121	0.2397	-0.0156	0.1501	-16.6945	231.6493	2.647
9	1.5939	0.053	-0.2396	0.4914	-0.0458	0.0646	-0.0757	0.7306	-0.1393	-0.2591	-0.1349	0.0391	0.1068	0.007	0.1651	0.2741	0.0621	-0.0813	0.4809	-0.004	0.1173	-26.3294	237.5953	-20.8119
10	1.3405	-0.2424	-0.7873	0.3975	-0.2202	0.7042	-0.029	-0.1426	0.0982	-0.0429	-0.0514	-0.0342	-0.2715	0.2345	0.059	0.1988	0.0249	0.0009	0.31	-0.0608	0.1068	-11.1627	232.2135	-12.9946
11	3.149	-3.0324	2.3527	4.5414	-4.5818	5.0983	-0.047	-0.1427	-1.0368	-1.9357	-0.2192	0.5899	1.2066	0.0467	0.4129	0.6594	0.1265	0.1992	0.3227	0.0948	0.6456	-32.5225	222.3349	29.5503
12	1.5712	-0.3526	-0.8968	0.23	0.5123	2.1138	0.0999	0.1887	-0.5652	-0.1291	-0.1794	0.4114	0.323	-0.107	0.0728	0.2355	0.0355	-0.0027	0.2211	-0.0586	0.3635	-41.0945	235.2831	23.4785
13	3.7917	-1.9231	1.3628	2.8193	-0.6879	0.5999	0.1536	0.463	-0.4031	-0.1545	-0.0356	0.2512	0.0735	0.1232	-0.1275	0.1775	0.04	0.0277	0.1474	-0.0383	0.2079	-30.2526	239.0093	27.8625
14	3.5781	0.4701	-1.3189	0.2798	0.0954	1.0117	0.0076	-0.43	-0.0987	-0.0189	-0.1301	0.1697	-0.1217	0.2164	0.1089	0.1835	0.0307	0.0302	0.2128	-0.0047	0.2578	-37.0972	241.53	37.0759
15	0.978	-0.4984	-0.6537	2.3676	-0.3712	1.1569	0.0968	0.1376	-0.057	0.1402	-0.1551	0.1918	-0.1126	-0.2262	0.0669	0.188	0.0387	-0.0002	0.1779	-0.0512	0.2542	-42.267	241.8545	28.7975
16	1.8174	-0.4576	-0.6859	0.3049	0.7244	1.4503	0.1997	0.2395	-0.3069	-0.0594	-0.1673	0.2112	0.1862	-0.0869	0.0023	0.22	0.0771	0.0002	0.1851	-0.0208	0.2274	-32.7416	239.1216	22.7092
17	2.2663	-2.6384	-1.7678	5.2161	3.7433	3.7103	-0.246	0.4117	-0.3716	0.0001	-0.237	0.6735	-0.0104	-0.3458	0.3838	0.1993	0.0539	-0.0048	0.2792	-0.0311	0.2772	-35.3251	233.0283	-3.7467
18	1.9981	-2.3176	0.5295	3.3935	-0.037	0.2637	0.1807	0.3394	0.006	-0.4889	-0.1557	0.0114	-0.1403	-0.2791	-0.0036	0.2115	0.0068	0.0245	0.2243	-0.0009	0.2295	-27.2353	229.0155	-3.2987
19	0.0987	-0.0092	0.157	0.2869	0.1336	-0.0279	-0.0945	0.0048	-0.018	0.0065	0.0843	0.0991	-0.0306	-0.2183	-0.0216	0.212	0	0.0029	0.2469	0.0262	0.1786	-27.0679	225.0016	-0.802
20	0.6202	0.748	0.9766	2.3472	-0.6473	3.7248	0.099	0.1794	0.1833	-0.0352	0.0649	0.5396	0.4153	-0.7676	-0.1484	0.2093	-0.046	-0.0198	0.3699	0.0492	0.3128	-37.2547	225.5577	-0.9589

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:30F)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 31:65)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 66:88)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 89:105)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 106:125)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 126:147)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 148:162)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 163:180)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 181:194)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 195:211)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 0:4)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 5:30)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 31:46)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 47:61)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 62:82C)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 83:112)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 113:127)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 128:154)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 156:210)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 211:226)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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