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万見
- PDB-3mn8: Structure of Drosophila melanogaster carboxypeptidase D isoform 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mn8
タイトルStructure of Drosophila melanogaster carboxypeptidase D isoform 1B short
要素LP15968p
キーワードHYDROLASE / catalytic domain of alpha/beta-hydrolase fold / C-terminal / all-beta transthyretin-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of cuticle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / metallocarboxypeptidase D / neuropeptide processing / imaginal disc-derived wing morphogenesis / peptide metabolic process / positive regulation of actin filament polymerization / negative regulation of protein phosphorylation / long-term memory / carboxypeptidase activity ...structural constituent of cuticle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / metallocarboxypeptidase D / neuropeptide processing / imaginal disc-derived wing morphogenesis / peptide metabolic process / positive regulation of actin filament polymerization / negative regulation of protein phosphorylation / long-term memory / carboxypeptidase activity / metallocarboxypeptidase activity / endomembrane system / protein processing / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Carboxypeptidase-like, regulatory domain / Carboxypeptidase regulatory-like domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A ...: / Carboxypeptidase-like, regulatory domain / Carboxypeptidase regulatory-like domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zn peptidases / Aminopeptidase / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2-GUANIDINOETHYLMERCAPTO)SUCCINIC ACID / Carboxypeptidase D
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tanco, S. / Arolas, J.L. / Guevara, T. / Lorenzo, J. / Aviles, F.X. / Gomis-Ruth, F.X.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure-Function Analysis of the Short Splicing Variant Carboxypeptidase Encoded by Drosophila melanogaster silver.
著者: Tanco, S. / Arolas, J.L. / Guevara, T. / Lorenzo, J. / Aviles, F.X. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2010年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LP15968p
B: LP15968p
C: LP15968p
D: LP15968p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,89720
ポリマ－194,4424
非ポリマー2,45616
水3,801211
1
A: LP15968p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4097
ポリマ－48,6101
非ポリマー7986
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LP15968p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1324
ポリマ－48,6101
非ポリマー5223
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: LP15968p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2245
ポリマ－48,6101
非ポリマー6144
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: LP15968p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1324
ポリマ－48,6101
非ポリマー5223
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.020, 135.700, 141.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 39:158 or resseq 163:180 or resseq 195:336 )
211chain B and (resseq 39:158 or resseq 163:180 or resseq 195:336 )
311chain C and (resseq 39:158 or resseq 163:180 or resseq 195:336 )
411chain D and (resseq 39:158 or resseq 163:180 or resseq 195:336 )
112chain A and (resseq 337:344 or resseq 350:403 or resseq 407:417 )
212chain B and (resseq 337:344 or resseq 350:403 or resseq 407:417 )
312chain C and (resseq 337:344 or resseq 350:403 or resseq 407:417 )
412chain D and (resseq 337:344 or resseq 350:403 or resseq 407:417 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
LP15968p / metallocarboxypeptidase


分子量: 48610.375 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-435 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: svr-RF / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: D3DME3
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 223分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-GEM / (2-GUANIDINOETHYLMERCAPTO)SUCCINIC ACID / 2-GUANIDINOETHYLTHIO)SUCCINIC ACID / GUANIDINOETHYL MERCAPTOSUCCINIC ACID / GEMSA


分子量: 235.261 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O4S
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8% PEG 4000, 0.2M KSCN, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月2日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49 Å / Num. obs: 52035

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H8L

1h8l


解像度: 2.7→49 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.98 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: THE CURRENTLY DEPOSITED COORDINATES WERE SUBJECTED TO A VERY FINAL REFINEMENT STEP UNDER CONSIDERATION OF DIFFERENT TLS GROUPS. ACCORDINGLY, THERE ARE MINOR DIFFERENCES BETWEEN THE CURRENT ...詳細: THE CURRENTLY DEPOSITED COORDINATES WERE SUBJECTED TO A VERY FINAL REFINEMENT STEP UNDER CONSIDERATION OF DIFFERENT TLS GROUPS. ACCORDINGLY, THERE ARE MINOR DIFFERENCES BETWEEN THE CURRENT STATISTICS AND THOSE REPORTED IN THE PRIMARY PUBLICATION, WHICH ARE NOT SIGNIFICANT.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2817 765 1.47 %
Rwork0.2108 --
obs0.2116 52035 99.97 %
all-52035 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.132 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.9933 Å20 Å2-0 Å2
2--15.5254 Å2-0 Å2
3----4.0673 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12113 0 144 211 12468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812561
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11816995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1714553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711823
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042267
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2203X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2203X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.133
13C2203X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.134
14D2203X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.115
21A570X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B570X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.16
23C570X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.139
24D570X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.144
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.90880.3341470.245410085X-RAY DIFFRACTION99
2.9088-3.20090.32081560.222110098X-RAY DIFFRACTION98
3.2009-3.66270.28811420.201710180X-RAY DIFFRACTION99
3.6627-4.60920.24331500.187910245X-RAY DIFFRACTION99
4.6092-24.01790.27821540.21710570X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4003-0.6114-0.72531.41280.67242.04970.13970.60220.1664-0.2141-0.0229-0.1788-0.1993-0.0942-00.1690.03190.02010.11710.01510.145913.7723-13.5882-21.7594
20.5235-0.1814-0.22250.11390.09710.1243-0.1150.01030-0.0728-0.0656-0.0732-0.05980.0379-0.00360.47350.04380.04550.57160.0760.20683.4188-14.7408-29.1434
31.0465-0.57360.48570.91740.29821.5099-0.0034-0.21540.17940.13160.02860.16160.0224-0.2275-00.1740.01540.0467-0.0345-0.03480.24372.8757-7.16332.5295
41.8663-0.07890.06461.365-0.27281.4155-0.04670.2216-0.25040.00350.09570.31610.1017-0.22550.00010.07970.0110.03020.10920.00410.168115.1905-46.2737-0.7561
50.7249-0.3646-0.04870.79990.38070.8674-0.0918-0.4030.25430.22140.1042-0.0919-0.18640.02550.00030.28460.07130.01670.1788-0.02010.160621.7399-26.013316.7833
60.25280.04540.18670.0430.02290.2311-0.0012-0.0232-0.1307-0.0537-0.0340.10840.03670.01620.00010.3133-0.02790.08630.2116-0.1480.356826.3924-51.3109-3.6543
71.47530.04040.17131.2373-0.23952.51070.0484-0.3929-0.0761-0.0214-0.0126-0.02070.27580.061300.10130.0164-0.01660.12770.05410.0676-7.86922.77926.8777
80.7328-0.14660.38260.9176-0.45240.613-0.0169-0.64350.4276-0.0448-0.0308-0.266-0.26780.23940.00050.2293-0.05720.03080.372-0.08940.27221.963947.944923.0751
90.74120.43110.24240.39540.23430.14250.1017-0.1037-0.031-0.00310.13140.1166-0.04320.10440.0020.4448-0.0480.07480.3250.10820.60152.350915.980329.1542
101.97640.1492-0.27831.3720.17632.1297-0.06410.3792-0.0536-0.10540.0396-0.00640.01930.266900.10130.0459-0.01460.19030.0380.1018-9.48527.6366-11.612
110.72440.05210.72420.88720.25030.76880.069-0.00990.43750.0425-0.0390.4364-0.34-0.2378-0.00030.34670.06570.04720.13440.0530.4642-16.707951.8684-0.1554
120.01440.0292-0.01650.0592-0.03340.01880.06640.11850.0227-0.06960.1540.07410.04310.01720.00260.2846-0.05030.00820.46920.15620.3074-21.004422.8362-14.9256
130.1419-0.1642-0.05170.25860.0607-0.0038-0.0207-0.04140.00490.02180.04130.0692-0.01110.0702-00.1497-0.02870.03950.2118-0.01130.16421.72231.20150.0132
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 29:182 or resid 191:336
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 601
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 337:419
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resid 28:184 or resid 192:336
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resid 337:420
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 601
7X-RAY DIFFRACTION7chain C and (resid 30:183 or resid 189:336
8X-RAY DIFFRACTION8chain C and resid 337:419
9X-RAY DIFFRACTION9chain C and resid 601
10X-RAY DIFFRACTION10chain D and (resid 27:181 or resid 191:336
11X-RAY DIFFRACTION11chain D and resid 337:420
12X-RAY DIFFRACTION12chain D and resid 601
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 1001:1050) or (chain B and resid 1001:1054) or (chain C and resid 1001:1051) or (chain D and resid 1001:1056)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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