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- PDB-3ml6: a complex between Dishevelled2 and clathrin adaptor AP-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ml6
タイトルa complex between Dishevelled2 and clathrin adaptor AP-2
要素Chimeric complex between protein Dishevelled2 homolog dvl-2 and clathrin adaptor AP-2 complex subunit mu
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Dishevelled / AP2 / Frizzled internalization / non-canonical Wnt signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


WNT mediated activation of DVL / convergent extension involved in organogenesis / PCP/CE pathway / Signaling by Hippo / convergent extension involved in neural plate elongation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / segmentation / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Asymmetric localization of PCP proteins ...WNT mediated activation of DVL / convergent extension involved in organogenesis / PCP/CE pathway / Signaling by Hippo / convergent extension involved in neural plate elongation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / segmentation / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Asymmetric localization of PCP proteins / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / LDL clearance / Degradation of DVL / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / segment specification / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / MHC class II antigen presentation / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / positive regulation of neuron projection arborization / regulation of vesicle size / RHO GTPases Activate Formins / AP-2 adaptor complex / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / non-canonical Wnt signaling pathway / cochlea morphogenesis / Recycling pathway of L1 / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / clathrin-cargo adaptor activity / vesicle budding from membrane / clathrin-dependent endocytosis / signal sequence binding / frizzled binding / clathrin-coated vesicle / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / aggresome / low-density lipoprotein particle receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / heart looping / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / outflow tract morphogenesis / positive regulation of receptor internalization / lateral plasma membrane / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / synaptic vesicle endocytosis / heart morphogenesis / clathrin-coated pit / neural tube closure / intracellular protein transport / receptor internalization / positive regulation of JNK cascade / small GTPase binding / Wnt signaling pathway / apical part of cell / disordered domain specific binding / terminal bouton / synaptic vesicle / intracellular protein localization / regulation of cell population proliferation / heart development / protein-containing complex assembly / cytoplasmic vesicle / cell cortex / cytoskeleton / transmembrane transporter binding / protein-macromolecule adaptor activity / postsynapse / nuclear body / protein domain specific binding / regulation of DNA-templated transcription / synapse / lipid binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dishevelled-2 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain ...Dishevelled-2 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / AP complex, mu/sigma subunit / Adaptor complexes medium subunit family / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Longin-like domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-2 complex subunit mu / Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yu, A. / Xing, Y. / Harrison, S.C. / Kirchhausen, T.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structural analysis of the interaction between Dishevelled2 and clathrin AP-2 adaptor, a critical step in noncanonical Wnt signaling.
著者: Yu, A. / Xing, Y. / Harrison, S.C. / Kirchhausen, T.
履歴
登録2010年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32018年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_starting_model
改定 1.42018年12月26日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / struct
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _struct.pdbx_descriptor / _struct.title
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Chimeric complex between protein Dishevelled2 homolog dvl-2 and clathrin adaptor AP-2 complex subunit mu
B: Chimeric complex between protein Dishevelled2 homolog dvl-2 and clathrin adaptor AP-2 complex subunit mu
C: Chimeric complex between protein Dishevelled2 homolog dvl-2 and clathrin adaptor AP-2 complex subunit mu
D: Chimeric complex between protein Dishevelled2 homolog dvl-2 and clathrin adaptor AP-2 complex subunit mu
E: Chimeric complex between protein Dishevelled2 homolog dvl-2 and clathrin adaptor AP-2 complex subunit mu
F: Chimeric complex between protein Dishevelled2 homolog dvl-2 and clathrin adaptor AP-2 complex subunit mu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,4206
ポリマ－260,4206
非ポリマー00
水00
1
A: Chimeric complex between protein Dishevelled2 homolog dvl-2 and clathrin adaptor AP-2 complex subunit mu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4031
ポリマ－43,4031
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chimeric complex between protein Dishevelled2 homolog dvl-2 and clathrin adaptor AP-2 complex subunit mu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4031
ポリマ－43,4031
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Chimeric complex between protein Dishevelled2 homolog dvl-2 and clathrin adaptor AP-2 complex subunit mu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4031
ポリマ－43,4031
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Chimeric complex between protein Dishevelled2 homolog dvl-2 and clathrin adaptor AP-2 complex subunit mu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4031
ポリマ－43,4031
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Chimeric complex between protein Dishevelled2 homolog dvl-2 and clathrin adaptor AP-2 complex subunit mu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4031
ポリマ－43,4031
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Chimeric complex between protein Dishevelled2 homolog dvl-2 and clathrin adaptor AP-2 complex subunit mu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4031
ポリマ－43,4031
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)292.371, 98.137, 171.322
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細none

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要素

#1: タンパク質
Chimeric complex between protein Dishevelled2 homolog dvl-2 and clathrin adaptor AP-2 complex subunit mu


分子量: 43403.367 Da / 分子数: 6
断片: PROTEIN Dishevelled2 (UNP RESIDUES 417-510), AP-2 COMPLEX 2 MU SUBUNIT (UNP RESIDUES 170-435)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
遺伝子: Dishevlled2, u2 / プラスミド: pPROEX-HTC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q60838, UniProt: P84092
配列の詳細THE STRUCTURE IS REPRESENTATIVE OF A CHIMERIC PROTEIN BETWEEN DISHEVLLED2 AND CLATHRIN ADAPTOR AP-2 ...THE STRUCTURE IS REPRESENTATIVE OF A CHIMERIC PROTEIN BETWEEN DISHEVLLED2 AND CLATHRIN ADAPTOR AP-2 JOINED BY A LINKER AS SPECIFIED IN REMARK SEQADV

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.7 M K/Na tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→100 Å / Num. all: 51791 / Num. obs: 51429 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.774 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 2485 / Rsym value: 0.774 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BW8, 1FSH

1bw8

1fsh


解像度: 3.5→49.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 5714272.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.335 2576 5 %RANDOM
Rwork0.308 ---
obs0.308 51395 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.0607 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 117.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.33 Å20 Å27.32 Å2
2--56.27 Å20 Å2
3----38.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.69 Å0.66 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.16 Å1.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→49.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16319 0 0 0 16319
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.752.5
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.451 396 5 %
Rwork0.455 7571 -
obs--92.4 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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