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万見
- PDB-3mku: Structure of a Cation-bound Multidrug and Toxin Compound Extrusio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mku
タイトルStructure of a Cation-bound Multidrug and Toxin Compound Extrusion (MATE) transporter
要素Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux pump
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MATE / multidrug transporter / cation-bound
機能・相同性RUBIDIUM ION / :
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者He, X. / Szewczyk, P. / Karyakin, A. / Evin, M. / Hong, W.-X. / Zhang, Q. / Chang, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structure of a cation-bound multidrug and toxic compound extrusion transporter.
著者: He, X. / Szewczyk, P. / Karyakin, A. / Evin, M. / Hong, W.X. / Zhang, Q. / Chang, G.
履歴
登録2010年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux pump
B: Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux pump
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6934
ポリマ－99,5222
非ポリマー1712
水00
1
A: Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux pump
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8472
ポリマ－49,7611
非ポリマー851
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux pump
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8472
ポリマ－49,7611
非ポリマー851
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.800, 241.850, 46.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux pump


分子量: 49761.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 / 遺伝子: NorM / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: C3NQD8
#2: 化合物 ChemComp-RB / RUBIDIUM ION / ルビジウムカチオン


分子量: 85.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rb

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 50mM Tris-HCl pH 7.2-8.6, 87 mM (NH4)2SO4, and 16-24% polyethylene glycol 250 dimethyl ether in D2O, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0093 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0093 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→20 Å / Num. obs: 13531 / Biso Wilson estimate: -12.2 Å2

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解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 2790903.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.342 683 5 %RANDOM
Rwork0.309 ---
obs0.309 13531 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 12.1578 Å2 / ksol: 0.1 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 118.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-63.47 Å20 Å20 Å2
2---91.48 Å20 Å2
3---28.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.94 Å0.79 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.9 Å0.88 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7011 0 2 0 7013
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.34
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it19.811.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it30.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it24.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it34.342.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 4.2→4.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 96 4.4 %
Rwork0.404 2080 -
obs--99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2RB.paramRB.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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