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- PDB-3mjh: Crystal Structure of Human Rab5A in complex with the C2H2 Zinc Fi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mjh
タイトルCrystal Structure of Human Rab5A in complex with the C2H2 Zinc Finger of EEA1
要素
  • Early endosome antigen 1
  • Ras-related protein Rab-5A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / PROTEIN-ZINC FINGER COMPLEX / BETA BETA ALPHA FOLD / BETA HAIRPIN / Rab5A GTPase / EEA1
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-pyruvate aminotransferase complex / synaptic vesicle to endosome fusion / regulation of endosome size / postsynaptic early endosome / cytoplasmic side of early endosome membrane / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / 1-phosphatidylinositol binding / synaptic vesicle recycling / axonal spine / chemical synaptic transmission, postsynaptic ...serine-pyruvate aminotransferase complex / synaptic vesicle to endosome fusion / regulation of endosome size / postsynaptic early endosome / cytoplasmic side of early endosome membrane / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / 1-phosphatidylinositol binding / synaptic vesicle recycling / axonal spine / chemical synaptic transmission, postsynaptic / amyloid-beta clearance by transcytosis / vesicle fusion / modulation by host of viral process / GTP-dependent protein binding / RAB geranylgeranylation / regulation of filopodium assembly / early endosome to late endosome transport / regulation of autophagosome assembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / early phagosome / TBC/RABGAPs / regulation of synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of exocytosis / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / canonical Wnt signaling pathway / endomembrane system / phagocytosis / axon terminus / phagocytic vesicle / ruffle / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / somatodendritic compartment / small monomeric GTPase / G protein activity / intracellular protein transport / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / recycling endosome / receptor internalization / synaptic vesicle membrane / endocytosis / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / actin cytoskeleton / melanosome / synaptic vesicle / Clathrin-mediated endocytosis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / early endosome membrane / postsynapse / early endosome / calmodulin binding / endosome membrane / endosome / membrane raft / axon / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / GTP binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type ...FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Small GTP-binding protein domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-5A / Early endosome antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Mishra, A.K. / Eathiraj, S. / Lambright, D.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural basis for Rab GTPase recognition and endosome tethering by the C2H2 zinc finger of Early Endosomal Autoantigen 1 (EEA1).
著者: Mishra, A. / Eathiraj, S. / Corvera, S. / Lambright, D.G.
履歴
登録2010年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-5A
B: Early endosome antigen 1
C: Ras-related protein Rab-5A
D: Early endosome antigen 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,18510
ポリマ－44,9594
非ポリマー1,2266
水5,621312
1
A: Ras-related protein Rab-5A
B: Early endosome antigen 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0925
ポリマ－22,4792
非ポリマー6133
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9870 Å2
手法PISA
2
C: Ras-related protein Rab-5A
D: Early endosome antigen 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0925
ポリマ－22,4792
非ポリマー6133
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.412, 80.398, 103.495
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-5A


分子量: 18801.445 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 16-183 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB5, RAB5A / プラスミド: modified pET15b, modified pET28a,pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12, BL21 (DE3)Codon Plus RIL cells / 参照: UniProt: P20339, small monomeric GTPase
#2: タンパク質・ペプチド Early endosome antigen 1 / Endosome-associated protein p162 / Zinc finger FYVE domain-containing protein 2


分子量: 3678.005 Da / 分子数: 2 / 断片: C2H2-type, residues 36-69 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Early Endosomal Antigen1(EEA1), EEA1, ZFYVE2 / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12, BL21(DE3)Codon Plus RIL cells / 参照: UniProt: Q15075

-
非ポリマー , 4種, 318分子

#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 18% PEG 4000, 50mM sodium acetate, 0.2M sodium-potassium phosphate, 10% glycerol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Osmic Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 27931 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 35.344 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 44.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: mouse Rab5C

解像度: 2.03→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 3.351 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25989 1157 5 %RANDOM
Rwork0.19229 ---
all0.195 21886 --
obs0.19568 21886 89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.193 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.53 Å20 Å20 Å2
2---1.26 Å20 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3138 0 68 312 3518
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.9694404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8395398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.65225.168149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.68415555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8151512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022416
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.22201
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0910.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6081.52046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03723184
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.41731389
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2134.51220
LS精密化 シェル解像度: 2.025→2.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 68 -
Rwork0.242 1174 -
obs--67.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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