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万見
- PDB-3mjg: The structure of a platelet derived growth factor receptor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mjg
タイトルThe structure of a platelet derived growth factor receptor complex
要素
  • Beta-type platelet-derived growth factor receptor
  • Platelet-derived growth factor subunit B
キーワードHormone/Transferase / protein-protein complex / growth factor-receptor complex / Transferase-Hormone complex / Hormone-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric glomerular mesangial cell development / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell dedifferentiation / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration / negative regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / platelet-derived growth factor complex / platelet-derived growth factor receptor activity / cell migration involved in coronary angiogenesis / metanephric glomerular mesangial cell proliferation involved in metanephros development / platelet activating factor receptor activity / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway ...metanephric glomerular mesangial cell development / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell dedifferentiation / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration / negative regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / platelet-derived growth factor complex / platelet-derived growth factor receptor activity / cell migration involved in coronary angiogenesis / metanephric glomerular mesangial cell proliferation involved in metanephros development / platelet activating factor receptor activity / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / smooth muscle cell chemotaxis / positive regulation of glomerular filtration / metanephric glomerular capillary formation / cellular response to mycophenolic acid / superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / cell migration involved in vasculogenesis / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / aorta morphogenesis / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / smooth muscle adaptation / platelet-derived growth factor binding / vascular endothelial growth factor binding / retina vasculature development in camera-type eye / cardiac myofibril assembly / interleukin-18-mediated signaling pathway / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / Signaling by PDGF / positive regulation of chemotaxis / paracrine signaling / phospholipase C activator activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / platelet-derived growth factor receptor binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / monocyte chemotaxis / positive regulation of protein autophosphorylation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cell division / Non-integrin membrane-ECM interactions / negative regulation of platelet activation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / embryonic placenta development / collagen binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of MAP kinase activity / Downstream signal transduction / positive regulation of mitotic nuclear division / reactive oxygen species metabolic process / GTPase activator activity / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of calcium-mediated signaling / lysosomal lumen / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / platelet alpha granule lumen / cell chemotaxis / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / growth factor activity / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / cellular response to growth factor stimulus / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / Golgi lumen / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Platelet degranulation / PIP3 activates AKT signaling / heart development / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle / : / basolateral plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Platelet-derived growth factor, N-terminal / Platelet-derived growth factor, N terminal region / Platelet-derived growth factor receptor beta / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site ...Platelet-derived growth factor, N-terminal / Platelet-derived growth factor, N terminal region / Platelet-derived growth factor receptor beta / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Ribbon / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Platelet-derived growth factor subunit B / Platelet-derived growth factor receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shim, A.H.R. / He, X.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structures of a platelet-derived growth factor/propeptide complex and a platelet-derived growth factor/receptor complex.
著者: Shim, A.H. / Liu, H. / Focia, P.J. / Chen, X. / Lin, P.C. / He, X.
履歴
登録2010年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet-derived growth factor subunit B
B: Platelet-derived growth factor subunit B
X: Beta-type platelet-derived growth factor receptor
Y: Beta-type platelet-derived growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,27618
ポリマ－104,1794
非ポリマー3,09714
水21,0781170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Y: Beta-type platelet-derived growth factor receptor
ヘテロ分子

A: Platelet-derived growth factor subunit B
B: Platelet-derived growth factor subunit B
X: Beta-type platelet-derived growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,27618
ポリマ－104,1794
非ポリマー3,09714
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_545-x+1/2,-y-1,z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8540 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area44020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.470, 116.820, 134.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Platelet-derived growth factor subunit B / PDGF subunit B / Platelet-derived growth factor B chain / Platelet-derived growth factor beta ...PDGF subunit B / Platelet-derived growth factor B chain / Platelet-derived growth factor beta polypeptide / PDGF-2 / Proto-oncogene c-Sis


分子量: 19596.301 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-185 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDGF2, PDGFB, SIS / 細胞株 (発現宿主): Embryonic Kidney-293 cells / 発現宿主: Homo sapiens / 参照: UniProt: P01127
#2: タンパク質 Beta-type platelet-derived growth factor receptor / PDGF-R-beta / CD140 antigen-like family member B


分子量: 32493.354 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-314 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDGFRB / 細胞株 (発現宿主): Embryonic Kidney-293 cells / 発現宿主: Homo sapiens / 参照: UniProt: P09619, receptor protein-tyrosine kinase
#3: 糖 ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.62 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.84 M (NH4)2HPO4, 0.1 M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月15日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.24 Å / Num. all: 55432 / Num. obs: 54767 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 8466 / Rsym value: 0.426 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1pdg, 1flt

1pdg

1flt


解像度: 2.3→44.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2835260.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 2764 5.1 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 54642 98.9 %-
all-55249 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.54 Å2 / ksol: 0.272531 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 67.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.52 Å20 Å20 Å2
2--11.67 Å20 Å2
3----6.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5888 0 196 1170 7254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.19
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 439 4.9 %
Rwork0.338 8466 -
obs-8466 97.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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