PDB-3mg1: Crystal structure of the orange carotenoid protein from cyanobact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mg1

タイトル

Crystal structure of the orange carotenoid protein from cyanobacteria Synechocystis sp. PCC 6803

要素

Orange carotenoid protein

キーワード

CAROTENOID BINDING PROTEIN / Echinone / Phycobilisome

機能・相同性

機能・相同性情報

light absorption / phycobilisome / chloride ion binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photoreceptor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.649 Å

データ登録者

Wilson, A. / Kinney, J. / Zwart, P.H. / Punginelli, C. / D'Haen, S. / Perreau, F. / Klein, M.G. / Kirilovsky, D. / Kerfeld, C.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural determinants underlying photoprotection in the photoactive orange carotenoid protein of cyanobacteria.
著者: Wilson, A. / Kinney, J.N. / Zwart, P.H. / Punginelli, C. / D'Haene, S. / Perreau, F. / Klein, M.G. / Kirilovsky, D. / Kerfeld, C.A.

履歴

登録	2010年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2010年4月14日	ID: 3I1V
改定 1.0	2010年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mg1.cif.gz	267.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mg1.ent.gz	215.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mg1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mg1_validation.pdf.gz	772.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mg1_full_validation.pdf.gz	778.4 KB	表示
XML形式データ	3mg1_validation.xml.gz	31.6 KB	表示
CIF形式データ	3mg1_validation.cif.gz	48.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/3mg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/3mg1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mg2C 3mg3C 1m98 PDB 未公開エントリS 5ui2 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3mg2-d 5ui2-d 5anl-d 3mg3-d 5dy4-1 3ihy-4 3ls8-2 5vxn-1 4tnb-d 4ph4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orange carotenoid protein

B: Orange carotenoid protein

ヘテロ分子

72.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Orange carotenoid protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Orange carotenoid protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.939, 82.939, 87.632
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

詳細

dimer

#1: タンパク質	Orange carotenoid protein / OCP 分子量: 35455.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: slr1963 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P74102
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ECH / beta,beta-caroten-4-one / echinenone / (9′Z)-β-エキネノン分子量: 550.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₄O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 736 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	WATER MOLECULES 1001-1736 IN THE COORDINATES CORRESPOND TO WATER MOLECULES 1-736 IN THE RELEVANT PUBLICATION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 12% PEG 4000, 100mM Sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月14日

放射

モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 80661 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 26

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	% possible all
1.65-1.71	3.8	0.34	93.9
1.71-1.78	4.7	0.256	99.8
1.78-1.86	6.6	0.178	100
1.86-1.96	7	0.125	100
1.96-2.08	7	0.09	100
2.08-2.24	7.1	0.071	100
2.24-2.46	7	0.061	100
2.46-2.82	7	0.05	100
2.82-3.55	6.9	0.053	100
3.55-50	6.7	0.062	99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	dev_222	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1M98

1m98
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.649→33.231 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 19.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1905	4038	5.01 %
R_work	0.1618	-	-
obs	0.1632	80620	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.72 Å² / k_sol: 0.344 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.477 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9734 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.9734 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.9469 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.649→33.231 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4667	0	94	736	5497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.015	6843
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.778	1909
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	767
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	910

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6493-1.7083	0.2523	361	0.1985	7226	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7083-1.7767	0.1957	379	0.1748	7756	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7767-1.8575	0.2103	412	0.1713	7704	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8575-1.9554	0.1987	402	0.1615	7716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9554-2.0779	0.1953	387	0.1575	7789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0779-2.2383	0.1824	413	0.1559	7695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2383-2.4635	0.1951	425	0.1646	7686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4635-2.8198	0.2142	431	0.1664	7663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8198-3.552	0.1802	408	0.1578	7727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.552-33.238	0.1636	420	0.1454	7620	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5458	0.1235	0.1279	0.1436	0.2286	0.9979	-0.1093	0.0377	0.0438	0.2239	0.1086	-0.1029	0.1186	0.0572	0.0224	0.0972	0.0043	0.0046	0.0311	-0.0249	0.1198	-21.702	59.4494	27.9843
2	1.5586	-1.0178	-0.4948	1.0508	0.1462	0.5561	-0.1752	-0.0465	-0.0193	0.2654	0.1162	-0.0724	0.2352	0.068	0.0469	0.2128	0.0321	-0.0343	0.0794	-0.0265	0.1396	-19.0385	53.9702	32.9119
3	1.0205	-0.0827	-0.1612	0.7601	-0.1417	0.9592	-0.0388	0.2781	0.0412	-0.0432	-0.0245	-0.0875	0.0599	0.199	0.0659	0.0972	-0.0051	0.0103	0.2651	0.0317	0.1331	-13.8051	69.4603	8.6372
4	0.564	-0.3864	0.3174	1.837	-0.3188	1.1159	-0.0225	0.1969	0.1105	0.0102	-0.0323	0.0839	0.0281	0.0751	0.0625	0.0787	-0.0292	-0.0114	0.1681	0.0453	0.1303	-23.7037	73.4194	11.4018
5	0.4351	0.0179	-0.1	0.1583	0.1906	1.0798	-0.1191	-0.0319	-0.0473	-0.1978	0.1061	-0.1244	-0.1328	0.0365	0.03	0.1151	-0.0006	-0.0046	0.0488	-0.0204	0.1436	-22.0311	84.3314	41.4217
6	1.5199	1.1121	0.4894	1.1724	0.1565	0.607	-0.1704	0.0407	0.0019	-0.2811	0.1063	-0.0492	-0.2387	0.0752	0.0495	0.2056	-0.0295	0.034	0.0725	-0.0258	0.1355	-18.8947	89.6624	36.4336
7	1.0614	0.2901	0.2649	0.9395	-0.1823	1.0116	-0.0121	-0.3065	-0.0679	0.0585	-0.0594	-0.1098	-0.0521	0.2048	0.0694	0.0786	0.004	-0.0084	0.2635	0.0358	0.1226	-13.8193	74.2827	60.5206
8	0.4905	0.2394	-0.2404	1.9482	-0.2474	1.1188	-0.0123	-0.2086	-0.1011	-0.0058	-0.042	0.1016	-0.0232	0.0702	0.056	0.0827	0.0334	0.0157	0.1774	0.0448	0.1318	-23.9031	70.2547	58.0139

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:72)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 73:169)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 170:243)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 244:320)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 5:72)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 73:169)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 170:243)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 244:320)

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関連情報:EMDBヘッダ

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