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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mdm | ||||||
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タイトル | Thioperamide complex of Cytochrome P450 46A1 | ||||||
![]() | Cholesterol 24-hydroxylase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / CYP46A1 / P450 46A1 / P450 / THIOPERAMIDE / MONOOXYGENASE / METABOLIC ENZYME / HEME / Cholesterol metabolism / Endoplasmic reticulum / Iron / Lipid metabolism / Membrane / Metal-binding / Microsome / NADP / Steroid metabolism / Transmembrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() cholesterol 24-hydroxylase / cholesterol 24-hydroxylase activity / protein localization to membrane raft / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / progesterone metabolic process / sterol metabolic process / bile acid biosynthetic process / regulation of long-term synaptic potentiation / steroid hydroxylase activity ...cholesterol 24-hydroxylase / cholesterol 24-hydroxylase activity / protein localization to membrane raft / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / progesterone metabolic process / sterol metabolic process / bile acid biosynthetic process / regulation of long-term synaptic potentiation / steroid hydroxylase activity / Endogenous sterols / cholesterol catabolic process / xenobiotic metabolic process / presynapse / nervous system development / postsynapse / iron ion binding / dendrite / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mast, N. / Charvet, C. / Pikuleva, I. / Stout, C.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of drug binding to CYP46A1, an enzyme that controls cholesterol turnover in the brain. 著者: Mast, N. / Charvet, C. / Pikuleva, I.A. / Stout, C.D. #1: ![]() タイトル: Crystal structures of substrate-bound and substrate-free cytochrome P450 46A1, the principal cholesterol hydroxylase in the brain. 著者: Mast, N. / White, M.A. / Bjorkhem, I. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. / Pikuleva, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52125.086 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 51-500 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-FJZ / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 8% PEG 8000, 20% glycerol, 50 mM KPi, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月10日 / 詳細: Rh coated flat mirror |
放射 | モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 deg プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→66.242 Å / Num. all: 70320 / Num. obs: 70320 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 3.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 10140 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2Q9F 解像度: 1.6→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 43.544 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 55.61 Å2 / Biso mean: 22.297 Å2 / Biso min: 6.45 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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