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万見
- PDB-3mcy: Crystal structure of FimH lectin domain bound to biphenyl mannosi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mcy
タイトルCrystal structure of FimH lectin domain bound to biphenyl mannoside meta-methyl ester.
要素FimH
キーワードcarbohydrate binding protein / lectin / mannoside / immunogobulin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ford, B.A. / Hultgren, S.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure-based drug design and optimization of mannoside bacterial FimH antagonists.
著者: Han, Z. / Pinkner, J.S. / Ford, B. / Obermann, R. / Nolan, W. / Wildman, S.A. / Hobbs, D. / Ellenberger, T. / Cusumano, C.K. / Hultgren, S.J. / Janetka, J.W.
履歴
登録2010年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FimH
D: FimH
B: FimH
C: FimH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,09118
ポリマ－77,9864
非ポリマー2,10414
水3,261181
1
A: FimH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0555
ポリマ－19,4971
非ポリマー5584
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
D: FimH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9273
ポリマ－19,4971
非ポリマー4302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: FimH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0555
ポリマ－19,4971
非ポリマー5584
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: FimH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0555
ポリマ－19,4971
非ポリマー5584
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.820, 198.820, 198.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31B
41C
12A
22D
32C
42B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHETHRTHR4AA1 - 1581 - 158
21PHEPHETHRTHR4DB1 - 1581 - 158
31PHEPHETHRTHR4BC1 - 1581 - 158
41PHEPHETHRTHR4CD1 - 1581 - 158
12ZH1ZH1ZH1ZH11AE182
22ZH1ZH1ZH1ZH11DI182
32ZH1ZH1ZH1ZH11CO182
42ZH1ZH1ZH1ZH11BK182

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ADBC

#1: タンパク質
FimH


分子量: 19496.621 Da / 分子数: 4 / 断片: FimH lectin domain, UNP residues 22-196 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: J96 / 遺伝子: fimH / プラスミド: pTRC99a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600 / 参照: UniProt: Q9S497

-
非ポリマー , 5種, 195分子

#2: 化合物
ChemComp-ZH1 / methyl 4'-(alpha-D-mannopyranosyloxy)biphenyl-3-carboxylate


分子量: 390.384 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22O8
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Co-crystallized FimH/mannoside 8a in 20% ethanol, 100mM imidazole pH 8.0, 200mM MgCl2. Crystals diffract only after incubation in stabilizing solution containing 15% ethanol, 100mM imidazole ...詳細: Co-crystallized FimH/mannoside 8a in 20% ethanol, 100mM imidazole pH 8.0, 200mM MgCl2. Crystals diffract only after incubation in stabilizing solution containing 15% ethanol, 100mM imidazole pH 8.0, 200mM MgCl2, 10% PEG200, 5% glycerol and 1mM compound 8a, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月19日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator 1: double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator 2: double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→70.3 Å / Num. all: 30391 / Num. obs: 30391 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 35.3 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 15.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0041精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1UWF

1uwf


解像度: 2.9→59.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 24.793 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.509 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24516 1526 5.1 %RANDOM
Rwork0.21904 ---
obs0.22039 28548 99.1 %-
all-30391 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.316 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→59.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4758 0 137 181 5076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225017
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3031.9696900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7033.0027654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.2435628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.99324.573199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.26815660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5851516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2811
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0215620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021012
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0270.228361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0210.250028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1930MEDIUM POSITIONAL0.430.5
12D1930MEDIUM POSITIONAL0.720.5
13B1930MEDIUM POSITIONAL0.50.5
14C1930MEDIUM POSITIONAL0.450.5
11A1930MEDIUM THERMAL1.332
12D1930MEDIUM THERMAL1.842
13B1930MEDIUM THERMAL1.332
14C1930MEDIUM THERMAL1.582
21A43TIGHT POSITIONAL0.110.05
22D43TIGHT POSITIONAL0.30.05
23C43TIGHT POSITIONAL0.110.05
24B43TIGHT POSITIONAL0.110.05
21A43TIGHT THERMAL5.930.5
22D43TIGHT THERMAL9.420.5
23C43TIGHT THERMAL4.790.5
24B43TIGHT THERMAL1.80.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.976 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.485 101 -
Rwork0.397 2105 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9487-0.151.90681.03360.13322.047-0.01620.1330.1758-0.0178-0.06790.0153-0.10990.0230.08410.06420.00030.06320.070.02680.0938-31.0150.742418.9251
23.18561.31250.44862.12920.19950.89670.07130.1945-0.1458-0.15680.04050.06880.0092-0.1604-0.11180.04980.0499-0.05050.2551-0.03930.1192-24.686125.8125.4805
31.1071-0.3320.49763.2632-2.16081.840.0223-0.0671-0.3477-0.09410.15120.40210.3401-0.2074-0.17340.2942-0.08530.02850.15870.03440.3766-55.574623.657624.9775
41.92110.4568-1.98670.5357-0.92222.57240.0880.5214-0.0255-0.18750.08590.24520.2081-0.6044-0.17390.458-0.1825-0.29590.7258-0.11960.5072-31.0101-0.8508-18.638
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 158
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 158
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 158
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 158

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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