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万見
- PDB-3lr3: Periplasmic domain of the risS sensor protein from Burkholderia p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lr3
タイトルPeriplasmic domain of the risS sensor protein from Burkholderia pesuromallei, low pH native structure
要素Sensor protein
キーワードTRANSFERASE / NIAID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Burkholderia / melioidosis / pH / sensor / histidine kinase / ATP-binding / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transmembrane / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain / Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain / Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain superfamily / Periplasmic domain of Sensor histidine kinase RisS / : / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain ...Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain / Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain / Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain superfamily / Periplasmic domain of Sensor histidine kinase RisS / : / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis for pH sensing by the periplasmic domain of the risS histidine kinase from Burkholderia pseudomallei
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Staker, B.L. / Phan, I. / Myler, P. / Stacy, R. / Stewart, L. / Miller, S.I. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2010年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4451
ポリマ－16,4451
非ポリマー00
水1,40578
1
A: Sensor protein

A: Sensor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8912
ポリマ－32,8912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.883, 58.883, 75.973
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein


分子量: 16445.494 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 38 to 158 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: BPSL2095 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63T74, histidine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: JCSG+ condition A6, 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2, 0.2 M lithium sulfate, 25% PEG 1000, crystal tracking ID 208087a6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30.46 Å / Num. obs: 9199 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.106 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 3.25 / Num. unique all: 816 / Χ2: 0.921 / % possible all: 87.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LR0

3lr0


解像度: 2.1→30.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.22 / WRfactor Rwork: 0.181 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.867 / SU B: 8.281 / SU ML: 0.103 / SU R Cruickshank DPI: 0.179 / SU Rfree: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 439 4.8 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 9175 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.52 Å2 / Biso mean: 25.214 Å2 / Biso min: 10.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20.19 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数911 0 0 78 989
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3551.9761288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2445117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.01523.46949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.23715166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2421512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021720
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.791.5577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4592942
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3733367
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1094.5344
LS精密化 シェル解像度: 2.098→2.152 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 30 -
Rwork0.215 529 -
all-559 -
obs--82.81 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.2845 Å / Origin y: 24.1987 Å / Origin z: 5.4368 Å
111213212223313233
T0.0361 Å20.0329 Å2-0.0053 Å2-0.0854 Å2-0.0239 Å2--0.0386 Å2
L3.4179 °2-0.071 °2-2.0011 °2-1.014 °2-0.22 °2--2.7535 °2
S-0.0688 Å °0.054 Å °-0.1997 Å °-0.034 Å °-0.0536 Å °0.1627 Å °0.0673 Å °-0.2299 Å °0.1224 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A37 - 150
2X-RAY DIFFRACTION1A1 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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