[日本語] English
万見
- PDB-3ld1: Crystal Structure of IBV Nsp2a -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ld1
タイトルCrystal Structure of IBV Nsp2a
要素Replicase polyprotein 1a
キーワードHYDROLASE / Globular like / Host cytoplasm / Host membrane / Membrane / Metal-binding / Protease / RNA-binding / Thiol protease / Transmembrane / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / transferase activity / omega peptidase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / induction by virus of host autophagy ...viral genome replication / transferase activity / omega peptidase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / induction by virus of host autophagy / viral translational frameshifting / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 2, gammacoronavirus / Non-structural protein 6, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, gammacoronavirus / Non-structural protein 5, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, IBV-like / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus ...Non-structural protein 2, gammacoronavirus / Non-structural protein 6, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, gammacoronavirus / Non-structural protein 5, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, IBV-like / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1a
類似検索 - 構成要素
生物種Avian infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.498 Å
データ登録者Xu, Y. / Cong, L. / Wei, L. / Fu, J. / Chen, C. / Yang, A. / Tang, H. / Bartlam, M. / Rao, Z.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: IBV nsp2 is an endosome-associated protein and viral pathogenicity factor
著者: Xu, Y. / Ye, Z. / Wei, L. / Cong, L. / Fu, J. / Chen, C. / Yang, A. / Wu, W. / Tang, H. / Bartlam, M. / Rao, Z.
履歴
登録2010年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Replicase polyprotein 1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7571
ポリマ－39,7571
非ポリマー00
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.179, 114.179, 60.979
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

-
要素

#1: タンパク質 Replicase polyprotein 1a / pp1a / ORF1a polyprotein / Non-structural protein 2 / nsp2 / p87 / Non-structural protein 3 / nsp3 ...pp1a / ORF1a polyprotein / Non-structural protein 2 / nsp2 / p87 / Non-structural protein 3 / nsp3 / Papain-like proteinase / PL-PRO / p195 / Non-structural protein 4 / nsp4 / Peptide HD2 / p41 / 3C-like proteinase / 3CL-PRO / 3CLp / M-PRO / p33 / nsp5 / Non-structural protein 6 / nsp6 / p34 / Non-structural protein 7 / nsp7 / p9 / Non-structural protein 8 / nsp8 / p24 / Non-structural protein 9 / nsp9 / p10 / Non-structural protein 10 / nsp10 / Growth factor-like peptide / GFL / p16 / Non-structural protein 11 / nsp11


分子量: 39757.324 Da / 分子数: 1 / 断片: IBV Nsp2a / 変異: Q132L, K195A, L270F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Avian infectious bronchitis virus (strain M41) (ウイルス)
株: M41 / 遺伝子: 1a, 1ab / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0C6V5, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 12% (w/v) PEG8000, 10% (v/v) Ethylene Glycol, 100mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月23日 / 詳細: monochromater
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 17086 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 30.1
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1489 / % possible all: 83.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.498→29.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 10.177 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.488 / ESU R Free: 0.308 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 792 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.219 15851 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.54 Å2 / Biso mean: 51.975 Å2 / Biso min: 32.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.17 Å2-1.08 Å20 Å2
2---2.17 Å20 Å2
3---3.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.498→29.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2792 0 0 90 2882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0222845
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2171.9613845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9825358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.29123.75120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.8115501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9791518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022105
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2810.21387
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3310.21983
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2070.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2581.51836
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.10622873
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.02531148
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5174.5972
LS精密化 シェル解像度: 2.498→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.47 59 -
Rwork0.27 1097 -
all-1156 -
obs--98.05 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る