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万見
- PDB-3law: Structure of GTP-bound L129F mutant Rab7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3law
タイトルStructure of GTP-bound L129F mutant Rab7
要素Ras-related protein Rab-7a
キーワードPROTON TRANSPORT / Protein - Nucleotide complex / Protein Mutant / Charcot-Marie-Tooth disease / Cytoplasmic vesicle / Disease mutation / Endosome / GTP-binding / Lipoprotein / Lysosome / Methylation / Neuropathy / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Prenylation / Protein transport
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic vesicle recycling via endosome / lipophagy / phagosome acidification / positive regulation of viral process / protein to membrane docking / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / epidermal growth factor catabolic process / alveolar lamellar body / negative regulation of intralumenal vesicle formation / negative regulation of exosomal secretion ...synaptic vesicle recycling via endosome / lipophagy / phagosome acidification / positive regulation of viral process / protein to membrane docking / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / epidermal growth factor catabolic process / alveolar lamellar body / negative regulation of intralumenal vesicle formation / negative regulation of exosomal secretion / phagosome-lysosome fusion / Suppression of autophagy / establishment of vesicle localization / retromer complex binding / phagosome maturation / presynaptic endosome / protein localization to lysosome / endosome to plasma membrane protein transport / early endosome to late endosome transport / phagophore assembly site membrane / positive regulation of exosomal secretion / RAB geranylgeranylation / protein targeting to lysosome / melanosome membrane / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / retrograde transport, endosome to Golgi / TBC/RABGAPs / endosome to lysosome transport / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / viral release from host cell / autophagosome membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / autophagosome assembly / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / bone resorption / intracellular transport / lipid catabolic process / phagocytic vesicle / lipid droplet / RAC1 GTPase cycle / MHC class II antigen presentation / secretory granule membrane / small monomeric GTPase / response to bacterium / mitochondrial membrane / small GTPase binding / endocytosis / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of protein catabolic process / GDP binding / synaptic vesicle membrane / late endosome membrane / late endosome / protein transport / G protein activity / endosome membrane / lysosome / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / mitochondrion / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-7a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者McCray, B.A. / Skordalakes, E. / Taylor, J.P.
引用ジャーナル: Hum.Mol.Genet. / 年: 2010
タイトル: Disease mutations in Rab7 result in unregulated nucleotide exchange and inappropriate activation.
著者: McCray, B.A. / Skordalakes, E. / Taylor, J.P.
履歴
登録2010年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-7a
B: Ras-related protein Rab-7a
C: Ras-related protein Rab-7a
D: Ras-related protein Rab-7a
E: Ras-related protein Rab-7a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,48615
ポリマ－117,7545
非ポリマー2,73310
水75742
1
A: Ras-related protein Rab-7a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0973
ポリマ－23,5511
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ras-related protein Rab-7a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0973
ポリマ－23,5511
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ras-related protein Rab-7a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0973
ポリマ－23,5511
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ras-related protein Rab-7a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0973
ポリマ－23,5511
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Ras-related protein Rab-7a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0973
ポリマ－23,5511
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.554, 89.335, 89.378
Angle α, β, γ (deg.)71.24, 85.97, 85.91
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Ras-related protein Rab-7a


分子量: 23550.734 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB7A, RAB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51149
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.2 M sodium formate, 10mM trimethylamine hydrochloride, and 20% polyethylene glycol 3,350, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 24170 / Num. obs: 23869 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.871 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.417 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.838 / SU B: 35.857 / SU ML: 0.364 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.452 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27265 1277 5.1 %RANDOM
Rwork0.22036 ---
obs0.23678 23869 98.7 %-
all-24300 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.888 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.02 Å20.35 Å20.09 Å2
2--0.75 Å2-1.21 Å2
3---1.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7044 0 165 42 7251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227349
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1751.9689982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6365875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.85324.958357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.314151264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4121540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.23431
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.25010
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0880.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2950.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7221.54469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26927090
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.46633305
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4234.52892
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 91 -
Rwork0.309 1710 -
obs--98.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4007-0.17570.66574.84461.05351.75490.01090.0259-0.0788-0.05720.0604-0.25320.04660.154-0.0713-0.09330.00750.0058-0.0281-0.0181-0.094716.355112.188732.0531
22.6658-1.0072-0.08812.65730.693.3959-0.0544-0.07190.24160.0030.0581-0.1401-0.06630.0817-0.0037-0.084-0.01760.0134-0.1065-0.0028-0.019823.6769-11.84778.6827
32.04860.90610.52332.9725-1.84743.3491-0.06560.1387-0.07980.0933-0.0845-0.25990.00890.11580.1501-0.07410.0260.0201-0.0763-0.0341-0.03529.216941.902315.9532
42.79720.4189-0.92812.3522-0.68422.11740.0391-0.3263-0.0797-0.0315-0.0884-0.0246-0.01730.24560.0493-0.035-0.0032-0.00210.017-0.0078-0.12230.74922.7593-21.6196
52.75461.2824-0.22253.36671.65864.05370.02780.1002-0.2089-0.00070.0469-0.2287-0.11270.3126-0.0748-0.07580.0037-0.0414-0.06830.0282-0.04212.29636.1486-17.4153
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 180
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 180
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 180
5X-RAY DIFFRACTION5E8 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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