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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3law | ||||||
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タイトル | Structure of GTP-bound L129F mutant Rab7 | ||||||
要素 | Ras-related protein Rab-7a | ||||||
キーワード | PROTON TRANSPORT / Protein - Nucleotide complex / Protein Mutant / Charcot-Marie-Tooth disease / Cytoplasmic vesicle / Disease mutation / Endosome / GTP-binding / Lipoprotein / Lysosome / Methylation / Neuropathy / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Prenylation / Protein transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipophagy / positive regulation of viral process / phagosome acidification / protein to membrane docking / epidermal growth factor catabolic process / negative regulation of intralumenal vesicle formation / alveolar lamellar body / negative regulation of exosomal secretion / Suppression of autophagy / phagosome-lysosome fusion ...lipophagy / positive regulation of viral process / phagosome acidification / protein to membrane docking / epidermal growth factor catabolic process / negative regulation of intralumenal vesicle formation / alveolar lamellar body / negative regulation of exosomal secretion / Suppression of autophagy / phagosome-lysosome fusion / establishment of vesicle localization / phagosome maturation / retromer complex binding / endosome to plasma membrane protein transport / melanosome membrane / phagophore assembly site membrane / RAB geranylgeranylation / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / positive regulation of exosomal secretion / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / RHOF GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / retrograde transport, endosome to Golgi / TBC/RABGAPs / endosome to lysosome transport / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / autophagosome membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / autophagosome assembly / viral release from host cell / RHOG GTPase cycle / intracellular transport / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / lipid catabolic process / bone resorption / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / RAC1 GTPase cycle / MHC class II antigen presentation / phagocytic vesicle / lipid droplet / small monomeric GTPase / secretory granule membrane / G protein activity / mitochondrial membrane / response to bacterium / synaptic vesicle membrane / small GTPase binding / endocytosis / positive regulation of protein catabolic process / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / protein transport / late endosome / late endosome membrane / lysosome / endosome membrane / lysosomal membrane / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / Golgi apparatus / mitochondrion / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | McCray, B.A. / Skordalakes, E. / Taylor, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Hum.Mol.Genet. / 年: 2010 タイトル: Disease mutations in Rab7 result in unregulated nucleotide exchange and inappropriate activation. 著者: McCray, B.A. / Skordalakes, E. / Taylor, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3law.cif.gz | 189.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3law.ent.gz | 151.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3law.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3law_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3law_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3law_validation.xml.gz | 37.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3law_validation.cif.gz | 48.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/3law ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/3law | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23550.734 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB7A, RAB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51149 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-GNP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.2 M sodium formate, 10mM trimethylamine hydrochloride, and 20% polyethylene glycol 3,350, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å |
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放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 24170 / Num. obs: 23869 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.871 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.417 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.838 / SU B: 35.857 / SU ML: 0.364 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.452 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.888 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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