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- PDB-3lap: The Structure of the Intermediate Complex of the Arginine Repress... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lap
タイトルThe Structure of the Intermediate Complex of the Arginine Repressor from Mycobacterium tuberculosis Bound to its DNA Operator and L-canavanine.
要素
  • 5'-D(*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*A)-3'
  • Arginine repressor
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / Mycobacterium tuberculosis / arginine repressor / DNA binding / ArgR-DNA-canavanine ternary complex / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project / XMTB / Amino-acid biosynthesis / Arginine biosynthesis / Cytoplasm / DNA-binding / Repressor / Transcription / Transcription regulation / TRANSCRIPTION REGULATOR / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arginine biosynthetic process / arginine binding / protein complex oligomerization / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Gyrase A; domain 2 - #40 / Gyrase A; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Gyrase A; domain 2 - #40 / Gyrase A; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-CANAVANINE / DNA / DNA (> 10) / Arginine repressor / Arginine repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Cherney, L.T. / Cherney, M.M. / Garen, C.R. / James, M.N.G. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: crystal structure of the intermediate complex of the arginine repressor from Mycobacterium tuberculosis bound with its DNA operator reveals detailed mechanism of arginine repression.
著者: Cherney, L.T. / Cherney, M.M. / Garen, C.R. / James, M.N.
履歴
登録2010年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginine repressor
B: Arginine repressor
C: Arginine repressor
D: Arginine repressor
E: Arginine repressor
F: Arginine repressor
G: 5'-D(*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*A)-3'
H: 5'-D(*TP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*A)-3'
I: 5'-D(*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*A)-3'
J: 5'-D(*TP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*A)-3'
K: 5'-D(*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*A)-3'
L: 5'-D(*TP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,40926
ポリマ－133,58312
非ポリマー1,82614
水12,106672
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30500 Å2
ΔGint-248 kcal/mol
Surface area45660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.750, 106.532, 117.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32
13
23
33
14
24
34
15
25
35

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain F and (resseq 17:170 )
211chain E and (resseq 17:170 )
311chain D and (resseq 17:170 )
112chain B and (resseq 90:170 )
212chain A and (resseq 90:170 )
312chain C and (resseq 90:170 )
113chain A and (resseq 15:82 )
213chain B and (resseq 15:82 )
313chain C and (resseq 15:82 )
114chain G and (resseq 1:16 )
214chain I and (resseq 1:16 )
314chain K and (resseq 1:16 )
115chain H and (resseq 1:16 )
215chain J and (resseq 1:16 )
315chain L and (resseq 1:16 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Arginine repressor


分子量: 17366.635 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37RV / 遺伝子: ahrC, argR, MT1695, MTCY06H11.22, Rv1657 / プラスミド: PGST-1657 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P0A4Y8, UniProt: P9WPY9*PLUS

-
DNA鎖 , 2種, 6分子 GIKHJL

#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*A)-3'


分子量: 4906.217 Da / 分子数: 3 / Fragment: ARG box DNA segment, strand G / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*A)-3'


分子量: 4888.189 Da / 分子数: 3 / Fragment: ARG box DNA segment, strand H / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 686分子

#4: 化合物
ChemComp-GGB / L-CANAVANINE / L-2-AMINO-4-(GUANIDINOOXY)BUTYRIC ACID / カナバニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 176.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N4O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.78 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1M ammonium sulfate, 100 mM bis-tris buffer, 1% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 105420 / Num. obs: 96776 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 41.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.433 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→39.004 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2049 4830 4.99 %
Rwork0.1844 --
obs0.1855 96750 91.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.759 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→39.004 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6558 1950 112 672 9292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36612581
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.6643445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071331
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11F1124X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12E1124X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
13D1100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.062
21B590X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22A590X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.075
23C590X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.09
31A492X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B492X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.06
33C492X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.061
41G326X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42I326X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
43K326X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.022
51H324X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52J324X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.021
53L324X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.021
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1503-2.17470.26911630.2492972X-RAY DIFFRACTION88
2.1747-2.20030.27581510.26553123X-RAY DIFFRACTION95
2.2003-2.22720.29351610.24583172X-RAY DIFFRACTION95
2.2272-2.25530.28661680.24353150X-RAY DIFFRACTION94
2.2553-2.2850.24351800.22673109X-RAY DIFFRACTION95
2.285-2.31630.22841580.21653180X-RAY DIFFRACTION94
2.3163-2.34940.23731710.21423123X-RAY DIFFRACTION94
2.3494-2.38450.28481580.20723122X-RAY DIFFRACTION94
2.3845-2.42170.24631700.21433178X-RAY DIFFRACTION94
2.4217-2.46140.27081530.20493128X-RAY DIFFRACTION94
2.4614-2.50390.22181500.21053090X-RAY DIFFRACTION94
2.5039-2.54940.24111670.20943134X-RAY DIFFRACTION94
2.5494-2.59840.24981640.20643169X-RAY DIFFRACTION93
2.5984-2.65140.23531840.20383038X-RAY DIFFRACTION93
2.6514-2.70910.21291600.18423085X-RAY DIFFRACTION93
2.7091-2.77210.2311640.18933120X-RAY DIFFRACTION93
2.7721-2.84140.18581800.18973061X-RAY DIFFRACTION92
2.8414-2.91820.24381520.18963076X-RAY DIFFRACTION92
2.9182-3.0040.24451590.18983084X-RAY DIFFRACTION92
3.004-3.10090.20081630.19643087X-RAY DIFFRACTION92
3.1009-3.21170.17671580.17642996X-RAY DIFFRACTION90
3.2117-3.34020.2051600.18063034X-RAY DIFFRACTION90
3.3402-3.49220.18251490.17033016X-RAY DIFFRACTION90
3.4922-3.67620.18531600.15893053X-RAY DIFFRACTION90
3.6762-3.90630.15411530.15832955X-RAY DIFFRACTION89
3.9063-4.20760.19061460.15323022X-RAY DIFFRACTION89
4.2076-4.63040.13261410.1412956X-RAY DIFFRACTION88
4.6304-5.2990.19541830.1612939X-RAY DIFFRACTION88
5.299-6.67070.19441410.17992923X-RAY DIFFRACTION86
6.6707-39.01030.17721630.1642825X-RAY DIFFRACTION82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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