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- PDB-3l9q: Crystal structure of human polymerase alpha-primase p58 iron-sulf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l9q
タイトルCrystal structure of human polymerase alpha-primase p58 iron-sulfur cluster domain
要素DNA primase large subunit
キーワードTRANSFERASE / pol alpha / primase / DNA replication / polymerase / iron-sulfur cluster / DNA-binding / DNA-directed RNA polymerase / Iron / Iron-sulfur / Metal-binding / Nucleotidyltransferase / Phosphoprotein / Primosome / Transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication initiation / Telomere C-strand synthesis initiation / DNA/RNA hybrid binding / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / DNA replication, synthesis of primer ...DNA replication initiation / Telomere C-strand synthesis initiation / DNA/RNA hybrid binding / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / DNA replication, synthesis of primer / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / Defective pyroptosis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA primase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.698 Å
データ登録者Vaithiyalingam, S. / Eichman, B.F. / Chazin, W.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Insights into eukaryotic DNA priming from the structure and functional interactions of the 4Fe-4S cluster domain of human DNA primase.
著者: Vaithiyalingam, S. / Warren, E.M. / Eichman, B.F. / Chazin, W.J.
履歴
登録2010年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA primase large subunit
B: DNA primase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2199
ポリマ－45,0362
非ポリマー1,1847
水7,927440
1
A: DNA primase large subunit
B: DNA primase large subunit
ヘテロ分子

A: DNA primase large subunit
B: DNA primase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,43818
ポリマ－90,0714
非ポリマー2,36714
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8250 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area31770 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.441, 53.050, 88.844
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-473-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA primase large subunit / DNA primase 58 kDa subunit / p58


分子量: 22517.781 Da / 分子数: 2 / 断片: iron-sulfur cluster domain (UNP residues 272-464) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM2, PRIM2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49643, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.57 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 15% PEG 3250, 0.2 M LiSO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 160 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月17日
放射モノクロメーター: C111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.8 Å / Num. all: 49696 / Num. obs: 49683 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 4301 / Rsym value: 0.238 / % possible all: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2diffractometer softwareデータ収集
SHARP位相決定
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX2009_02_15_2320_3精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.698→37.321 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.169 2496 5.03 %random
Rwork0.1297 ---
obs0.1317 49670 97.14 %-
all-49683 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.484 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.698→37.321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2753 0 40 440 3233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.924005
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9481109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004513
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6982-1.73080.19231140.1152105X-RAY DIFFRACTION79
1.7308-1.76620.16271200.10592321X-RAY DIFFRACTION87
1.7662-1.80460.1361260.10222451X-RAY DIFFRACTION92
1.8046-1.84650.16881170.10532619X-RAY DIFFRACTION96
1.8465-1.89270.1651370.10512643X-RAY DIFFRACTION99
1.8927-1.94390.16331640.10472618X-RAY DIFFRACTION100
1.9439-2.00110.14511500.10542687X-RAY DIFFRACTION100
2.0011-2.06570.16281440.09922692X-RAY DIFFRACTION100
2.0657-2.13950.14461320.10032669X-RAY DIFFRACTION100
2.1395-2.22510.14481520.12712X-RAY DIFFRACTION100
2.2251-2.32640.16571320.11172679X-RAY DIFFRACTION100
2.3264-2.4490.16851500.11732694X-RAY DIFFRACTION100
2.449-2.60240.18231470.132702X-RAY DIFFRACTION100
2.6024-2.80330.17111390.13812704X-RAY DIFFRACTION100
2.8033-3.08530.18331360.14232718X-RAY DIFFRACTION100
3.0853-3.53140.18091250.13292728X-RAY DIFFRACTION100
3.5314-4.44810.14641490.1232733X-RAY DIFFRACTION100
4.4481-37.33040.17721620.16572699X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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