PDB-4c5z: Crystal structure of A. niger ochratoxinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c5z

タイトル

Crystal structure of A. niger ochratoxinase

要素

OCHRATOXINASE

キーワード

HYDROLASE / METAL-DEPENDENT AMIDOHYDROLASE / OCHRATOXIN A HYDROLYSIS / AMIDOHYDROLASE SUPERFAMILY

機能・相同性

機能・相同性情報

ochratoxin A catabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ASPERGILLUS NIGER (黒麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Dobritzsch, D. / Wang, H. / Schneider, G. / Yu, S.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: Structural and Functional Characterization of Ochratoxinase, a Novel Mycotoxin Degrading Enzyme.
著者: Dobritzsch, D. / Wang, H. / Schneider, G. / Yu, S.

履歴

登録	2013年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c5z.cif.gz	338.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c5z.ent.gz	278.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c5z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/4c5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/4c5z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c5yC 4c60C 4c65C 2qs8S 2r8c PDB 未公開エントリS 3be7S 3feqS 3mtwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c60-2 4c5y-1 4c65-1 3be7-d 4c60-1 3dug-d 4c65-2 3mtw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: OCHRATOXINASE

B: OCHRATOXINASE

93.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: OCHRATOXINASE

B: OCHRATOXINASE

A: OCHRATOXINASE

B: OCHRATOXINASE

A: OCHRATOXINASE

B: OCHRATOXINASE

A: OCHRATOXINASE

B: OCHRATOXINASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
373 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.940, 183.940, 79.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 46 - 480 / Label seq-ID: 4 - 438

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.09554, 0.9954, -0.001018), (0.9954, -0.09554, -0.000162), (-0.000258, -0.000998, -1)
ベクター: -91.56, 100.7, -74.31)

#1: タンパク質	OCHRATOXINASE / PROLIDASE 分子量: 46646.828 Da / 分子数: 2 断片: EXTRACELLULAR, N-TERMINALLY TRUNCATED ISOFORM, RESIDUES 43-480 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 42 RESIDUES TRUNCATED AT N-TERMINUS / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS NIGER (黒麹菌) / 株: UVK143 / プラスミド: PGAPT-OTASE / 発現宿主: ASPERGILLUS NIGER (黒麹菌) / 株 (発現宿主): AP4 参照: UniProt: A2R2V4, UniProt: G3XP38*PLUS, Xaa-Pro dipeptidase, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CRYSTALLIZED EXTRACELLULAR ISOFORM IS N-TERMINALLY TRUNCATED BY 42 AMINO ACIDS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.1 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 10 % (W/V) PEG 3000, 0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M TRI-POTASSIUM CITRATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9762
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→92 Å / Num. obs: 46056 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3BE7, 3FEQ, 2R8C, 3MTW, 2QS8

2r8c
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.5→73.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 13.928 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. A 43-44, A 257 AND B 43-45 ARE DISORDERED DISORDERED REGIONS WERE NOT MODELED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2089	2380	5.2 %	RANDOM
R_work	0.17529	-	-	-
obs	0.17704	43557	95.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.077 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→73.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6522	0	0	370	6892

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	6671
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	6385
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.441	1.965	9057
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.943	3	14710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.39	5	869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.482	24.139	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.633	15	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.977	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	993
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	7666
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.157	2.049	3479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.157	2.049	3478
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.953	3.07	4344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.953	3.07	4345
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.354	2.194	3192
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.354	2.194	3192
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.295	3.223	4712
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.154	16.795	7899
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.065	16.609	7760
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 25930 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	177	-
R_work	0.263	3234	-
obs	-	-	97.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9014	1.7555	-1.827	1.7817	-0.8119	3.0357	-0.0122	-0.0997	0.1286	0.027	-0.0551	0.1142	0.0837	-0.2954	0.0673	0.0997	-0.0481	-0.0394	0.067	-0.0172	0.0857	-39.2003	61.468	-16.5954
2	0.1354	0.2436	0.2057	0.4389	0.3699	0.4599	0.0291	-0.0065	-0.0335	0.045	-0.0065	-0.0517	0.0842	-0.018	-0.0226	0.0274	-0.0155	0.0019	0.0212	0.0062	0.1184	-15.1618	75.1077	-26.2372
3	4.4401	-0.1313	1.0767	7.5013	-2.7133	1.9077	-0.0243	-0.0308	-0.2367	0.0566	0.0316	-0.4741	0.1665	0.0472	-0.0073	0.0722	-0.0017	-0.0247	0.0301	-0.0251	0.0722	-8.319	70.7487	-8.3657
4	2.3284	0.292	1.1706	1.8039	-0.5069	2.5815	0.1326	0.1125	-0.227	-0.0245	-0.0649	-0.1358	0.3551	0.0851	-0.0677	0.1104	-0.0277	0.0206	0.055	0.0024	0.0729	-23.6016	57.5161	-16.9651
5	1.8895	1.6279	0.6814	4.5456	1.2638	2.8499	-0.0986	0.0176	-0.0889	-0.0876	0.0662	0.0788	0.282	-0.0226	0.0324	0.0536	-0.0275	0.0065	0.0875	0.0453	0.073	-34.068	56.5259	-57.5472
6	0.2812	0.1592	-0.0299	0.0972	-0.0757	0.5407	0.0319	0.046	0.0721	0.0136	0.0324	0.0391	0.0383	-0.0416	-0.0643	0.0246	-0.0133	0.0003	0.0292	-0.0052	0.122	-18.2822	78.5476	-48.4106
7	7.1732	-2.2258	2.1277	5.4384	-2.1266	1.6413	-0.1003	-0.203	0.6474	0.037	0.1215	0.2722	-0.0709	-0.1288	-0.0212	0.0391	-0.0249	-0.0035	0.04	-0.0091	0.1213	-21.2309	86.7592	-64.5164
8	1.2216	0.1565	0.3058	2.533	-1.522	2.9691	-0.043	-0.0522	0.1676	0.0969	0.1333	0.3213	-0.0979	-0.3534	-0.0903	0.045	-0.0246	-0.0288	0.0975	-0.0067	0.1637	-35.8999	72.314	-58.5375

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	45 - 127
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	128 - 247
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	248 - 324
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	325 - 480
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	46 - 128
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	129 - 249
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	250 - 315
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	316 - 480

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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