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万見
- PDB-3l4k: Topoisomerase II-DNA cleavage complex, metal-bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l4k
タイトルTopoisomerase II-DNA cleavage complex, metal-bound
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*)-3')
  • DNA topoisomerase 2
キーワードIsomerase/DNA / TOPOISOMERASE / PROTEIN-DNA COMPLEX / COVALENTLY LINKED COMPLEX / DNA SUPERCOILING / DNA REPLICATION / ATP-binding / DNA-binding / Isomerase / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Isomerase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


replication fork progression beyond termination site / DNA replication termination region / chromatin remodeling at centromere / regulation of mitotic recombination / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / SUMOylation of DNA replication proteins / synaptonemal complex / reciprocal meiotic recombination / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity ...replication fork progression beyond termination site / DNA replication termination region / chromatin remodeling at centromere / regulation of mitotic recombination / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / SUMOylation of DNA replication proteins / synaptonemal complex / reciprocal meiotic recombination / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA topological change / rRNA transcription / chromatin organization / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dna Ligase; domain 1 - #30 / Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / Rossmann fold - #670 / Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / C-terminal associated domain of TOPRIM ...Dna Ligase; domain 1 - #30 / Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / Rossmann fold - #670 / Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Gyrase A; domain 2 / Dna Ligase; domain 1 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-THIO-THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Schmidt, B.H. / Burgin, A.B. / Deweese, J.E. / Osheroff, N. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: A novel and unified two-metal mechanism for DNA cleavage by type II and IA topoisomerases.
著者: Schmidt, B.H. / Burgin, A.B. / Deweese, J.E. / Osheroff, N. / Berger, J.M.
履歴
登録2009年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年9月13日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_conn
改定 1.32019年7月31日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_conn / Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 2
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,47014
ポリマ－103,6085
非ポリマー8629
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.064, 91.851, 115.939
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-116-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 2 / DNA topoisomerase II


分子量: 88025.180 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 421-1177 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: N2244, TOP2, TOR3, YNL088W / プラスミド: PGAL / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): BCY123 / 参照: UniProt: P06786, EC: 5.99.1.3

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DNA鎖 , 4種, 4分子 BCDE

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*AP*C)-3')


分子量: 3269.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量: 4675.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*)-3')


分子量: 3109.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*C)-3')


分子量: 4529.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 29分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-TSP / 3'-THIO-THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / 3′-メルカプト-3′-デオキシチミジン5′-りん酸


タイプ: DNA linking / 分子量: 338.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O7PS
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.21 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% 1,4-BUTANEDIOL, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.2823 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月18日
放射モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2823 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→50 Å / Num. all: 19750 / Num. obs: 18071 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 72.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.98→3.07 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1827 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2RGR

2rgr


解像度: 2.98→49.023 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.9 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2733 1549 4.97 %IMPORTED FROM PDB ENTRY 3L4J
Rwork0.2391 ---
obs0.2408 17619 86.23 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.228 Å2 / ksol: 0.266 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 89.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.8659 Å20 Å20 Å2
2--14.0089 Å20 Å2
3----5.143 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.98→49.023 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5941 1039 28 20 7028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2510013
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0722802
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1031079
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071096
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.98-3.07950.39431270.33732722284986
3.0795-3.18950.3651290.33012740286988
3.1895-3.31720.3981530.32762710286388
3.3172-3.46820.32611710.2992705287687
3.4682-3.6510.3471430.27252706284987
3.651-3.87960.29041570.25492716287387
3.8796-4.1790.28261370.22912687282486
4.179-4.59930.24571390.19712660279985
4.5993-5.26410.18751320.19612659279185
5.2641-6.62970.26771130.2132683279685
6.6297-49.02920.2091480.19352643279185

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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