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- PDB-3l3t: Human mesotrypsin complexed with amyloid precursor protein inhibi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l3t
タイトルHuman mesotrypsin complexed with amyloid precursor protein inhibitor variant (APPIR15K)
要素
  • PRSS3 protein
  • Protein APP
キーワードHydrolase/Cell Adhesion / Human mesotrypsin / Canonical inhibitor / Alzheimer's amyloid precursor protein inhibitor / APPI / APPI-R15K / Hydrolase-Cell Adhesion complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / antimicrobial humoral response / Alpha-defensins / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / zymogen activation / Antimicrobial peptides / endothelial cell migration / trypsin / digestion / serine-type peptidase activity ...Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / antimicrobial humoral response / Alpha-defensins / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / zymogen activation / Antimicrobial peptides / endothelial cell migration / trypsin / digestion / serine-type peptidase activity / tertiary granule lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / : / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease ...Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / : / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / : / Trypsin-3 / PRSS3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.378 Å
データ登録者Salameh, M.A. / Soares, A.S. / Radisky, E.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2010
タイトル: Determinants of affinity and proteolytic stability in interactions of Kunitz family protease inhibitors with mesotrypsin.
著者: Salameh, M.A. / Soares, A.S. / Navaneetham, D. / Sinha, D. / Walsh, P.N. / Radisky, E.S.
履歴
登録2009年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PRSS3 protein
B: PRSS3 protein
C: PRSS3 protein
D: PRSS3 protein
E: Protein APP
F: Protein APP
G: Protein APP
H: Protein APP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,78425
ポリマ-122,0268
非ポリマー75917
6,215345
1
A: PRSS3 protein
E: Protein APP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,86910
ポリマ-30,5062
非ポリマー3628
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12440 Å2
手法PISA
2
B: PRSS3 protein
F: Protein APP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7778
ポリマ-30,5062
非ポリマー2706
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PISA
3
C: PRSS3 protein
G: Protein APP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5934
ポリマ-30,5062
非ポリマー862
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12320 Å2
手法PISA
4
D: PRSS3 protein
H: Protein APP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5473
ポリマ-30,5062
非ポリマー401
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.793, 130.067, 132.338
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

#1: タンパク質
PRSS3 protein / Mesotrypsin


分子量: 24257.457 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 28-251 / 変異: S195A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / : BL21(DE3) / 遺伝子: PRSS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N2U3, UniProt: P35030*PLUS, trypsin
#2: タンパク質
Protein APP / ALZHEIMER'S AMYLOID BETA-PROTEIN PRECURSOR


分子量: 6248.966 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 211-267 / 変異: R15K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APP / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: C9JHU0
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / : CH2O2
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 4M sodium formate solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.378→24.516 Å / Num. all: 63709 / Num. obs: 63709 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rsym value: 0.162 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.378→2.53 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.013 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. measured all: 78222 / Num. unique all: 9126 / Rsym value: 0.01277 / % possible all: 99.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLM3.2.25データ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER2007_05_29_2026位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.378→24.515 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.822 / 立体化学のターゲット値: ml
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 6115 5.03 %
Rwork0.183 --
obs-63638 97.95 %
溶媒の処理Bsol: 56.067 Å2 / ksol: 0.408 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 172.69 Å2 / Biso mean: 45.41 Å2 / Biso min: 1.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.069 Å2-0 Å20 Å2
2---2.397 Å2-0 Å2
3---5.466 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.378→24.515 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8536 0 43 345 8924
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6981
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.0831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDTotal num. of bins used% reflection obs (%)
2.378-2.3820.32542X-RAY DIFFRACTION2318
2.382-2.3850.2881X-RAY DIFFRACTION23116
2.385-2.3890.293127X-RAY DIFFRACTION23125
2.389-2.3920.286157X-RAY DIFFRACTION23132
2.392-2.3960.301199X-RAY DIFFRACTION23138
2.396-2.3990.278321X-RAY DIFFRACTION23157
2.399-2.4030.323422X-RAY DIFFRACTION23175
2.403-2.4070.322432X-RAY DIFFRACTION23182
2.407-2.410.316493X-RAY DIFFRACTION23191
2.41-2.4140.313540X-RAY DIFFRACTION23191
2.414-2.4170.33439X-RAY DIFFRACTION23193
2.417-2.4210.278482X-RAY DIFFRACTION23192
2.421-2.4250.314496X-RAY DIFFRACTION23194
2.425-2.4280.312522X-RAY DIFFRACTION23195
2.428-2.4320.33509X-RAY DIFFRACTION23193
2.432-2.4360.312473X-RAY DIFFRACTION23191
2.436-2.440.287562X-RAY DIFFRACTION23195
2.44-2.4440.305520X-RAY DIFFRACTION23195
2.444-2.4470.312482X-RAY DIFFRACTION23194
2.447-2.4510.314529X-RAY DIFFRACTION23196
2.451-2.4550.308502X-RAY DIFFRACTION23193
2.455-2.4590.301497X-RAY DIFFRACTION23196
2.459-2.4630.281439X-RAY DIFFRACTION23193
2.463-2.4670.306512X-RAY DIFFRACTION23193
2.467-2.4710.294555X-RAY DIFFRACTION23195
2.471-2.4750.277485X-RAY DIFFRACTION23195
2.475-2.4790.293494X-RAY DIFFRACTION23196
2.479-2.4830.308542X-RAY DIFFRACTION23196
2.483-2.4870.305516X-RAY DIFFRACTION23194
2.487-2.4910.286498X-RAY DIFFRACTION23194
2.491-2.4950.306529X-RAY DIFFRACTION23195
2.495-2.50.306549X-RAY DIFFRACTION23195
2.5-2.5040.269479X-RAY DIFFRACTION23196
2.504-2.5080.277537X-RAY DIFFRACTION23197
2.508-2.5120.302464X-RAY DIFFRACTION23195
2.512-2.5160.287516X-RAY DIFFRACTION23195
2.516-2.5210.28517X-RAY DIFFRACTION23197
2.521-2.5250.276532X-RAY DIFFRACTION23193
2.525-2.530.292482X-RAY DIFFRACTION23195
2.53-2.5340.29527X-RAY DIFFRACTION23193
2.534-2.5380.298486X-RAY DIFFRACTION23196
2.538-2.5430.266523X-RAY DIFFRACTION23194
2.543-2.5470.252500X-RAY DIFFRACTION23195
2.547-2.5520.25485X-RAY DIFFRACTION23194
2.552-2.5560.282531X-RAY DIFFRACTION23197
2.556-2.5610.279547X-RAY DIFFRACTION23197
2.561-2.5660.279481X-RAY DIFFRACTION23196
2.566-2.570.249530X-RAY DIFFRACTION23195
2.57-2.5750.227515X-RAY DIFFRACTION23192
2.575-2.580.287520X-RAY DIFFRACTION23196
2.58-2.5840.246482X-RAY DIFFRACTION23196
2.584-2.5890.256519X-RAY DIFFRACTION23196
2.589-2.5940.254530X-RAY DIFFRACTION23195
2.594-2.5990.25498X-RAY DIFFRACTION23197
2.599-2.6040.242506X-RAY DIFFRACTION23191
2.604-2.6090.242487X-RAY DIFFRACTION23195
2.609-2.6140.228513X-RAY DIFFRACTION23196
2.614-2.6190.227537X-RAY DIFFRACTION23194
2.619-2.6240.219485X-RAY DIFFRACTION23196
2.624-2.6290.265496X-RAY DIFFRACTION23193
2.629-2.6340.254510X-RAY DIFFRACTION23197
2.634-2.6390.249539X-RAY DIFFRACTION23196
2.639-2.6450.251524X-RAY DIFFRACTION23196
2.645-2.650.25528X-RAY DIFFRACTION23194
2.65-2.6550.242539X-RAY DIFFRACTION23196
2.655-2.660.26486X-RAY DIFFRACTION23194
2.66-2.6660.225483X-RAY DIFFRACTION23196
2.666-2.6710.224494X-RAY DIFFRACTION23195
2.671-2.6770.247473X-RAY DIFFRACTION23192
2.677-2.6820.23544X-RAY DIFFRACTION23195
2.682-2.6880.238500X-RAY DIFFRACTION23195
2.688-2.6930.225539X-RAY DIFFRACTION23195
2.693-2.6990.236522X-RAY DIFFRACTION23195
2.699-2.7050.232480X-RAY DIFFRACTION23192
2.705-2.7110.247529X-RAY DIFFRACTION23192
2.711-2.7160.236422X-RAY DIFFRACTION23194
2.716-2.7220.223566X-RAY DIFFRACTION23196
2.722-2.7280.231536X-RAY DIFFRACTION23196
2.728-2.7340.236488X-RAY DIFFRACTION23194
2.734-2.740.244499X-RAY DIFFRACTION23194
2.74-2.7460.226492X-RAY DIFFRACTION23194
2.746-2.7520.224501X-RAY DIFFRACTION23194
2.752-2.7580.236519X-RAY DIFFRACTION23195
2.758-2.7650.229545X-RAY DIFFRACTION23196
2.765-2.7710.22472X-RAY DIFFRACTION23198
2.771-2.7770.233524X-RAY DIFFRACTION23195
2.777-2.7840.235494X-RAY DIFFRACTION23193
2.784-2.790.229518X-RAY DIFFRACTION23195
2.79-2.7970.212525X-RAY DIFFRACTION23197
2.797-2.8030.216546X-RAY DIFFRACTION23195
2.803-2.810.233534X-RAY DIFFRACTION23197
2.81-2.8170.223472X-RAY DIFFRACTION23197
2.817-2.8230.223516X-RAY DIFFRACTION23195
2.823-2.830.237501X-RAY DIFFRACTION23195
2.83-2.8370.237556X-RAY DIFFRACTION23198
2.837-2.8440.237486X-RAY DIFFRACTION23196
2.844-2.8510.241520X-RAY DIFFRACTION23195
2.851-2.8580.225523X-RAY DIFFRACTION23197
2.858-2.8650.228491X-RAY DIFFRACTION23196
2.865-2.8730.236505X-RAY DIFFRACTION23194
2.873-2.880.223555X-RAY DIFFRACTION23195
2.88-2.8880.216505X-RAY DIFFRACTION23194
2.888-2.8950.214519X-RAY DIFFRACTION23196
2.895-2.9030.233488X-RAY DIFFRACTION23195
2.903-2.910.208516X-RAY DIFFRACTION23198
2.91-2.9180.211506X-RAY DIFFRACTION23194
2.918-2.9260.209509X-RAY DIFFRACTION23196
2.926-2.9340.214505X-RAY DIFFRACTION23196
2.934-2.9420.214547X-RAY DIFFRACTION23195
2.942-2.950.231499X-RAY DIFFRACTION23195
2.95-2.9580.219496X-RAY DIFFRACTION23196
2.958-2.9660.219487X-RAY DIFFRACTION23193
2.966-2.9740.222536X-RAY DIFFRACTION23195
2.974-2.9830.22499X-RAY DIFFRACTION23195
2.983-2.9910.223504X-RAY DIFFRACTION23195
2.991-30.224540X-RAY DIFFRACTION23197
3-3.0090.212546X-RAY DIFFRACTION23198
3.009-3.0180.216464X-RAY DIFFRACTION23193
3.018-3.0260.197506X-RAY DIFFRACTION23194
3.026-3.0360.211523X-RAY DIFFRACTION23194
3.036-3.0450.206491X-RAY DIFFRACTION23196
3.045-3.0540.193518X-RAY DIFFRACTION23195
3.054-3.0630.19529X-RAY DIFFRACTION23198
3.063-3.0730.207509X-RAY DIFFRACTION23195
3.073-3.0820.212530X-RAY DIFFRACTION23196
3.082-3.0920.205543X-RAY DIFFRACTION23194
3.092-3.1020.185483X-RAY DIFFRACTION23195
3.102-3.1120.208464X-RAY DIFFRACTION23193
3.112-3.1220.192540X-RAY DIFFRACTION23194
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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