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- PDB-3l3h: X-ray crystal structure of the F6A mutant of influenza A acid pol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l3h
タイトルX-ray crystal structure of the F6A mutant of influenza A acid polymerase epitope PA224 bound to murine H2-Db MHC
要素
  • 10-mer peptide from Polymerase acidic protein
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Animals Antigens / Viral Epitopes / T-Lymphocyte Histocompatibility Antigens / Mice Antigen / T-Cell / T-Lymphocytes / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane / Immunoglobulin domain / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cap snatching / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / cellular defense response ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cap snatching / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / endonuclease activity / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / intracellular iron ion homeostasis / host cell cytoplasm / learning or memory / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / external side of plasma membrane / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Welland, A. / Clements, C.S. / Dunstone, M.A. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Constraints within major histocompatibility complex class I restricted peptides: presentation and consequences for T-cell recognition
著者: Theodossis, A. / Guillonneau, C. / Welland, A. / Ely, L.K. / Clements, C.S. / Williamson, N.A. / Webb, A.I. / Wilce, J.A. / Mulder, R.J. / Dunstone, M.A. / Doherty, P.C. / McCluskey, J. / ...著者: Theodossis, A. / Guillonneau, C. / Welland, A. / Ely, L.K. / Clements, C.S. / Williamson, N.A. / Webb, A.I. / Wilce, J.A. / Mulder, R.J. / Dunstone, M.A. / Doherty, P.C. / McCluskey, J. / Purcell, A.W. / Turner, S.J. / Rossjohn, J.
履歴
登録2009年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年2月26日Group: Database references
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: 10-mer peptide from Polymerase acidic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8453
ポリマ－44,8453
非ポリマー00
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.068, 56.068, 275.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32030.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド 10-mer peptide from Polymerase acidic protein / 10-mer peptide from RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 1110.199 Da / 分子数: 1 / Mutation: F6A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fmoc-peptide synthesis / 参照: UniProt: Q17TI0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M citrate, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.51478 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.51478 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→28 Å / Num. all: 12799 / Num. obs: 12799 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CC5

3cc5


解像度: 2.7→28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU B: 27.379 / SU ML: 0.295 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.426 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28409 1268 9.9 %RANDOM
Rwork0.22031 ---
all0.22031 12799 --
obs0.22673 11531 98.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.889 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3160 0 0 122 3282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0213256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8881.9384423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9745381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.3323.588170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.64615537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8791525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022558
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1650.21382
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2910.22144
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1411.51985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.25523101
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.30731504
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5254.51322
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 80 -
Rwork0.252 819 -
obs--98.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4932-0.3943-0.99772.22331.16544.9406-0.13040.0625-0.00160.02570.02370.1931-0.0742-0.01980.1067-0.1211-0.0106-0.017-0.14540.0563-0.0314-30.2276-15.2614-30.7625
23.1036-1.6521-0.37623.20991.21581.4224-0.1706-0.32940.25960.28820.4219-0.40640.00120.547-0.25130.02150.047-0.01070.0564-0.0944-0.0776-10.4244-34.7001-5.9246
31.45511.1265-0.29755.7972-3.17083.9198-0.06250.1145-0.0754-0.00740.04590.1920.0383-0.25860.0166-0.08260.05410.041-0.0685-0.0598-0.0664-26.5397-41.5141-20.6199
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 10
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B1 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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