PDB-3l27: Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domai...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l27

タイトル

Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain R312A mutant

要素

Polymerase cofactor VP35

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING DOMAIN / INTERFERON ANTIVIRAL EVASION / RNA REPLICATION / RNA-BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION / Host cytoplasm / Interferon antiviral system evasion / RNA-binding / Virion

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / positive regulation of protein sumoylation / viral transcription / molecular sequestering activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Leung, D.W. / Prins, K.C. / Borek, D.M. / Farahbakhsh, M. / Tufariello, J.M. / Ramanan, P. / Nix, J.C. / Helgeson, L.A. / Otwinowski, Z. / Honzatko, R.B. ...

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for dsRNA recognition and interferon antagonism by Ebola VP35.
著者: Leung, D.W. / Prins, K.C. / Borek, D.M. / Farahbakhsh, M. / Tufariello, J.M. / Ramanan, P. / Nix, J.C. / Helgeson, L.A. / Otwinowski, Z. / Honzatko, R.B. / Basler, C.F. / Amarasinghe, G.K.

履歴

登録	2009年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3l27.ent.gz	100.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l27.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3l27_validation.pdf.gz	480.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3l27_full_validation.pdf.gz	486.5 KB	表示
XML形式データ	3l27_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	3l27_validation.cif.gz	35.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/3l27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/3l27	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3l25C 3l26C 3l28C 3fkeS 3l29 3l2a S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ije-d 5kxq-1 4xtj-1 3onq-2 2gk6-2 5kxq-2 5anr-2 3rzz-d 3zkd-3 1z0a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Polymerase cofactor VP35

B: Polymerase cofactor VP35

C: Polymerase cofactor VP35

D: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

58.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.549, 81.549, 343.493
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Polymerase cofactor VP35 分子量: 14124.408 Da / 分子数: 4 / 断片: INTERFERON INHIBITORY DOMAIN / 変異: R312A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 / 遺伝子: VP35 / プラスミド: MODIFIED PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(21)DE3 / 参照: UniProt: Q05127

#1: タンパク質

Polymerase cofactor VP35

分子量: 14124.408 Da / 分子数: 4 / 断片: INTERFERON INHIBITORY DOMAIN / 変異: R312A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: VP35 / プラスミド: MODIFIED PET15B / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(21)DE3 / 参照: UniProt: Q05127

-
非ポリマー , 6種, 357分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.15 詳細: 1.85 M SODIUM PHOSPHATE, 0.15 M POTASSIUM PHOSPHATE, pH 4.15, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月20日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 50802 / Num. obs: 50802 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 19.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 27
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2481 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.3.0037	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FKE

3fke

解像度: 1.95→40.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 5.909 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22893	2348	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17619	-	-	-
all	0.17884	50802	-	-
obs	0.17884	43621	90.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.607 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	-0.02 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→40.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3817	0	114	329	4260

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	4188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.443	1.984	5694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.134	5	527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.263	23.757	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.509	15	704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.317	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	617
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	2872
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.212	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.296	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.164	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.222	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.754	1.5	2594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.273	2	4236
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.412	3	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.868	4.5	1458

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	81	-
R_work	0.181	1301	-
obs	-	-	38.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.3847	-8.4132	5.1357	7.6334	-4.5636	11.4216	-0.0859	-0.4824	0.389	0.2883	-0.1539	0.2441	-0.7011	-0.2725	0.2399	0.1067	0.0071	-0.0318	-0.0027	-0.064	0.1093	11.376	-10.278	21.321
2	1.8888	0.8082	-0.6941	1.4011	-0.3185	4.4871	-0.07	-0.1261	0.0702	-0.0429	0.1218	-0.0832	-0.2995	0.069	-0.0518	0.1315	-0.0063	-0.0002	0.0316	-0.0063	0.047	21.072	-15.391	21
3	13.1419	3.0808	-2.0312	9.1165	-2.4966	5.1762	-0.0347	0.6995	0.7792	-0.3299	0.1142	0.1709	-0.4453	-0.4594	-0.0795	0.1426	0.0542	-0.0627	0.0664	0.0212	0.0348	9.267	-11.59	11.835
4	5.1015	-0.1522	1.2034	0.7301	0.0841	1.0215	-0.0134	-0.2221	-0.1084	-0.1581	0.0338	-0.1137	0.1421	0.0012	-0.0204	0.1103	0.0006	-0.0352	0.0908	0.013	0.0513	11.353	-25.065	20.454
5	4.0374	-2.8768	2.0575	2.8477	-1.279	7.7862	-0.0077	0.3059	-0.251	-0.5873	0.1542	0.013	0.0157	0.0322	-0.1465	0.1458	-0.0112	-0.0455	0.0334	-0.0052	0.049	14.986	-21.945	11.157
6	17.9212	7.5116	4.1343	7.3471	-0.4693	6.2431	0.2876	0.1556	0.7569	0.0498	-0.5638	-0.0647	-0.2976	0.1576	0.2762	0.1601	0.0035	0.0894	-0.0306	0.0489	0.0899	29.403	-10.504	9.83
7	6.0155	1.8713	-3.0637	16.8111	4.0789	22.4841	0.1718	-1.0304	-0.2002	-0.3066	0.0955	-0.9544	-1.0729	1.8988	-0.2673	0.0326	-0.1693	0.0214	0.2053	-0.0223	0.0099	34.915	-14.913	21.104
8	5.3956	-1.5466	-0.9781	2.2558	-2.458	4.7142	0.1975	0.4179	0.0755	-0.3327	-0.0568	-0.1189	0.2702	0.0926	-0.1407	0.1768	-0.0085	0.0492	0.0307	-0.0051	-0.0076	29.106	-18.901	6.971
9	12.5842	10.5074	-2.3403	23.4327	-3.6531	7.0044	-0.1571	0.1651	0.3498	-0.5359	0.0769	-0.9771	-0.5199	0.733	0.0802	0.1166	-0.0934	0.0515	0.0819	0.0265	0.1055	35.97	-12.3	10.302
10	6.307	2.9568	3.3895	4.3168	1.7051	7.7502	-0.0785	-0.1636	-0.1816	0.1469	-0.015	0.2884	0.1056	-0.3227	0.0935	0.1017	-0.0007	-0.0127	0.0719	0.0154	0.0619	-7.453	-39.598	22.015
11	1.4768	0.1103	0.1882	3.7263	0.457	2.7852	0.0165	-0.0487	-0.037	-0.1439	-0.0722	0.2549	0.0339	-0.3698	0.0558	0.0762	-0.0007	-0.0507	0.0968	0.0169	0.0331	-6.713	-35.754	15.216
12	2.4248	-0.4408	0.261	4.0439	0.5495	1.3008	-0.0484	0.0074	0.2589	0.0969	0.0934	-0.1644	-0.012	0.0838	-0.045	0.1363	0.0134	-0.029	0.0819	0.0123	0.0499	5.01	-40.922	19.239
13	5.9011	0.7439	-0.2361	2.4574	-1.4726	4.343	0.1483	0.5624	0.0769	-0.3503	0.0079	-0.2307	-0.0275	0.0919	-0.1561	0.1484	0.0151	-0.0284	0.0687	0.007	0.0365	1.411	-37.113	9.501
14	20.014	-10.8392	-12.628	10.9069	10.8381	19.0688	-0.2379	-0.9111	-0.2159	-0.5849	0.2323	0.4611	-0.2463	0.5471	0.0056	0.0937	-0.005	-0.1133	0.0515	0.0482	-0.0081	-8.023	-25.69	7.884
15	17.3533	-7.6893	4.5227	4.5498	1.8085	13.9	-0.7806	-0.7455	0.5565	0.5933	0.3343	0.3925	-0.9073	-0.8252	0.4463	0.2449	0.0858	-0.0168	0.0508	-0.035	0.1045	-6.925	-17.067	21.477
16	0.8079	-1.3833	0.3966	3.0674	1.7444	8.5971	-0.1849	-0.0445	0.0974	-0.2855	0.1249	-0.0405	-0.3399	0.437	0.0601	0.2073	-0.0158	-0.082	0.0537	-0.015	0.0315	-0.629	-19.215	7.1
17	6.7885	-1.4097	3.1058	5.9645	0.9677	3.5618	0.0521	0.1757	0.1817	-0.4032	0.005	-0.181	0.0177	0.2123	-0.0571	0.1811	0.0143	-0.0456	0.0624	0.032	-0.0046	-0.537	-25.699	8.675
18	12.5143	-1.4354	2.8726	5.6254	-2.5993	7.1567	-0.0904	-0.1483	0.715	-0.0029	0.1156	0.392	-0.8669	-0.5382	-0.0252	0.2685	0.0561	-0.0904	0.0047	-0.0296	0.0796	-7.573	-16.397	12.326
19	15.9286	-5.3175	6.3157	21.2678	-9.1685	20.8546	-0.2119	0.0559	-0.6132	-0.1379	-0.1532	-1.1374	0.7706	0.9956	0.3651	0.0513	0.0274	0.0034	0.05	0.0015	0.1357	3.181	-39.732	-18.078
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22	2.0549	0.5176	0.5903	5.5731	0.0827	0.3536	-0.0443	-0.0429	-0.0126	-0.2526	0.0616	-0.0043	-0.0015	0.0647	-0.0173	0.1322	-0.0205	-0.0216	0.0678	0.0031	0.0401	-12.959	-38.762	-19.497
23	0.8571	-0.7091	0.9302	6.8288	-5.8402	15.6774	0.0978	-0.1041	-0.2182	0.3055	0.0609	0.3889	-0.0329	-0.3201	-0.1587	0.1159	-0.0155	-0.0141	0.0756	0.0006	0.0796	-12.547	-35.093	-11.783
24	0.7968	-0.12	1.4305	2.744	1.3865	3.5097	-0.1074	0.2916	0.0493	0.4784	0.2145	-0.4939	-0.1929	0.2034	-0.1071	0.104	-0.0178	-0.0785	0.1278	-0.0034	0.0771	-0.936	-24.319	-6.759
25	5.9961	-3.2995	-4.1112	5.808	2.9851	24.0518	0.1329	0.3098	0.1844	-0.4507	0.0515	-0.3031	-1.1072	-0.1887	-0.1844	0.2048	-0.0543	-0.0551	-0.0376	0.0292	0.0365	-5.99	-15.551	-14.952
26	2.6989	2.3273	6.4772	15.3073	7.6397	15.8618	-0.1907	-0.1915	-0.043	0.9804	0.2122	0.4566	0.158	-0.6073	-0.0215	0.2109	0.0227	-0.0214	0.0799	0.0102	0.0411	-9.476	-24.155	-0.478
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28	13.9858	-9.1139	-8.9457	6.2849	7.2579	11.6227	0.0061	-0.2888	-0.4109	0.0882	-0.0754	-0.4006	0.5997	-0.0189	0.0693	0.1732	0.0171	0.0694	-0.0265	0.0794	0.1333	22.013	-63.637	16.778
29	4.3357	-0.0818	2.0504	1.6874	-1.0853	4.0415	-0.1837	-0.2042	-0.1863	-0.1998	0.1557	0.0542	0.1941	-0.1569	0.028	0.1387	-0.0216	0.0143	0.0235	0.0304	0.0441	11.559	-57.293	19.473
30	5.038	2.1042	-2.0492	5.116	0.2803	3.7835	-0.2475	0.3625	-0.5074	-0.5561	0.1173	-0.2181	0.3402	0.1207	0.1302	0.2063	0.0111	0.0589	0.0404	-0.0169	0.0537	21.651	-58.771	9.35
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32	8.7238	0.9269	-0.2997	1.4589	0.0016	3.4775	0.119	0.4121	-0.5486	-0.2911	-0.0066	0.2069	0.2006	-0.1776	-0.1124	0.1992	-0.0206	-0.0466	-0.0891	-0.0387	0.0326	3.325	-60.58	8.543
33	18.8801	-13.215	12.6671	44.4643	0.3147	17.5109	0.2152	-1.5022	-0.2817	1.1846	0.3517	1.417	-0.0924	-1.3736	-0.5669	0.0426	-0.0945	0.0136	0.22	0.0962	-0.0316	-1.952	-55.605	21.252
34	10.5285	0.3066	1.4489	0.4294	1.1785	3.2703	0.0353	1.1139	0.0958	-0.4132	0.0972	-0.011	-0.3415	0.0337	-0.1325	0.223	-0.052	-0.028	0.0876	0.0533	-0.0133	2.482	-51.173	4.786
35	4.9764	6.3869	0.6368	17.8741	-1.3647	2.4425	-0.1082	0.0804	-0.3222	-0.7468	0.2659	1.0058	0.4209	-0.1324	-0.1578	0.2191	-0.0658	-0.0876	0.0069	0.0138	0.1067	-1.819	-60.287	7.891
36	7.1741	4.4231	5.1848	14.0759	4.7541	6.8494	-0.0066	-0.4247	-0.0631	-0.264	-0.1503	0.5168	0.0554	-0.4369	0.1568	0.1357	-0.0397	-0.0432	0.0275	0.022	0.0353	-2.092	-55.362	9.311

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	218 - 228
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	229 - 248
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	249 - 260
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	261 - 274
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	275 - 287
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	288 - 300
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	301 - 310
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	311 - 328
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	329 - 340
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	218 - 233
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	234 - 260
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	261 - 276
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	277 - 287
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	288 - 297
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	298 - 310
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	311 - 319
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	320 - 327
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	328 - 340
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	218 - 226
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	227 - 245
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	246 - 261
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	262 - 274
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	275 - 283
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	284 - 303
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	304 - 314
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	315 - 322
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	323 - 340
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	218 - 227
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	228 - 245
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	246 - 263
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	264 - 285
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	286 - 304
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	305 - 309
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	310 - 323
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	324 - 332
36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	333 - 340

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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