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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kz5 | ||||||
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タイトル | Structure of cdomain | ||||||
![]() | Protein sopB | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / partition / segregation / F plasmid / DNA-binding protein / DNA-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schumacher, M.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Insight into F plasmid DNA segregation revealed by structures of SopB and SopB-DNA complexes. 著者: Schumacher, M.A. / Piro, K.M. / Xu, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 457.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 459.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5802.745 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 276-323 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: sopB(272-323) artificial gene for expression in pET15b 遺伝子: B, ECOK12F047, sopB / プラスミド: pet15b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ACT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.68 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 4000, sodium acetate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月7日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→43.85 Å / Num. all: 19742 / Num. obs: 18124 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 10.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.0656 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→43.77 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.58→1.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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