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- PDB-3kyo: Crystal structure of HLA-G presenting KLPAQFYIL peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kyo
タイトルCrystal structure of HLA-G presenting KLPAQFYIL peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • KLPAQFYIL peptide
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / Human leukocyte antigen / major histocompatibility complex / immune response / MHC I
機能・相同性
機能・相同性情報


peripheral B cell tolerance induction / positive regulation of tolerance induction / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of natural killer cell cytokine production / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / cis-Golgi network membrane / positive regulation of T cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of G0 to G1 transition ...peripheral B cell tolerance induction / positive regulation of tolerance induction / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of natural killer cell cytokine production / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / cis-Golgi network membrane / positive regulation of T cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of G0 to G1 transition / negative regulation of immune response / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of regulatory T cell differentiation / filopodium membrane / positive regulation of macrophage cytokine production / CD8 receptor binding / protein homotrimerization / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular defense response / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / early endosome / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G / Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Walpole, N.G. / Rossjohn, J. / Clements, C.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The structure and stability of the monomorphic HLA-G are influenced by the nature of the bound peptide
著者: Walpole, N.G. / Kjer-Nielsen, L. / Kostenko, L. / McCluskey, J. / Brooks, A.G. / Rossjohn, J. / Clements, C.S.
履歴
登録2009年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年2月26日Group: Database references
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: MHC class I antigen
D: Beta-2-microglobulin
P: KLPAQFYIL peptide
Q: KLPAQFYIL peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2658
ポリマ－89,1476
非ポリマー1182
水17,889993
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
P: KLPAQFYIL peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6334
ポリマ－44,5743
非ポリマー591
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
2
C: MHC class I antigen
D: Beta-2-microglobulin
Q: KLPAQFYIL peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6334
ポリマ－44,5743
非ポリマー591
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.606, 85.982, 111.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen / HLA-G


分子量: 31601.002 Da / 分子数: 2 / 断片: residues in UNP 26-298 / 変異: C66S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-G / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH1 / 参照: UniProt: Q9MYA2, UniProt: P17693*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH1 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド KLPAQFYIL peptide


分子量: 1093.337 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesised peptide
#4: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 993 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 16% PEG 3350, 0.2M potassium formate, 0.1M HEPES, 10mM cobalt chloride, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.7→43 Å / Num. obs: 119833 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 2.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YDP

1ydp


解像度: 1.7→43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.798 / SU ML: 0.078 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22645 5992 5 %RANDOM
Rwork0.18157 ---
obs0.18382 113595 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.139 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.38 Å20 Å20.57 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3---0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6276 0 2 993 7271
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0216469
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8881.9358785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0093.00210751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9475764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.36423.371350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.74151063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.671558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021413
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2490.21290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.24735
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.23062
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.23480
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2630.2749
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3310.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2060.255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.44434879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.76431527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.85256171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.11673164
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.992102611
LS精密化 シェル解像度: 1.702→1.746 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 414 -
Rwork0.284 8252 -
obs--97.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50210.27650.51130.8020.42230.68340.00850.0309-0.02480.0444-0.01690.04870.09270.0420.0084-0.021-0.01790.0014-0.04340.0005-0.005330.58158.208361.1661
20.818-0.0751-0.31323.2246-2.5652.60280.031-0.0084-0.1829-0.1909-0.1868-0.06320.05490.1210.15570.00440.06560.034-0.0310.0572-0.026713.401523.83534.1379
30.6505-0.11670.31020.4642-0.15520.6622-0.0066-0.03230.0087-0.00450.0176-0.06470.10070.0227-0.011-0.01140.0104-0.0039-0.0224-0.008-0.0326-8.29537.548190.3318
40.5665-0.2871-0.54682.24953.00654.10430.00440.005-0.0882-0.00240.0248-0.0224-0.158-0.1323-0.02920.02160.02730.0543-0.0171-0.0089-0.07297.957422.4691117.2071
52.94750.18610.75590.16210.40521.0435-0.05170.1710.23480.0266-0.0017-0.012-0.0022-0.02110.0534-0.0583-0.0122-0.0086-0.02210.07290.01836.838721.172955.5425
62.7425-0.17090.55490.2175-0.3720.8678-0.1133-0.09390.16460.01760.0210.0515-0.00540.02080.0923-0.06180.0031-0.0069-0.0015-0.072-0.004315.289920.393696.4169
73.12034.81324.451911.38097.28116.52830.2213-0.1213-0.18790.3345-0.1393-0.15240.3551-0.0106-0.082-0.0048-0.00180.0027-0.02360.0005-0.034235.8194.633965.1646
81.2023-2.05061.64246.1118-3.92493.87530.16980.20410.0248-0.2622-0.1346-0.00520.33770.1651-0.03510.02020.0042-0.0148-0.0257-0.0167-0.0506-13.52114.15886.2244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2A181 - 274
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 180
4X-RAY DIFFRACTION4C181 - 274
5X-RAY DIFFRACTION5B0 - 99
6X-RAY DIFFRACTION6D0 - 99
7X-RAY DIFFRACTION7P1 - 9
8X-RAY DIFFRACTION8Q1 - 9

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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