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万見
- PDB-3kry: Crystal structure of MMP-13 in complex with SC-78080 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kry
タイトルCrystal structure of MMP-13 in complex with SC-78080
要素Collagenase 3
キーワードHYDROLASE / collagenase / collagenase-3 / MMP-13 / Collagen degradation / Disease mutation / Disulfide bond / Extracellular matrix / Glycoprotein / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


growth plate cartilage development / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / endochondral ossification / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / bone morphogenesis / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / bone mineralization / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to amyloid-beta / Collagen degradation ...growth plate cartilage development / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / endochondral ossification / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / bone morphogenesis / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / bone mineralization / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to amyloid-beta / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan binding-like / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin ...Peptidoglycan binding-like / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3KR / Collagenase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kiefer, J.R. / Williams, J.M. / Becker, D.P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Orally-active MMP-1 sparing alpha-tetrahydropyranyl and alpha-piperidinyl sulfone matrix metalloproteinase (MMP) inhibitors with efficacy in cancer, arthritis, and cardiovascular disease
著者: Becker, D.P. / Barta, T.E. / Bedell, L.J. / Boehm, T.L. / Bond, B.R. / Carroll, J. / Carron, C.P. / Decrescenzo, G.A. / Easton, A.M. / Freskos, J.N. / Funckes-Shippy, C.L. / Heron, M. / ...著者: Becker, D.P. / Barta, T.E. / Bedell, L.J. / Boehm, T.L. / Bond, B.R. / Carroll, J. / Carron, C.P. / Decrescenzo, G.A. / Easton, A.M. / Freskos, J.N. / Funckes-Shippy, C.L. / Heron, M. / Hockerman, S. / Howard, C.P. / Kiefer, J.R. / Li, M.H. / Mathis, K.J. / McDonald, J.J. / Mehta, P.P. / Munie, G.E. / Sunyer, T. / Swearingen, C.A. / Villamil, C.I. / Welsch, D. / Williams, J.M. / Yu, Y. / Yao, J.
履歴
登録2009年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年6月24日Group: Data collection
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagenase 3
B: Collagenase 3
C: Collagenase 3
D: Collagenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,95324
ポリマ－74,0434
非ポリマー2,91020
水9,404522
1
A: Collagenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2386
ポリマ－18,5111
非ポリマー7275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Collagenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2386
ポリマ－18,5111
非ポリマー7275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Collagenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2386
ポリマ－18,5111
非ポリマー7275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Collagenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2386
ポリマ－18,5111
非ポリマー7275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
C: Collagenase 3
ヘテロ分子

A: Collagenase 3
B: Collagenase 3
D: Collagenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,95324
ポリマ－74,0434
非ポリマー2,91020
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7640 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area28720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.317, 70.016, 69.094
Angle α, β, γ (deg.)92.42, 94.23, 104.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Four protein molecules were observed in the asymmetric unit of the crystal lattice, but their arrangement is not believed to be physiologically relevant.

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要素

#1: タンパク質
Collagenase 3 / Matrix metalloproteinase-13 / MMP-13


分子量: 18510.707 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain, residues 104-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P45452, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-3KR / 1-(2-methoxyethyl)-N-oxo-4-({4-[4-(trifluoromethoxy)phenoxy]phenyl}sulfonyl)piperidine-4-carboxamide


分子量: 516.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23F3N2O7S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 100mM Hepes buffer, pH 7.4 1.4M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月17日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 46273 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
X-PLORモデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→19.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 4.799 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25571 2425 5 %RANDOM
Rwork0.2063 ---
obs0.20879 46273 94.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.852 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å2-0.09 Å20.29 Å2
2---0.62 Å20.21 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5189 0 156 522 5867
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0215535
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1021.9657546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79838672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1135653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.16923.961255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.46815791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1011511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021173
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.481.53266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0931.51323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8825256
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.26432269
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0064.52290
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.903→1.952 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 164 -
Rwork0.243 3061 -
obs--86.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.254-0.0391-0.09351.3709-0.58811.97440.00680.13390.0295-0.09520.0050.00960.0024-0.0307-0.01180.0088-0.0006-0.00380.0549-0.01360.0184-0.1822-0.35690.1363
20000000000000000.0688000.068800.0688000
30000000000000000.0688000.068800.0688000
40000000000000000.0688000.068800.0688000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1104 - 1267
2X-RAY DIFFRACTION2B1104 - 1267
3X-RAY DIFFRACTION3C1104 - 1267
4X-RAY DIFFRACTION4D1104 - 1267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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