PDB-3kr4: Structure of a protease 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kr4

タイトル

Structure of a protease 3

要素

M17 leucyl aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE / protease / Aminopeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

McGowan, S. / Whisstock, J.C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure of the Plasmodium falciparum M17 aminopeptidase and significance for the design of drugs targeting the neutral exopeptidases
著者: McGowan, S. / Oellig, C.A. / Birru, W.A. / Caradoc-Davies, T.T. / Stack, C.M. / Lowther, J. / Skinner-Adams, T. / Mucha, A. / Kafarski, P. / Grembecka, J. / Trenholme, K.R. / Buckle, A.M. / ...

履歴

登録	2009年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kr4.cif.gz	2.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kr4.ent.gz	1.9 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kr4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3kr4_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kr4_full_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示
XML形式データ	3kr4_validation.xml.gz	267.1 KB	表示
CIF形式データ	3kr4_validation.cif.gz	388.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/3kr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/3kr4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kqxSC 3kqzC 3kr5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zx8-1 4r6t-1 3kqz-1 6ee2-1 4x2t-1 4r6t-2 6eee-1 4r7m-1 3t8w-1 4k3n-2 3kqz-2 4zx9-1 5cbm-2 4zy2-2 4r76-1 3kqx-2 4r7m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: M17 leucyl aminopeptidase

B: M17 leucyl aminopeptidase

C: M17 leucyl aminopeptidase

D: M17 leucyl aminopeptidase

E: M17 leucyl aminopeptidase

F: M17 leucyl aminopeptidase

G: M17 leucyl aminopeptidase

H: M17 leucyl aminopeptidase

I: M17 leucyl aminopeptidase

J: M17 leucyl aminopeptidase

K: M17 leucyl aminopeptidase

L: M17 leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

720 kDa, 12 ポリマー
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1

A: M17 leucyl aminopeptidase

B: M17 leucyl aminopeptidase

C: M17 leucyl aminopeptidase

D: M17 leucyl aminopeptidase

E: M17 leucyl aminopeptidase

F: M17 leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
360 kDa, 6 ポリマー
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2

G: M17 leucyl aminopeptidase

H: M17 leucyl aminopeptidase

I: M17 leucyl aminopeptidase

J: M17 leucyl aminopeptidase

K: M17 leucyl aminopeptidase

L: M17 leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
360 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	173.561, 178.121, 230.479
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	G
1	2	B
2	2	H
1	3	C
2	3	I
1	4	D
2	4	J
1	5	E
2	5	K

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	A	A	86 - 603	3 - 520
2	1	ASP	ASP	G	G	86 - 603	3 - 520
1	2	ASP	ASP	B	B	86 - 603	3 - 520
2	2	ASP	ASP	H	H	86 - 603	3 - 520
1	3	ASP	ASP	C	C	86 - 603	3 - 520
2	3	ASP	ASP	I	I	86 - 603	3 - 520
1	4	ASP	ASP	D	D	86 - 603	3 - 520
2	4	ASP	ASP	J	J	86 - 603	3 - 520
1	5	ASN	ASN	E	E	86 - 602	3 - 519
2	5	ASP	ASP	K	K	86 - 603	3 - 520

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	M17 leucyl aminopeptidase / Malarial protease 分子量: 58708.973 Da / 分子数: 12 / 断片: residues 84-605 / 変異: N152Q, N515Q, N546Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / プラスミド: pTrc-His2b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Rosetta2 / 参照: UniProt: Q8IL11, leucyl aminopeptidase

#1: タンパク質

M17 leucyl aminopeptidase / Malarial protease

分子量: 58708.973 Da / 分子数: 12 / 断片: residues 84-605 / 変異: N152Q, N515Q, N546Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / プラスミド: pTrc-His2b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Rosetta2 / 参照: UniProt: Q8IL11, leucyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 7種, 4957分子

#2: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION 分子量: 60.009 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-BES / 2-(3-AMINO-2-HYDROXY-4-PHENYL-BUTYRYLAMINO)-4-METHYL-PENTANOIC ACID / BESTATIN 分子量: 308.373 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₄N₂O₄
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	... ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 分子量: 238.278 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4858 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 40% PEG 400, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M LiSo4, 1mM TCEP, 1mM MgCl2, 1mM Bestatin, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95659 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月8日
放射	モノクロメーター: double crystal silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95659 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→62.14 Å / Num. obs: 469417 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 0.251 / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 6476290
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 0.999 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 786785 / R_sym value: 0.291 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0063	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KQX

3kqx

解像度: 2→43.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 9.144 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24193	23578	5 %	RANDOM
R_work	0.1921	-	-	-
obs	0.19459	445463	98.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.56 Å² / B_iso mean: 12.427 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.61 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→43.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	47378	0	780	4858	53016

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	48996
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.628	1.973	66267
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.425	5	6155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.862	25.313	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.927	15	8190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.381	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	7586
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	36124
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.802	1.5	30620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.469	2	49221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.603	3	18376
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.222	4.5	17040
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	3949	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
1	A	3949	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
2	B	3862	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	B	3862	TIGHT THERMAL	0.15	0.5
3	C	3934	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	C	3934	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
4	D	3908	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
4	D	3908	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
5	E	3874	TIGHT POSITIONAL	0.09	0.05
5	E	3874	TIGHT THERMAL	0.16	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	1679	-
R_work	0.297	31489	-
obs	-	-	94.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.535	-0.0184	-0.1894	0.2054	0.0026	0.2273	-0.0062	-0.0585	0.0088	0.0253	0.0159	0.0148	-0.023	-0.0426	-0.0098	0.0434	0.0167	-0.011	0.0454	0.0002	0.0248	73.631	82.817	40.179
2	0.3292	0.0099	0.143	0.1606	0.0793	0.4024	-0.002	-0.0056	0.02	0.0097	0.0315	-0.0954	0.0151	0.0841	-0.0294	0.0283	-0.0017	0.0092	0.0396	-0.0069	0.0945	119.668	69.469	13.438
3	0.2832	-0.1344	-0.1522	0.3732	0.2209	0.3532	-0.0092	0.0563	-0.0622	-0.0476	-0.0324	0.0222	0.0101	-0.0507	0.0417	0.0338	-0.0024	-0.0028	0.053	0.0104	0.0391	71.355	58.107	-8.823
4	0.3265	-0.1371	-0.0569	0.3257	0.037	0.189	-0.0239	-0.0308	-0.0085	0.0261	0.0135	0.0609	0.0051	-0.0617	0.0103	0.0284	-0.0199	0.0058	0.0677	0.0132	0.0322	56.972	41.809	27.268
5	0.1612	0.0396	0.0813	0.2006	0.0689	0.4581	-0.0187	0.0334	-0.0282	-0.0361	0.0169	-0.026	0.0164	0.0236	0.0019	0.0304	0.0092	0.009	0.0359	0.0061	0.059	105.707	30.957	6.023
6	0.633	0.0573	-0.005	0.4139	0.0204	0.2613	0.011	-0.0894	0.0308	0.0689	0.0019	-0.1021	0.0075	0.0262	-0.013	0.0582	0.0167	-0.0242	0.0742	0.0075	0.0356	101.086	55.002	53.894
7	0.5225	-0.0333	-0.1289	0.1763	0.0358	0.172	-0.0049	-0.0723	-0.0008	0.0258	0.0136	0.0198	-0.0106	-0.0332	-0.0086	0.0454	0.0155	-0.0116	0.0441	-0.0004	0.0285	76.309	82.81	155.343
8	0.3635	-0.0051	0.1545	0.2128	0.0992	0.4413	-0.0052	-0.0051	0.0215	0.0121	0.0252	-0.1092	0.0183	0.0893	-0.02	0.0286	-0.0013	0.0132	0.0434	-0.0065	0.0799	122.409	69.436	128.769
9	0.2641	-0.086	-0.1217	0.3643	0.1997	0.3331	-0.0191	0.0565	-0.0594	-0.0567	-0.0146	0.02	0.0104	-0.0372	0.0337	0.034	-0.0022	-0.0036	0.0524	0.0004	0.0338	73.596	58.097	106.452
10	0.3672	-0.1413	-0.1106	0.3875	0.0461	0.1935	-0.0153	-0.0179	-0.0006	0.0242	0.0075	0.0606	-0.0007	-0.0673	0.0079	0.0312	-0.02	-0.0046	0.0657	0.0069	0.0349	59.54	41.814	142.3
11	0.1223	0.0247	0.0705	0.193	0.0652	0.4762	-0.0159	0.033	-0.0346	-0.0412	0.0209	-0.0208	0.0135	0.0168	-0.0051	0.0347	0.006	0.0075	0.0377	-0.0033	0.0664	108.331	30.918	121.082
12	0.7601	0.0569	0.0219	0.4432	0.0191	0.2105	-0.0062	-0.0724	0.053	0.0649	0.0076	-0.0938	0.004	0.0368	-0.0013	0.0523	0.0149	-0.0211	0.0731	0.0092	0.0326	104.541	55.56	169.33

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	86 - 603
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	86 - 603
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	86 - 603
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	86 - 603
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	86 - 602
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	86 - 603
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	86 - 603
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	86 - 603
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	86 - 603
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	86 - 603
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	86 - 603
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	86 - 603

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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