PDB-3kqr: The structure of serum amyloid p component bound to phosphoethano...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kqr

タイトル

The structure of serum amyloid p component bound to phosphoethanolamine

要素

Serum amyloid P-component

キーワード

GLYCOPROTEIN / Amyloid / Disulfide bond / Lectin / Metal-binding / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation by host of viral exo-alpha-sialidase activity / negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of exo-alpha-sialidase activity / negative regulation of glycoprotein metabolic process / complement component C1q complex binding / negative regulation of viral process / negative regulation of wound healing / negative regulation of monocyte differentiation / negative regulation of viral entry into host cell / virion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Mikolajek, H. / Kolstoe, S.E. / Wood, S.P. / Pepys, M.B.

引用

ジャーナル: J.Mol.Recognit. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of ligand specificity in the human pentraxins, C-reactive protein and serum amyloid P component.
著者: Mikolajek, H. / Kolstoe, S.E. / Pye, V.E. / Mangione, P. / Pepys, M.B. / Wood, S.P.

履歴

登録	2009年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kqr.cif.gz	653.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kqr.ent.gz	550.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kqr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/3kqr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/3kqr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3l2yC 1gyk 1lgn 1sac 2a3w 2a3x 2a3y C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4avt-2 1sac-d 4ayu-d 2w08-d 1lgn-d 4avs-d 2a3y-d 4avt-1 3pvo-1 3pvo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serum amyloid P-component

B: Serum amyloid P-component

C: Serum amyloid P-component

D: Serum amyloid P-component

E: Serum amyloid P-component

ヘテロ分子

119 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.860, 69.860, 102.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.95, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Serum amyloid P-component / SAP / 9.5S alpha-1-glycoprotein

分子量: 23282.455 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02743

#2: 化合物

ChemComp-OPE / PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / COLAMINE PHOSPHORIC ACID / ホスホエタノ-ルアミン

分子量: 141.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₈NO₄P

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.43 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.06M TRIS-HCL pH8, 16% PEG 550MME, 0.01M CaCl2, 0.14M NaCl, 0.1% NaN3,14.2mg/ml Protein, 0.05M Ligand, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→36.812 Å / Num. obs: 208934 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.053 / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 4 / R_sym value: 0.18 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.2.25	data processing
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→36.811 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.04 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 14.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.161	10455	5 %
R_work	0.1409	-	-
obs	0.142	208905	98.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.239 Å² / k_sol: 0.408 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.823 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.789 Å²	0 Å²	1.408 Å²
2-	-	0.854 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.934 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.811 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8245	0	120	1469	9834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	8897
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.579	12162
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.171	3273
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.106	1334
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1541

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4999-1.517	0.1761	253	0.1549	6622	X-RAY DIFFRACTION	97
1.517-1.5348	0.1957	267	0.1513	6591	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5348-1.5536	0.1634	288	0.1498	6609	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5536-1.5732	0.1688	300	0.1435	6554	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5732-1.5939	0.1691	320	0.1399	6542	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5939-1.6158	0.1624	325	0.1395	6569	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6158-1.6388	0.1791	332	0.1399	6546	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6388-1.6633	0.1761	344	0.1338	6575	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6633-1.6893	0.1559	362	0.1349	6510	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6893-1.717	0.1613	414	0.1348	6519	X-RAY DIFFRACTION	98
1.717-1.7466	0.1589	461	0.1332	6503	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7466-1.7784	0.1636	475	0.1325	6402	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7784-1.8126	0.1731	389	0.1298	6550	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8126-1.8496	0.1501	317	0.1254	6635	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8496-1.8898	0.144	341	0.1276	6614	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8898-1.9337	0.1556	343	0.1281	6652	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9337-1.9821	0.1498	333	0.1259	6597	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9821-2.0357	0.1507	327	0.1252	6691	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0357-2.0956	0.1504	324	0.1302	6647	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0956-2.1632	0.1629	321	0.1298	6647	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1632-2.2405	0.1543	338	0.1317	6671	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2405-2.3302	0.1465	311	0.1282	6744	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3302-2.4362	0.15	319	0.1319	6706	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4362-2.5646	0.1512	362	0.1362	6692	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5646-2.7253	0.1649	408	0.1406	6626	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7253-2.9356	0.1632	440	0.1456	6624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9356-3.2309	0.1711	385	0.1522	6686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2309-3.698	0.1538	468	0.1408	6650	X-RAY DIFFRACTION	99
3.698-4.6576	0.1581	345	0.1364	6721	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6576-36.8219	0.161	243	0.1675	6755	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 20.9653 Å / Origin y: -0.1275 Å / Origin z: 26.3129 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0336 Å²	0.0008 Å²	0 Å²	-	0.0166 Å²	-0.0039 Å²	-	-	0.0323 Å²
L	0.0861 °²	0 °²	0.0035 °²	-	0.035 °²	-0.0142 °²	-	-	0.0692 °²
S	0.0061 Å °	-0.0058 Å °	-0.005 Å °	-0.0071 Å °	-0.0026 Å °	0 Å °	-0.0065 Å °	-0.0035 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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