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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3knd | ||||||
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タイトル | TPX2:importin-alpha complex | ||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / mitosis / importin / Transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / activation of protein kinase activity / regulation of mitotic spindle organization ...Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / activation of protein kinase activity / regulation of mitotic spindle organization / spindle pole / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / host cell / DNA-binding transcription factor binding / microtubule / postsynaptic density / cell cycle / cell division / glutamatergic synapse / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stewart, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Novel binding of the mitotic regulator TPX2 (target protein for Xenopus kinesin-like protein 2) to importin-alpha. 著者: Giesecke, A. / Stewart, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 190.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1eyjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49886.633 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 70-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 9316.822 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 270-350 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TPX2 / プラスミド: pGEX-TEV / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.17 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1-1.2 M ammonium sulphate, 100 mM Tris-Hcl, 10 mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月30日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9814 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.151→27.85 Å / Num. all: 36138 / Num. obs: 36111 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 39.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.959 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1EYJ 解像度: 2.151→19.712 Å / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0.94 / 位相誤差: 21.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.532 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 169.88 Å2 / Biso mean: 51.189 Å2 / Biso min: 18.49 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.151→19.712 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain B and resid 322:331) |