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万見
- PDB-3kkd: Structure of a putative tetr transcriptional regulator (pa3699) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kkd
タイトルStructure of a putative tetr transcriptional regulator (pa3699) from pseudomonas aeruginosa pa01
要素transcriptional regulator
キーワードtranscription regulator / TETR / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Probable transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a Putative TetR Transcriptional Regulator (PA3699) from Pseudomonas Aeruginosa PA01
著者: Filippova, E.V. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: transcriptional regulator
B: transcriptional regulator
C: transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9948
ポリマ－79,9723
非ポリマー2,0225
水1,65792
1
A: transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6154
ポリマ－53,3152
非ポリマー3002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17800 Å2
手法PISA
2
B: transcriptional regulator
C: transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1876
ポリマ－53,3152
非ポリマー1,8724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17750 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.321, 82.879, 46.618
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.01, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-157-

GLN

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要素

#1: タンパク質 transcriptional regulator


分子量: 26657.354 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA3699 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: Q9HXU1
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG2KMME, CaCl2 0.05 M, 0.1 M Bis-Tris, 0.3 M NDSB 195, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月13日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 35089 / Num. obs: 35089 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 49.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 35.27
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.643 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXD位相決定
REFMAC5.5.0051精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 13.255 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26182 1760 5 %RANDOM
Rwork0.20408 ---
obs0.20707 33319 99.88 %-
all-33319 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.871 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.01 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.72 Å20 Å2
3---1.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4685 0 49 92 4826
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0224818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7961.9726519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03437779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0035610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.1923.66235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.97615811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5361552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9631.53037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2741.51242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7924830
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.53831781
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5044.51689
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.098→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 120 -
Rwork0.258 2448 -
obs--99.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44191.9815-0.270710.8499-1.57330.26150.0829-0.1799-0.3440.1359-0.0422-0.6849-0.00840.0191-0.04070.4689-0.0169-0.22870.4780.30260.952111.509-1.7739.649
22.17031.70153.38521.79843.0147.1592-0.0130.0465-0.0730.08530.1403-0.4073-0.08330.3381-0.12730.4008-0.0661-0.04720.40.01070.32816.71533.8483.724
33.17232.40013.17499.3189-1.11235.01940.5568-0.4006-0.60020.6604-0.0158-0.03760.3339-0.4177-0.5410.2762-0.0228-0.20330.26090.18790.5945.5848.5226.572
42.5699-0.195-0.53682.105-0.07661.78710.0085-0.0034-0.1311-0.0057-0.0038-0.0267-0.09130.21-0.00460.1856-0.00960.04120.2063-0.02970.13256.84325.001-0.299
57.30444.86513.81655.34084.326313.5902-0.6314-0.09660.949-0.18630.10910.5073-0.4322-0.27550.52230.2126-0.0554-0.12280.26880.00920.226542.30970.865-7.824
610.09140.66561.57510.9959-0.27831.547-0.2785-0.82941.11020.27660.1390.254-0.2944-0.25070.13950.2260.0412-0.00660.30480.01710.288216.69560.881-10.371
75.69040.64660.96293.9225-1.27111.7573-0.10980.12960.26120.32540.30240.3563-0.1903-0.4045-0.19250.1419-0.00160.02080.29680.09620.129314.59353.905-12.762
88.72323.9882-2.663911.628-6.70266.90.02290.06490.03280.02230.29920.3117-0.3535-0.3525-0.32210.1411-0.0208-0.03350.29710.15010.18126.84252.278-20.644
95.76450.1737-0.00462.2812-0.38910.6573-0.11590.0235-0.2077-0.33010.0207-0.43470.050.08950.09520.1496-0.1130.07930.3982-0.01020.22449.39450.815-24.058
101.40780.2452-1.48780.9178-0.62231.8075-0.13040.2021-0.2048-0.042-0.0244-0.10770.2835-0.17870.15470.3586-0.0563-0.02210.4785-0.00820.242120.38432.259-19.497
114.27272.13940.30631.65510.31721.2455-0.20260.53820.1922-0.29380.18970.04040.010.12140.01290.1902-0.079-0.01120.35450.06910.08326.48648.546-24.955
121.74061.2249-1.16322.7912-1.09961.44490.00390.08240.0244-0.04680.0315-0.07720.1318-0.0208-0.03540.1681-0.0568-0.02630.240.05680.069618.47942.327-12.595
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A35 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2A106 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3A139 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4A180 - 237
5X-RAY DIFFRACTION5B32 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6B90 - 177
7X-RAY DIFFRACTION7B178 - 219
8X-RAY DIFFRACTION8B220 - 237
9X-RAY DIFFRACTION9C32 - 96
10X-RAY DIFFRACTION10C97 - 147
11X-RAY DIFFRACTION11C148 - 192
12X-RAY DIFFRACTION12C193 - 238

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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