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- PDB-2zcn: Crystal structure of IcaR, a repressor of the TetR family -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zcn
タイトルCrystal structure of IcaR, a repressor of the TetR family
要素Biofilm operon icaABCD HTH-type negative transcriptional regulator icaR
キーワードTRANSCRIPTION / helix-turn-helix / biofilm / TetR family / repressor / polysaccharide intercellular adhesin (PIA) / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


IcaR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Biofilm operon icaADBC HTH-type negative transcriptional regulator IcaR
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jeng, W.Y. / Ko, T.P. / Liu, C.I. / Guo, R.T. / Liu, C.L. / Wang, A.H.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of IcaR, a repressor of the TetR family implicated in biofilm formation in Staphylococcus epidermidis
著者: Jeng, W.Y. / Ko, T.P. / Liu, C.I. / Guo, R.T. / Liu, C.L. / Shr, H.L. / Wang, A.H.J.
履歴
登録2007年11月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biofilm operon icaABCD HTH-type negative transcriptional regulator icaR
B: Biofilm operon icaABCD HTH-type negative transcriptional regulator icaR
C: Biofilm operon icaABCD HTH-type negative transcriptional regulator icaR
D: Biofilm operon icaABCD HTH-type negative transcriptional regulator icaR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6334
ポリマ－92,6334
非ポリマー00
水13,331740
1
A: Biofilm operon icaABCD HTH-type negative transcriptional regulator icaR
B: Biofilm operon icaABCD HTH-type negative transcriptional regulator icaR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3162
ポリマ－46,3162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-21.9 kcal/mol
Surface area16850 Å2
手法PISA
2
C: Biofilm operon icaABCD HTH-type negative transcriptional regulator icaR
D: Biofilm operon icaABCD HTH-type negative transcriptional regulator icaR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3162
ポリマ－46,3162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-21.5 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.11, 86.14, 113.85
Angle α, β, γ (deg.)90, 99.15, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Biofilm operon icaABCD HTH-type negative transcriptional regulator icaR / Intercellular adhesion protein R / intercellular adhesion regulator / IcaR repressor


分子量: 23158.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
株: RP62A / 遺伝子: IcaR / プラスミド: pET-21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5HKQ1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 4~6% (w/v) PEG 1500, 1.4~1.8 M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月10日
詳細: Vertically Collimating Premirror, Toroidal Focusing Mirror
放射モノクロメーター: LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 58755 / Num. obs: 57448 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 5881 / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZCM

2zcm


解像度: 1.9→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 2855 -random
Rwork0.172 ---
all-58755 --
obs-56361 95.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6174 0 0 740 6914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.067
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 264 -
Rwork0.25 --
obs-5094 86.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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