[日本語] English
万見
- PDB-3geu: Crystal Structure of IcaR from Staphylococcus aureus, a member of... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3geu
タイトルCrystal Structure of IcaR from Staphylococcus aureus, a member of the tetracycline repressor protein family
要素Intercellular adhesion protein R
キーワードCELL ADHESION / TetR family / intercellular adhesion regulator / IDP00851 / DNA-binding / Repressor / Transcription / Transcription regulation / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


IcaR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Biofilm operon icaADBC HTH-type negative transcriptional regulator IcaR
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of IcaR from Staphylococcus aureus, a member of the tetracycline repressor protein family
著者: Anderson, S.M. / Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Intercellular adhesion protein R
B: Intercellular adhesion protein R
C: Intercellular adhesion protein R
D: Intercellular adhesion protein R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,73220
ポリマ－90,0714
非ポリマー66116
水7,764431
1
A: Intercellular adhesion protein R
B: Intercellular adhesion protein R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,46412
ポリマ－45,0362
非ポリマー42910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area16880 Å2
手法PISA
2
C: Intercellular adhesion protein R
D: Intercellular adhesion protein R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2688
ポリマ－45,0362
非ポリマー2326
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area16880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.922, 121.141, 61.686
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-187-

CL

21C-188-

CL

-
要素

#1: タンパク質
Intercellular adhesion protein R / Biofilm operon icaABCD HTH-type negative transcriptional regulator icaR


分子量: 22517.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: icaR, SACOL2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5HCN2
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG3350 20%, 0.2M NH4 Formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-D10.97624
シンクロトロンAPS 21-ID-D20.99
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2008年12月5日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2009年2月8日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.976241
20.991
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 67790 / Num. obs: 67319 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 6284 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化解像度: 1.9→40.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 6.632 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 3392 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 67217 98.81 %-
all-67790 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 231.67 Å2 / Biso mean: 35.916 Å2 / Biso min: 8.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6280 0 36 431 6747
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5011.968784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2585788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.17625.858338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.193151280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.2521510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024898
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2550.23344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.24709
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2770.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2670.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3391.53841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.80226190
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.33132770
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.2344.52575
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 208 -
Rwork0.25 4059 -
all-4267 -
obs-6284 85.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47490.2085-0.1270.38620.5482.0681-0.04610.12530.1669-0.121-0.11080.1422-0.2282-0.11940.1569-0.070.0291-0.0424-0.03150.04340.04587.52112.59425.963
20.9164-0.8498-1.08411.81891.2642.52540.06860.010.1598-0.10640.0509-0.37-0.00940.2329-0.1195-0.12940.01530.0095-0.03960.02970.051727.2157.27532.863
30.822-0.31470.46830.6181-0.01852.1585-0.0602-0.1381-0.1820.18050.03940.24970.0159-0.18740.0208-0.02790.06230.0606-0.09050.03720.12280.19845.98712.327
41.06620.33170.51791.08460.87461.880.0132-0.025-0.08980.09330.1302-0.20180.03920.3187-0.1434-0.08350.0453-0.0157-0.0754-0.03070.066820.16340.1195.659
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 180
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 180
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 180

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る