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- PDB-3kj4: Structure of rat Nogo receptor bound to 1D9 antagonist antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kj4
タイトルStructure of rat Nogo receptor bound to 1D9 antagonist antibody
要素
  • (Fab fragment 1D9 ...) x 2
  • Reticulon-4 receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / Nogo receptor antagonist antibody / LRR / Cell membrane / Disulfide bond / Glycoprotein / GPI-anchor / Leucine-rich repeat / Lipoprotein / Membrane / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Roundabout binding / neuronal signal transduction / ganglioside GM1 binding / chondroitin sulfate binding / neuregulin receptor activity / regulation of postsynapse assembly / ganglioside GT1b binding / negative regulation of axon regeneration / negative regulation of axonogenesis / negative regulation of axon extension ...Roundabout binding / neuronal signal transduction / ganglioside GM1 binding / chondroitin sulfate binding / neuregulin receptor activity / regulation of postsynapse assembly / ganglioside GT1b binding / negative regulation of axon regeneration / negative regulation of axonogenesis / negative regulation of axon extension / corpus callosum development / negative chemotaxis / regulation of synapse assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction / axonal growth cone / axonogenesis / positive regulation of GTPase activity / dendritic shaft / axon guidance / negative regulation of neuron projection development / heparin binding / presynapse / signaling receptor activity / growth cone / perikaryon / cell surface receptor signaling pathway / neuron projection / membrane raft / external side of plasma membrane / neuronal cell body / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / cell surface / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. ...: / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Reticulon-4 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Silvian, L.F.
引用ジャーナル: Biotechnol Appl Biochem / 年: 2010
タイトル: Resolution of disulfide heterogeneity in Nogo receptor 1 fusion proteins by molecular engineering.
著者: Weinreb, P.H. / Wen, D. / Qian, F. / Wildes, C.P. / Garber, E.A. / Walus, L. / Jung, M.Y. / Wang, J. / Relton, J.K. / Amatucci, J. / Wang, R. / Porreca, F. / Silvian, L. / Meier, W. / Pepinsky, R.B. / Lee, D.H.
履歴
登録2009年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab fragment 1D9 light chain
H: Fab fragment 1D9 heavy chain
A: Reticulon-4 receptor
B: Fab fragment 1D9 light chain
C: Fab fragment 1D9 heavy chain
D: Reticulon-4 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,75415
ポリマ－159,1166
非ポリマー1,6389
水00
1
L: Fab fragment 1D9 light chain
H: Fab fragment 1D9 heavy chain
A: Reticulon-4 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4678
ポリマ－79,5583
非ポリマー9095
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fab fragment 1D9 light chain
C: Fab fragment 1D9 heavy chain
D: Reticulon-4 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2877
ポリマ－79,5583
非ポリマー7294
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)188.664, 125.488, 90.575
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12H
22C
13L
23B
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 LBHC

#1: 抗体 Fab fragment 1D9 light chain


分子量: 24247.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Hybridoma cells
#2: 抗体 Fab fragment 1D9 heavy chain


分子量: 23513.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Hybridoma cells

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 4分子 AD

#3: タンパク質 Reticulon-4 receptor / Nogo receptor / NgR / Nogo-66 receptor


分子量: 31796.523 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 27-312 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nogo Receptor, Nogor, Rtn4r / 発現宿主: CHO / 参照: UniProt: Q99M75
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
糖 , 3種, 7分子

#4: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖
ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 14% Peg3350, 0.4M zinc acetate, 0.1M magnesium chloride, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月19日
詳細: Pt-coated toroidal Si mirror for horizontal and vertical focussing followed by double flat Si crystal monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 39462 / Num. obs: 37986 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OZN

1ozn


解像度: 3.1→44.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 66.516 / SU ML: 0.511 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.549 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31775 1987 5 %RANDOM
Rwork0.25288 ---
obs0.25613 37475 99.21 %-
all-39874 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.692 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→44.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11049 0 97 0 11146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.02111476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5091.96115653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.20451439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.323.559472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.5151783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8261570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.21781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0218684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8251.57225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.244211652
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.35234251
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9594.54001
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11120TIGHT POSITIONAL0.070.05
11056MEDIUM POSITIONAL0.070.5
11120TIGHT THERMAL0.10.5
11056MEDIUM THERMAL0.122
2872TIGHT POSITIONAL0.340.05
2751MEDIUM POSITIONAL0.50.5
2872TIGHT THERMAL0.710.5
2751MEDIUM THERMAL1.082
3872TIGHT POSITIONAL0.290.05
3811MEDIUM POSITIONAL0.490.5
3872TIGHT THERMAL0.950.5
3811MEDIUM THERMAL1.212
11120TIGHT POSITIONAL0.070.05
1872TIGHT POSITIONAL0.340.05
1872TIGHT POSITIONAL0.290.05
11056MEDIUM POSITIONAL0.070.5
1751MEDIUM POSITIONAL0.50.5
1811MEDIUM POSITIONAL0.490.5
11120TIGHT THERMAL0.10.5
1872TIGHT THERMAL0.710.5
1872TIGHT THERMAL0.950.5
11056MEDIUM THERMAL0.122
1751MEDIUM THERMAL1.082
1811MEDIUM THERMAL1.212
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 164 -
Rwork0.369 2650 -
obs--98.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8218-1.5096-2.434122.24490.37475.75450.69420.12570.0947-0.5937-0.57621.1899-0.6021-0.4925-0.1180.71930.00640.03791.0192-0.02370.799496.3535.53332.413
25.0846-0.47861.1492.1372.04247.45430.59440.2094-0.0504-0.2531-0.62390.3125-0.4593-0.21460.02950.64450.0412-0.00770.6163-0.06560.5516103.62429.71126.711
37.6457-1.74453.71742.7055-1.60265.81360.20470.4335-0.0541-0.2576-0.0379-0.1530.16430.2747-0.16680.6315-0.17170.00110.47670.01520.5309123.15627.03431.348
48.5354-1.02882.732612.12640.88824.59010.0562-0.24460.321-0.4586-0.1597-0.6068-0.0570.5060.10360.6655-0.2492-0.0650.73010.09210.6876137.98725.98743.909
52.97180.83761.49914.2557-1.28795.07670.3362-0.3418-0.77730.1377-0.4851-0.88590.73140.40550.14890.9272-0.0355-0.14561.13150.16071.0419144.44717.42654.651
68.74590.93382.92091.1064-0.0383.12140.38110.5792-0.34620.22260.0556-0.21630.36810.3075-0.43670.7546-0.0506-0.12730.5562-0.00890.740523.63875.43350.162
716.57916.14995.59733.0165.235528.36570.8891-0.5106-0.74920.6967-0.01750.16240.9804-0.5146-0.87160.77940.13580.02510.16380.281.073317.81377.60759.525
82.9730.90131.35581.63820.44610.96770.5824-0.3714-0.59620.1461-0.118-0.0859-0.04790.025-0.46440.7167-0.00050.09360.4012-0.03480.6327.26278.41841.489
91.0427-1.90031.28316.7153-0.559.08390.11330.73930.061-0.3307-0.3672-0.41460.73770.36830.25380.5854-0.07190.01451.0017-0.04260.8484-3.72379.33127.429
102.9425-0.04722.361514.8902-6.00469.9375-0.02210.4709-0.11-0.75590.24890.11760.7242-0.2589-0.22690.80910.11830.03170.7613-0.15910.8976-14.46280.92720.645
114.7521-0.77213.54573.4023-3.58297.3078-0.38470.40370.86360.03340.3489-0.1533-0.5373-0.4550.03580.7471-0.13280.03120.55140.0770.794319.18898.04449.169
129.69892.8763-8.70764.53211.03114.4624-0.43540.59010.55080.17910.3717-0.93620.2397-0.58590.06370.9873-0.0092-0.14870.7986-0.01331.304426.041103.01449.189
131.6414-1.27290.97111.4777-0.24953.7222-0.05080.4564-0.0729-0.16260.0006-0.0437-0.36640.40770.05020.8201-0.06630.06870.44280.06640.75419.02392.91342.453
144.08543.2293-1.72112.8173-2.713812.2637-0.07110.0541-0.13990.18990.0016-0.2906-0.32110.11010.06960.71940.1312-0.02110.5168-0.02350.7357-5.43792.80438.693
158.66672.0719-4.43273.4199-1.47068.77140.12551.5530.68840.0441-0.01830.1188-0.7193-0.3396-0.10720.77680.0542-0.0660.36910.07390.6656-8.80892.78137.183
163.3928-0.25360.19655.27341.7327.68660.1612-0.20350.2425-0.0192-0.07460.8472-0.3983-0.938-0.08660.605-0.0299-0.00990.8216-0.02330.60629.04593.67773.441
177.2855-1.6955-0.32187.6859-0.10542.66690.209-0.0744-0.1418-0.3043-0.23760.3137-0.0632-0.42170.02870.6173-0.1144-0.05750.7457-0.01870.481240.63590.53772.015
188.7296-1.9553.24163.0837-1.33274.73110.07330.2580.1383-0.2851-0.1291-0.40140.01740.20280.05570.6172-0.2584-0.04010.6096-0.00350.559255.16889.64978.639
198.0888-0.91182.99097.7910.21793.69110.3399-0.25020.324-0.162-0.3413-0.7511-0.10870.8890.00130.7037-0.2089-0.09760.88210.06320.705767.04487.95788.587
207.8117-2.97631.25437.97280.40452.4540.2018-0.9713-0.29790.0916-0.082-0.98420.77710.1472-0.11980.9925-0.2332-0.18121.40850.18240.928572.87679.71899.692
213.8123-0.73892.0895.8613-2.64633.3396-0.21390.68560.3684-0.20220.1735-0.0421-0.5843-0.13340.04040.7735-0.0362-0.00540.60620.00890.733390.84835.364.135
221.6909-0.11512.68254.4207-1.64947.5442-0.46880.13510.6678-0.34510.214-0.5309-0.59621.09820.25480.7503-0.04360.1010.7643-0.02021.025394.88235.7113.158
233.6571-0.46581.00041.422-1.26443.9494-0.05840.6265-0.2527-0.23410.14440.0871-0.2278-0.4075-0.08590.8530.18270.01930.4191-0.05250.655368.90729.249-8.726
246.79373.1749-0.1698.1423-0.08321.13480.25220.0612-0.50730.1158-0.4472-0.5125-0.29370.88130.1950.72330.0227-0.10240.84720.01230.643669.19528.339-8.537
255.27871.1204-3.94217.9460.00214.9950.01210.9580.64590.44920.14410.2525-0.8757-0.7552-0.15610.88510.1274-0.08820.48310.07920.569257.95530.373-5.458
267.3760.4554.47211.92140.90454.11150.6218-0.1983-0.90960.1188-0.0499-0.22380.6474-0.097-0.57190.80560.0754-0.170.6351-0.03280.805594.21413.6586.931
275.53630.64152.73360.5440.23822.550.5007-0.2704-0.91510.14950.0431-0.13360.3063-0.1296-0.54380.79750.0859-0.02760.6738-0.08130.747278.74314.999-2.776
287.6676-4.3547.34898.8234-3.71527.60460.40380.3888-0.1619-1.0283-0.58220.15420.82390.02210.17830.94940.20090.07871.4356-0.21240.947165.12815.243-25.418
292.4439-1.73214.739810.5678-4.506414.0090.58190.53330.0375-0.5317-0.46280.46350.6090.6611-0.11910.53820.04540.05120.7697-0.06680.73264.75820.124-17.984
305.5598-0.88783.54296.0615-6.74799.15090.3347-0.3527-1.3512-0.39971.1221.05381.0154-1.1219-1.45671.03820.1057-0.16651.4791-0.25651.138757.05812.462-21.178
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2A46 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3A93 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4A214 - 257
5X-RAY DIFFRACTION5A258 - 309
6X-RAY DIFFRACTION6B2 - 49
7X-RAY DIFFRACTION7B50 - 67
8X-RAY DIFFRACTION8B68 - 146
9X-RAY DIFFRACTION9B147 - 186
10X-RAY DIFFRACTION10B187 - 219
11X-RAY DIFFRACTION11C1 - 54
12X-RAY DIFFRACTION12C55 - 82
13X-RAY DIFFRACTION13C83 - 142
14X-RAY DIFFRACTION14C143 - 169
15X-RAY DIFFRACTION15C170 - 220
16X-RAY DIFFRACTION16D26 - 79
17X-RAY DIFFRACTION17D80 - 125
18X-RAY DIFFRACTION18D126 - 212
19X-RAY DIFFRACTION19D213 - 255
20X-RAY DIFFRACTION20D256 - 309
21X-RAY DIFFRACTION21H1 - 57
22X-RAY DIFFRACTION22H58 - 106
23X-RAY DIFFRACTION23H107 - 153
24X-RAY DIFFRACTION24H154 - 184
25X-RAY DIFFRACTION25H185 - 220
26X-RAY DIFFRACTION26L1 - 63
27X-RAY DIFFRACTION27L64 - 146
28X-RAY DIFFRACTION28L147 - 165
29X-RAY DIFFRACTION29L166 - 196
30X-RAY DIFFRACTION30L197 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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