+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6z2m | |||||||||
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Title | H11-D4, SARS-CoV-2 RBD, CR3022 ternary complex | |||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / Antibody / nanobody complex / rbd | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Homo sapiens (human) Lama glama (llama) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.71 Å | |||||||||
Authors | Naismith, J.H. / Ren, J. / Zhou, D. / Zhao, Y. / Stuart, D.I. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structural characterisation of a nanobody derived from a naive library that neutralises SARS-CoV-2 Authors: Naismith, J.H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6z2m.cif.gz | 599 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6z2m.ent.gz | 497.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6z2m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6z2m_validation.pdf.gz | 504.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6z2m_full_validation.pdf.gz | 526.9 KB | Display | |
Data in XML | 6z2m_validation.xml.gz | 51.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6z2m_validation.cif.gz | 71.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/6z2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/6z2m | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6yz7SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22115.834 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P0DTC2 #2: Antibody | Mass: 22874.785 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Antibody | Mass: 24186.740 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #4: Antibody | Mass: 14052.671 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #5: Sugar | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.05 Å3/Da / Density % sol: 69.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Purified RBD, Fab CR3022 and nanobody H11-D4 were mixed together at a molar ratio of 1:1:1 to a final concentration of approximately 7 mg/ml and incubated at room temperature for one hour. ...Details: Purified RBD, Fab CR3022 and nanobody H11-D4 were mixed together at a molar ratio of 1:1:1 to a final concentration of approximately 7 mg/ml and incubated at room temperature for one hour. Initial screening was performed in 96-well plates using the nanolitre sitting-drop vapour diffusion method. The best crystals were grown in condition containing 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 10% (w/v) Polyethylene glycol 6000. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.97625 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: May 10, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.71→106.1 Å / Num. obs: 73071 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 13.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.231 / Rpim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 7.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.71→2.76 Å / Redundancy: 9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 3426 / CC1/2: 0.087 / Rpim(I) all: 3.953 / % possible all: 94 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6YZ7 Resolution: 2.71→74.86 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.16 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 213.92 Å2 / Biso mean: 53.5819 Å2 / Biso min: 11.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.71→74.86 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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