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- PDB-3khj: C. parvum inosine monophosphate dehydrogenase bound by inhibitor C64 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3khj
タイトルC. parvum inosine monophosphate dehydrogenase bound by inhibitor C64
要素Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / enzyme-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-C64 / INOSINIC ACID / Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者MacPherson, I.S. / Hedstrom, L.K.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: The structural basis of Cryptosporidium -specific IMP dehydrogenase inhibitor selectivity.
著者: Macpherson, I.S. / Kirubakaran, S. / Gorla, S.K. / Riera, T.V. / D'Aquino, J.A. / Zhang, M. / Cuny, G.D. / Hedstrom, L.
履歴
登録2009年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年7月2日Group: Structure summary
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
E: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
F: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
G: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
H: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,21620
ポリマ－308,1328
非ポリマー4,08512
水3,747208
1
A: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,34411
ポリマ－154,0664
非ポリマー2,2787
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13870 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area44790 Å2
手法PISA
2
E: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
F: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
G: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
H: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,8729
ポリマ－154,0664
非ポリマー1,8065
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13290 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area45340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.481, 166.141, 101.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Tetramer

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要素

#1: タンパク質
Inosine-5-monophosphate dehydrogenase / IMPDH


分子量: 38516.441 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa-II / 遺伝子: cgd6_20, GuaB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: Q5CPK7, IMP dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-IMP / INOSINIC ACID


分子量: 348.206 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#3: 化合物 ChemComp-C64 / N-(4-bromophenyl)-2-[2-(1,3-thiazol-2-yl)-1H-benzimidazol-1-yl]acetamide


分子量: 413.291 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H13BrN4OS
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: microbatch under oil / pH: 4.6
詳細: 30% MPD, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 20 mM calcium chloride, microbatch under oil, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9194 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月30日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9194 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. all: 65589 / Num. obs: 65589 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP(CCP4)位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→42.135 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 16.103 / SU ML: 0.319 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.415 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26627 3303 5.1 %RANDOM
Rwork0.22427 ---
obs0.22643 61921 99.13 %-
all-65589 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.214 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.61 Å20 Å20.04 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---4.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.135 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18009 0 263 208 18480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02218502
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9982.00625004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.37352461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.89525.338577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.139153347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.641571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.23039
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0213058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1610.29044
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2870.212933
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1050.2720
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0960.297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0340.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2071.512472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.371219427
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.30536818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5564.55574
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.796→2.869 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 238 -
Rwork0.288 4374 -
obs--94.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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