PDB-3khj: C. parvum inosine monophosphate dehydrogenase bound by inhibitor C64

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3khj

タイトル

C. parvum inosine monophosphate dehydrogenase bound by inhibitor C64

要素

Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / enzyme-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

MacPherson, I.S. / Hedstrom, L.K.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: The structural basis of Cryptosporidium -specific IMP dehydrogenase inhibitor selectivity.
著者: Macpherson, I.S. / Kirubakaran, S. / Gorla, S.K. / Riera, T.V. / D'Aquino, J.A. / Zhang, M. / Cuny, G.D. / Hedstrom, L.

履歴

登録	2009年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年7月2日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年8月2日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3khj.cif.gz	451.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3khj.ent.gz	366.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3khj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3khj_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3khj_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	3khj_validation.xml.gz	84.2 KB	表示
CIF形式データ	3khj_validation.cif.gz	113.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/3khj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/3khj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ffsC 1lrt 1nf7 1nfb 1pvn 1zfj C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4my8-2 4my8-1 6d4r-1 5k4x-1 4rv8-d 4qq3-1 4fez-2 6d4v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

E: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

F: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

G: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

H: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

312 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

F: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

G: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

H: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.481, 166.141, 101.289
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Tetramer

#1: タンパク質	Inosine-5-monophosphate dehydrogenase / IMPDH 分子量: 38516.441 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) 株: Iowa-II / 遺伝子: cgd6_20, GuaB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: Q5CPK7, IMP dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-C64 / N-(4-bromophenyl)-2-[2-(1,3-thiazol-2-yl)-1H-benzimidazol-1-yl]acetamide 分子量: 413.291 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₃BrN₄OS
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: microbatch under oil / pH: 4.6 詳細: 30% MPD, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 20 mM calcium chloride, microbatch under oil, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9194 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月30日
放射	モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9194 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→100 Å / Num. all: 65589 / Num. obs: 65589 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / R_merge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP	(CCP4)	位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→42.135 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU B: 16.103 / SU ML: 0.319 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.415 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26627	3303	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22427	-	-	-
obs	0.22643	61921	99.13 %	-
all	-	65589	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.214 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.61 Å²	0 Å²	0.04 Å²
2-	-	-0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.135 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18009	0	263	208	18480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	18502
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.998	2.006	25004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.373	5	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.895	25.338	577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.139	15	3347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.64	15	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	3039
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	13058
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.161	0.2	9044
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.287	0.2	12933
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	720
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.096	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.034	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.207	1.5	12472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.371	2	19427
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.305	3	6818
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.556	4.5	5574
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.796→2.869 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	238	-
R_work	0.288	4374	-
obs	-	-	94.57 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)