PDB-3kh2: Crystal structure of the P1 bacteriophage Doc toxin (F68S) in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kh2

タイトル

Crystal structure of the P1 bacteriophage Doc toxin (F68S) in complex with the Phd antitoxin (L17M/V39A). Northeast Structural Genomics targets ER385-ER386

要素

Death on curing protein
Prevent host death protein

キーワード

TOXIN / antitoxin / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

killing by virus of host cell by post-segregational killing / symbiont-mediated suppression of host translation / toxin sequestering activity / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / regulation of translation / sequence-specific DNA binding / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteriophage P1 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Arbing, M.A. / Kuzin, A.P. / Su, M. / Abashidze, M. / Verdon, G. / Liu, M. / Xiao, R. / Acton, T. / Inouye, M. / Montelione, G.T. ...

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of Phd-Doc, HigA, and YeeU Establish Multiple Evolutionary Links between Microbial Growth-Regulating Toxin-Antitoxin Systems.
著者: Arbing, M.A. / Handelman, S.K. / Kuzin, A.P. / Verdon, G. / Wang, C. / Su, M. / Rothenbacher, F.P. / Abashidze, M. / Liu, M. / Hurley, J.M. / Xiao, R. / Acton, T. / Inouye, M. / Montelione, G. ...

履歴

登録	2009年10月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kh2.cif.gz	318.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kh2.ent.gz	264.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/3kh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/3kh2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h28C 2ictC 2inwC 3dd7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wdz-d 5ffx-1 5emo-d 4z45-d 4a1h-d 1xq7-d 5z5a-d 5elt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ER386 TargetDB: ER385

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Death on curing protein

B: Death on curing protein

C: Death on curing protein

D: Death on curing protein

E: Prevent host death protein

F: Prevent host death protein

G: Prevent host death protein

H: Prevent host death protein

ヘテロ分子

92.7 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Death on curing protein

B: Death on curing protein

E: Prevent host death protein

F: Prevent host death protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Death on curing protein

D: Death on curing protein

G: Prevent host death protein

H: Prevent host death protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.899, 111.277, 118.747
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	E
2	2	F
3	2	G
4	2	H

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MSE	MSE	GLY	GLY	A	A	1 - 123	1 - 123
2	1	1	MSE	MSE	GLY	GLY	B	B	1 - 123	1 - 123
3	1	1	MSE	MSE	GLY	GLY	C	C	1 - 123	1 - 123
4	1	1	MSE	MSE	GLY	GLY	D	D	1 - 123	1 - 123
1	1	2	GLN	GLN	THR	THR	E	E	2 - 29	2 - 29
2	1	2	GLN	GLN	THR	THR	F	F	2 - 29	2 - 29
3	1	2	GLN	GLN	THR	THR	G	G	2 - 29	2 - 29
4	1	2	GLN	GLN	THR	THR	H	H	2 - 29	2 - 29
1	2	2	VAL	VAL	ASN	ASN	E	E	37 - 72	37 - 72
2	2	2	VAL	VAL	ASN	ASN	F	F	37 - 72	37 - 72
3	2	2	VAL	VAL	ASN	ASN	G	G	37 - 72	37 - 72
4	2	2	VAL	VAL	ASN	ASN	H	H	37 - 72	37 - 72

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Death on curing protein 分子量: 14708.098 Da / 分子数: 4 / 変異: F68S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage P1 (ファージ) / 遺伝子: doc / プラスミド: pET21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ MAGIC / 参照: UniProt: Q06259
#2: タンパク質	Prevent host death protein 分子量: 8226.850 Da / 分子数: 4 / 変異: L17M, V39A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage P1 (ファージ) / 遺伝子: phd / プラスミド: pET21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ MAGIC / 参照: UniProt: Q06253

-
非ポリマー , 5種, 103分子

#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-HED / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / 2,2′-ジチオビスエタノ-ル分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.34 %
結晶化	温度: 294 K / pH: 6.5 詳細: 2250 mM NaCl, 100 mM NaH2PO4, 100 mM K2HPO4, 3% ethanol, 100 mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.0083
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0083 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 32176 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 7.1 % / % possible all: 94.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 38.8 / Cor.coef. F_o:F_c: 59.17

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	15 Å
Translation	4 Å	15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
COMO	1.2	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DD7

3dd7

解像度: 2.71→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 27.518 / SU ML: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.631 / ESU R Free: 0.341 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.267	1583	4.9 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.219	30521	90.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.741 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5984	0	55	93	6132

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	6128
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.91	1.967	8285
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.303	3	10019
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.379	5	782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.705	23.356	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.879	15	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.025	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	954
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6935
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.326	1.5	3889
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.041	1.5	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.618	2	6217
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.835	3	2239
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.481	4.5	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1573	medium positional	0.49	0.5
1	1	B	1573	medium positional	0.39	0.5
1	1	C	1573	medium positional	0.42	0.5
1	1	D	1573	medium positional	0.39	0.5
2	2	A	811	medium positional	0.31	0.5
2	2	B	811	medium positional	0.42	0.5
2	2	C	811	medium positional	0.32	0.5
2	2	D	811	medium positional	0.36	0.5
1	1	A	1573	medium thermal	0.29	2
1	1	B	1573	medium thermal	0.27	2
1	1	C	1573	medium thermal	0.3	2
1	1	D	1573	medium thermal	0.26	2
2	2	A	811	medium thermal	0.18	2
2	2	B	811	medium thermal	0.12	2
2	2	C	811	medium thermal	0.27	2
2	2	D	811	medium thermal	0.17	2

LS精密化シェル

解像度: 2.71→2.78 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	115	-
R_work	0.338	2158	-
obs	-	-	89.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6459	-0.8897	-2.3604	3.6174	-0.2284	6.9777	-0.3159	-0.203	-0.1864	0.4994	0.3114	0.0065	0.3325	-0.1566	0.0045	0.2588	-0.0226	-0.0334	0.2155	-0.0393	0.2547	40.6518	4.5911	44.3617
2	1.3999	0.5175	-0.2897	3.899	-0.0986	3.8109	0.0102	0.4186	0.023	-0.5019	-0.0141	-0.8159	0.2788	0.7133	0.0039	0.301	0.009	0.0819	0.3644	-0.011	0.3358	48.6872	7.912	30.85
3	2.4879	0.0766	-0.0926	1.4748	-0.1871	4.3618	-0.1514	-0.1821	0.0661	0.2052	0.2073	-0.0561	-0.039	0.0897	-0.0559	0.1763	-0.0033	-0.0106	0.1551	0.0018	0.2076	43.682	11.9731	52.3603
4	2.6858	-0.6569	-0.9105	3.9603	-0.3907	2.4361	0.0043	0.0781	0.0601	-0.1657	0.0878	0.0041	-0.0725	-0.0894	-0.0921	0.1561	-0.0024	-0.044	0.2192	-0.0318	0.1819	40.8496	14.3882	41.4539
5	4.4624	1.4212	-0.2696	2.6809	-0.7138	1.9118	0.0656	0.1244	0.4958	-0.2434	0.031	0.1881	-0.3702	-0.1909	-0.0966	0.1816	0.063	-0.0268	0.1989	-0.0124	0.263	38.9048	24.5215	39.8081
6	1.6268	0.5742	0.9239	5.1668	4.6449	4.2951	-0.0344	0.2201	0.6216	-0.0389	-0.0117	-0.0792	-0.0439	0.0821	0.0461	0.1298	0.0514	-0.008	0.2569	0.0081	0.3762	28.196	22.9617	41.6899
7	3.9081	-2.7272	-0.4763	9.2706	-0.8822	2.857	0.0906	0.1429	0.143	0.0145	-0.1309	-0.0157	-0.1042	-0.0869	0.0403	0.2304	-0.0443	-0.0361	0.221	-0.0437	0.1932	28.1797	-15.1667	21.9227
8	5.7431	1.1854	-1.0544	6.4054	-1.7428	1.0281	0.2216	0.5005	0.6382	-0.4246	0.0226	0.9043	-0.1913	-0.3342	-0.2442	0.3691	0.1147	-0.0588	0.3579	-0.0455	0.3845	20.9075	-8.3435	16.3824
9	8.4154	6.952	0.6887	7.282	0.8158	0.0963	0.0435	-0.6401	0.0599	-0.2253	-0.1609	0.7167	-0.0434	-0.0032	0.1173	0.256	0.0285	-0.0746	0.3925	0.0221	0.3999	21.9011	-23.5519	19.7533
10	7.7348	5.747	-0.9759	5.1469	0.5196	1.8976	-0.2145	0.1155	-0.2432	-0.1592	0.1071	-0.156	0.0306	0.0094	0.1075	0.1827	0.0228	-0.0081	0.2375	-0.001	0.2354	34.8644	-31.6392	16.9005
11	2.6761	-1.0788	-0.1425	3.5714	0.1299	3.5149	0.1114	0.3583	0.1649	-0.4967	-0.1505	0.1273	-0.2997	-0.1232	0.0391	0.2329	-0.0053	-0.0374	0.2088	-0.0072	0.2025	33.3733	-18.5388	10.6813
12	7.5899	3.1263	-1.1371	2.588	-1.9947	8.2077	0.471	0.0073	-0.0179	-0.0367	-0.2094	0.0612	0.3984	1.0662	-0.2616	0.4145	-0.0442	0.0615	0.3456	-0.0719	0.2764	46.6286	-19.8096	9.027
13	2.3743	0.4834	-1.0107	7.899	-0.4532	3.813	0.021	-0.2687	0.3824	0.0354	0.0229	-0.2313	-0.1856	0.1366	-0.044	0.3235	0.0633	-0.1193	0.2851	-0.0169	0.4029	-26.6656	-4.1128	-24.7266
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27	X-RAY DIFFRACTION	27	E	26 - 32
28	X-RAY DIFFRACTION	28	E	33 - 47
29	X-RAY DIFFRACTION	29	E	48 - 56
30	X-RAY DIFFRACTION	30	E	57 - 68
31	X-RAY DIFFRACTION	31	E	69 - 73
32	X-RAY DIFFRACTION	32	F	2 - 16
33	X-RAY DIFFRACTION	33	F	17 - 21
34	X-RAY DIFFRACTION	34	F	22 - 33
35	X-RAY DIFFRACTION	35	F	34 - 42
36	X-RAY DIFFRACTION	36	F	43 - 47
37	X-RAY DIFFRACTION	37	F	48 - 63
38	X-RAY DIFFRACTION	38	F	64 - 73
39	X-RAY DIFFRACTION	39	G	2 - 6
40	X-RAY DIFFRACTION	40	G	7 - 20
41	X-RAY DIFFRACTION	41	G	21 - 33
42	X-RAY DIFFRACTION	42	G	34 - 40
43	X-RAY DIFFRACTION	43	G	41 - 46
44	X-RAY DIFFRACTION	44	G	47 - 65
45	X-RAY DIFFRACTION	45	G	66 - 73
46	X-RAY DIFFRACTION	46	H	2 - 6
47	X-RAY DIFFRACTION	47	H	7 - 16
48	X-RAY DIFFRACTION	48	H	17 - 22
49	X-RAY DIFFRACTION	49	H	23 - 34
50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	35 - 51
51	X-RAY DIFFRACTION	51	H	52 - 65
52	X-RAY DIFFRACTION	52	H	66 - 73

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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