PDB-3kgr: Crystal structure of the human leukocyte-associated Ig-like recep...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kgr

タイトル

Crystal structure of the human leukocyte-associated Ig-like receptor-1 (LAIR-1)

要素

Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Ig-like domain / Cell membrane / Glycoprotein / Immune response / Immunoglobulin domain / Phosphoprotein / Receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

immune response-regulating signaling pathway / tertiary granule membrane / specific granule membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / adaptive immune response / Neutrophil degranulation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Brondijk, T.H.C. / Huizinga, E.G. / Ballering, J.

引用

ジャーナル: Blood / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and collagen-binding site of immune inhibitory receptor LAIR-1: unexpected implications for collagen binding by platelet receptor GPVI
著者: Brondijk, T.H.C. / de Ruiter, T. / Ballering, J. / Wienk, H. / Lebbink, R.J. / van Ingen, H. / Boelens, R. / Farndale, R.W. / Meyaard, L. / Huizinga, E.G.

履歴

登録	2009年10月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2012年4月11日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kgr.cif.gz	139.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kgr.ent.gz	110.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kgr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kgr_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kgr_full_validation.pdf.gz	462.2 KB	表示
XML形式データ	3kgr_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	3kgr_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/3kgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/3kgr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ugnS 2d3vS 2gi7S 2gw5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fm8-1 5dft-5 5o5i-d 3rp1-4 5dft-3 3rp1-3 5dft-10 2i27-2 1j8k-d 1fna-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1

B: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1

C: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1

ヘテロ分子

35.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.395, 69.395, 54.258
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1 / LAIR-1 / hLAIR1 分子量: 11736.834 Da / 分子数: 3 / 断片: ectodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAIR1 / プラスミド: pET3xa-hLAIR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami(DE3) / 参照: UniProt: Q6GTX8
#2: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.58 % / Mosaicity: 0.25 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.3 詳細: 25-30% PEG-1500, 100mM succinic acid, 100mM sodium dihydrogen phosphate, 100mM glycine, 10mM CoCl2, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0396 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0396 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.294
反射	解像度: 1.8→60.098 Å / Num. obs: 26097 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 17.458 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. measured all: 12152 / Num. unique all: 3098 / R_sym value: 0.208 / % possible all: 78.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.21	データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Model from Swiss-model based on alignment with PDB entries 2GI7, 2D3V, 1UGN, 2GW5

解像度: 1.8→34.698 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.86 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 21.9 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.157	1319	5.06 %	random
R_work	0.123	-	-	-
all	0.1242	-	-	-
obs	0.124	26079	96.28 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.86 Å² / k_sol: 0.361 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.03 Å² / B_iso mean: 23.233 Å² / B_iso min: 3.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.565 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.565 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.752 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.698 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2320	0	11	443	2774

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2471
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.279	3362
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	356
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	454
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.379	934

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.8-1.849	0.222	76	0.182	1476	1552
1.849-1.903	0.265	83	0.178	1652	1735
1.903-1.964	0.171	83	0.159	1878	1961
1.964-2.035	0.182	95	0.15	1993	2088
2.035-2.116	0.169	108	0.14	1968	2076
2.116-2.212	0.158	101	0.135	1965	2066
2.212-2.329	0.163	111	0.138	1989	2100
2.329-2.475	0.168	122	0.137	1969	2091
2.475-2.666	0.153	119	0.134	1985	2104
2.666-2.934	0.151	113	0.122	1949	2062
2.934-3.358	0.176	91	0.11	1980	2071
3.358-4.23	0.112	108	0.083	1974	2082
4.23-34.704	0.154	102	0.106	1989	2091

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3754	0.4832	0.1275	0.6629	0.5489	0.2678	-0.0002	0.0127	0.0012	0.0978	0.0041	0.1327	0.0785	0.0088	-0.0026	0.0592	0.0041	0.0005	0.0311	0.0037	0.0598	27.556	52.0186	42.0537
2	0.519	-0.3148	0.1426	0.6288	0.7316	0.3388	-0.0046	-0.0412	-0.0113	-0.0855	0.0183	0.011	0.0343	-0.0322	-0.016	0.0837	-0.0153	-0.0136	0.0358	0.0068	0.0523	27.8663	28.0203	35.9665
3	0.8154	0.6206	0.1398	0.8661	-0.0948	0.3676	0.032	-0.107	0.0304	-0.0046	-0.0446	0.1126	-0.0981	0.1094	0.0091	0.0588	-0.0167	0.0049	0.0877	-0.0155	0.054	7.991	47.4304	19.5227

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	25 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	25 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	25 - 123

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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