ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | | モデル構築 | PHENIX | (phenix.refine)精密化 | XDS | | データ削減 | XSCALE | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→29.553 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.2 / σ(F): 2 / 位相誤差: 16.62 / 立体化学のターゲット値: MLHL
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.182 | 5733 | 5.1 % |
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Rwork | 0.167 | 21452 | - |
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obs | 0.167 | 112388 | 99.78 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.689 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 64.99 Å2 / Biso mean: 15.328 Å2 / Biso min: 1.95 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.553 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 9352 | 0 | 0 | 877 | 10229 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.004 | 9737 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.825 | 13229 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d16.933 | 3515 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.06 | 1362 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 1745 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.8-1.82 | | 1 | 0.204 | 3694 | 3695 | 99 | 1.82-1.842 | | | 0.191 | 3723 | | 100 | 1.842-1.864 | | | 0.184 | 3727 | | 100 | 1.864-1.888 | 0.222 | 762 | 0.186 | 2954 | 3716 | 100 | 1.888-1.912 | | | 0.187 | 3765 | | 100 | 1.912-1.939 | | | 0.18 | 3689 | | 100 | 1.939-1.966 | 0.204 | 471 | 0.174 | 3287 | 3758 | 100 | 1.966-1.996 | 0.202 | 191 | 0.174 | 3564 | 3755 | 100 | 1.996-2.027 | | | 0.175 | 3708 | | 100 | 2.027-2.06 | 0.195 | 166 | 0.169 | 3555 | 3721 | 100 | 2.06-2.095 | 0.186 | 423 | 0.167 | 3292 | 3715 | 100 | 2.095-2.134 | | | 0.162 | 3755 | | 100 | 2.134-2.175 | 0.181 | 526 | 0.165 | 3212 | 3738 | 100 | 2.175-2.219 | | | 0.168 | 3760 | | 100 | 2.219-2.267 | | | 0.165 | 3720 | | 99 | 2.267-2.32 | 0.179 | 502 | 0.162 | 3224 | 3726 | 100 | 2.32-2.378 | | | 0.165 | 3729 | | 100 | 2.378-2.442 | 0.192 | 417 | 0.167 | 3325 | 3742 | 100 | 2.442-2.514 | | | 0.165 | 3730 | | 100 | 2.514-2.595 | 0.173 | 383 | 0.164 | 3376 | 3759 | 100 | 2.595-2.688 | | | 0.167 | 3779 | | 100 | 2.688-2.795 | 0.175 | 332 | 0.166 | 3411 | 3743 | 100 | 2.795-2.922 | 0.178 | 274 | 0.168 | 3469 | 3743 | 100 | 2.922-3.076 | | | 0.179 | 3755 | | 100 | 3.076-3.269 | 0.204 | 240 | 0.164 | 3529 | 3769 | 100 | 3.269-3.521 | 0.17 | 234 | 0.15 | 3537 | 3771 | 100 | 3.521-3.875 | 0.159 | 195 | 0.15 | 3567 | 3762 | 100 | 3.875-4.434 | 0.174 | 167 | 0.135 | 3618 | 3785 | 100 | 4.434-5.58 | 0.121 | 219 | 0.139 | 3589 | 3808 | 100 | 5.58-29.557 | 0.166 | 230 | 0.173 | 3612 | 3842 | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | -0.0439 | 0.0169 | 0.0009 | 0.1654 | -0.0085 | 0.01 | 0.0051 | -0.0152 | -0.0176 | 0.0214 | -0.0206 | 0.0466 | 0.0315 | -0.0237 | -0.003 | 0.0031 | 0.0077 | 0.0067 | 0.0318 | 0.0059 | 0.0614 | -22.114 | 53.9999 | 27.0274 | 2 | -0.029 | 0.0176 | 0.0021 | 0.172 | -0.0021 | -0.001 | 0.0199 | -0.0129 | -0.0285 | 0.0069 | 0.0151 | -0.0861 | 0.0165 | -0.0056 | 0.0013 | -0.0886 | 0.1056 | 0.0286 | -0.0339 | -0.019 | 0.0708 | 14.5617 | 47.3891 | 15.5425 | 3 | -0.0361 | 0.0121 | -0.0075 | 0.1704 | 0.0002 | -0.0015 | -0.0167 | -0.0099 | 0.0515 | -0.0209 | 0.0143 | 0.0618 | -0.0098 | -0.0121 | 0.001 | -0.0935 | 0.0979 | -0.0278 | -0.0407 | 0.0064 | 0.1153 | -30.9559 | 9.3223 | 15.4493 | 4 | -0.0485 | 0.019 | -0.0047 | 0.1611 | 0.0036 | 0.0075 | 0.0078 | 0.0054 | 0.0183 | 0.019 | -0.0227 | -0.0601 | -0.0253 | 0.0144 | 0.003 | 0.0049 | 0.0147 | 0.0028 | 0.0141 | -0.0007 | 0.0899 | 5.9791 | 2.8498 | 26.8201 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | (chain A and resid 25:317)A25 - 317 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | (chain B and resid 25:317)D25 - 317 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | (chain C and resid 25:317)B25 - 317 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | (chain D and resid 25:317)C25 - 317 | | | | | | | | |
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