PDB-3kd2: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kd2

タイトル

Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif

要素

CFTR inhibitory factor (Cif)

キーワード

HYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Bahl, C.D. / Madden, D.R.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator inhibitory factor Cif reveals novel active-site features of an epoxide hydrolase virulence factor.
著者: Bahl, C.D. / Morisseau, C. / Bomberger, J.M. / Stanton, B.A. / Hammock, B.D. / O'Toole, G.A. / Madden, D.R.

履歴

登録	2009年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年10月12日	Group: Other
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kd2.cif.gz	463.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kd2.ent.gz	381.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kd2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kd2_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kd2_full_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示
XML形式データ	3kd2_validation.xml.gz	57.5 KB	表示
CIF形式データ	3kd2_validation.cif.gz	78.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/3kd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/3kd2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kdaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yx9-1 5hk9-2 4eus-1 5tnj-1 4eus-2 4dnf-2 6qkw-d 4dm7-2 5hkb-1 5hk9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CFTR inhibitory factor (Cif)

D: CFTR inhibitory factor (Cif)

B: CFTR inhibitory factor (Cif)

C: CFTR inhibitory factor (Cif)

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CFTR inhibitory factor (Cif)

B: CFTR inhibitory factor (Cif)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: CFTR inhibitory factor (Cif)

C: CFTR inhibitory factor (Cif)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.181, 83.887, 88.977
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.50, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CFTR inhibitory factor (Cif) 分子量: 34164.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: secreted protein 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌) 株: PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pDPM73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 877 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.53 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 14% PEG 8000, 0.125M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月17日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→29.55 Å / Num. obs: 112393 / % possible obs: 99.8 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 19.49
反射シェル	解像度: 1.8→1.87 Å / R_merge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 5.16 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→29.553 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.2 / σ(F): 2 / 位相誤差: 16.62 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.182	5733	5.1 %
R_work	0.167	21452	-
obs	0.167	112388	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.689 Å² / k_sol: 0.385 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.99 Å² / B_iso mean: 15.328 Å² / B_iso min: 1.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.553 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9352	0	0	877	10229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	9737
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.825	13229
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.933	3515
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1362
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1745

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.82		1	0.204	3694	3695	99
1.82-1.842			0.191	3723		100
1.842-1.864			0.184	3727		100
1.864-1.888	0.222	762	0.186	2954	3716	100
1.888-1.912			0.187	3765		100
1.912-1.939			0.18	3689		100
1.939-1.966	0.204	471	0.174	3287	3758	100
1.966-1.996	0.202	191	0.174	3564	3755	100
1.996-2.027			0.175	3708		100
2.027-2.06	0.195	166	0.169	3555	3721	100
2.06-2.095	0.186	423	0.167	3292	3715	100
2.095-2.134			0.162	3755		100
2.134-2.175	0.181	526	0.165	3212	3738	100
2.175-2.219			0.168	3760		100
2.219-2.267			0.165	3720		99
2.267-2.32	0.179	502	0.162	3224	3726	100
2.32-2.378			0.165	3729		100
2.378-2.442	0.192	417	0.167	3325	3742	100
2.442-2.514			0.165	3730		100
2.514-2.595	0.173	383	0.164	3376	3759	100
2.595-2.688			0.167	3779		100
2.688-2.795	0.175	332	0.166	3411	3743	100
2.795-2.922	0.178	274	0.168	3469	3743	100
2.922-3.076			0.179	3755		100
3.076-3.269	0.204	240	0.164	3529	3769	100
3.269-3.521	0.17	234	0.15	3537	3771	100
3.521-3.875	0.159	195	0.15	3567	3762	100
3.875-4.434	0.174	167	0.135	3618	3785	100
4.434-5.58	0.121	219	0.139	3589	3808	100
5.58-29.557	0.166	230	0.173	3612	3842	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0439	0.0169	0.0009	0.1654	-0.0085	0.01	0.0051	-0.0152	-0.0176	0.0214	-0.0206	0.0466	0.0315	-0.0237	-0.003	0.0031	0.0077	0.0067	0.0318	0.0059	0.0614	-22.114	53.9999	27.0274
2	-0.029	0.0176	0.0021	0.172	-0.0021	-0.001	0.0199	-0.0129	-0.0285	0.0069	0.0151	-0.0861	0.0165	-0.0056	0.0013	-0.0886	0.1056	0.0286	-0.0339	-0.019	0.0708	14.5617	47.3891	15.5425
3	-0.0361	0.0121	-0.0075	0.1704	0.0002	-0.0015	-0.0167	-0.0099	0.0515	-0.0209	0.0143	0.0618	-0.0098	-0.0121	0.001	-0.0935	0.0979	-0.0278	-0.0407	0.0064	0.1153	-30.9559	9.3223	15.4493
4	-0.0485	0.019	-0.0047	0.1611	0.0036	0.0075	0.0078	0.0054	0.0183	0.019	-0.0227	-0.0601	-0.0253	0.0144	0.003	0.0049	0.0147	0.0028	0.0141	-0.0007	0.0899	5.9791	2.8498	26.8201

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:317)	A	25 - 317
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:317)	D	25 - 317
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:317)	B	25 - 317
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:317)	C	25 - 317

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