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- PDB-3k7g: Crystal structure of the Indian Hedgehog N-terminal signalling domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k7g
タイトルCrystal structure of the Indian Hedgehog N-terminal signalling domain
要素Indian hedgehog protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / alpha+beta sandwich / Autocatalytic cleavage / Cell membrane / Developmental protein / Disease mutation / Glycoprotein / Hydrolase / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Protease / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


vitelline membrane formation / negative regulation of eye pigmentation / camera-type eye photoreceptor cell fate commitment / chondrocyte differentiation involved in endochondral bone morphogenesis / embryonic skeletal joint development / Formation of lateral plate mesoderm / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / cholesterol-protein transferase activity / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / embryonic camera-type eye morphogenesis ...vitelline membrane formation / negative regulation of eye pigmentation / camera-type eye photoreceptor cell fate commitment / chondrocyte differentiation involved in endochondral bone morphogenesis / embryonic skeletal joint development / Formation of lateral plate mesoderm / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / cholesterol-protein transferase activity / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / embryonic camera-type eye morphogenesis / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / Ligand-receptor interactions / chondrocyte proliferation / negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / negative regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of T cell differentiation in thymus / epithelial cell-cell adhesion / retinal pigment epithelium development / proteoglycan metabolic process / Activation of SMO / patched binding / embryonic digestive tract morphogenesis / somite development / self proteolysis / smooth muscle tissue development / embryonic pattern specification / Release of Hh-Np from the secreting cell / head morphogenesis / intein-mediated protein splicing / epithelial cell morphogenesis / positive regulation of smoothened signaling pathway / pancreas development / Class B/2 (Secretin family receptors) / regulation of growth / negative regulation of chondrocyte differentiation / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / cell fate specification / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / embryonic digit morphogenesis / smoothened signaling pathway / branching involved in blood vessel morphogenesis / heart looping / protein autoprocessing / positive regulation of collagen biosynthetic process / response to mechanical stimulus / bone resorption / maternal process involved in female pregnancy / neuron development / cell maturation / extracellular matrix / liver regeneration / positive regulation of epithelial cell proliferation / skeletal system development / Hedgehog ligand biogenesis / Hedgehog 'on' state / multicellular organism growth / osteoblast differentiation / cell-cell signaling / peptidase activity / response to estradiol / regulation of gene expression / in utero embryonic development / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal ...Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Indian hedgehog protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者He, Y.-X. / Kang, Y. / Zhang, W.J. / Yu, J. / Ma, G. / Zhou, C.-Z.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Indian Hedgehog N-terminal signalling domain
著者: He, Y.-X. / Kang, Y. / Zhang, W.J. / Yu, J. / Ma, G. / Zhou, C.-Z.
履歴
登録2009年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Indian hedgehog protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6577
ポリマ－21,1161
非ポリマー5426
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.660, 53.350, 35.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-247-

HOH

21B-282-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Indian hedgehog protein / IHH / HHG-2


分子量: 21115.633 Da / 分子数: 1 / 断片: Indian hedgehog protein N-product / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IHH / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta (DE3) / 参照: UniProt: Q14623
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 2.0M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→23.9 Å / Num. obs: 32115 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 11.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Mean I/σ(I) obs: 10 / Num. unique all: 4650 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VHH

1vhh


解像度: 1.5→21.311 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.56 / FOM work R set: 0.906 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 16.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1837 1627 5.07 %RANDOM
Rwork0.1721 30480 --
obs0.1727 32107 99.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.135 Å2 / ksol: 0.427 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 47.89 Å2 / Biso mean: 13.648 Å2 / Biso min: 4.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.628 Å20 Å20.441 Å2
2---0.044 Å2-0 Å2
3----1.584 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→21.311 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1260 0 27 248 1535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0731771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.711481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077181
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004229
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.54410.19591300.1762519X-RAY DIFFRACTION99
1.5441-1.5940.18511270.16632500X-RAY DIFFRACTION100
1.594-1.65090.17951480.16392525X-RAY DIFFRACTION100
1.6509-1.7170.2131390.17592543X-RAY DIFFRACTION100
1.717-1.79510.19151240.16492532X-RAY DIFFRACTION100
1.7951-1.88970.17421400.15372553X-RAY DIFFRACTION100
1.8897-2.0080.18291220.15172562X-RAY DIFFRACTION100
2.008-2.16290.15241410.1472530X-RAY DIFFRACTION100
2.1629-2.38030.16151160.15922575X-RAY DIFFRACTION100
2.3803-2.72410.19941400.1762548X-RAY DIFFRACTION100
2.7241-3.42980.18611400.16732547X-RAY DIFFRACTION100
3.4298-21.31260.1461600.15712546X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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