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- PDB-3fes: Crystal Structure of the ATP-dependent Clp Protease ClpC from Clo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fes
タイトルCrystal Structure of the ATP-dependent Clp Protease ClpC from Clostridium difficile
要素ATP-dependent Clp endopeptidase
キーワードATP binding protein / alpha-helical bundles / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ATP-binding / Chaperone / Nucleotide-binding / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to heat / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain ...Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / : / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / AAA domain (Cdc48 subfamily) / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Class III stress response-related ATPase, AAA+ superfamily
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Kim, Y. / Tesar, C. / Li, H. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the ATP-dependent Clp Protease ClpC from Clostridium difficile
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Li, H. / Cobb, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp endopeptidase
B: ATP-dependent Clp endopeptidase
C: ATP-dependent Clp endopeptidase
D: ATP-dependent Clp endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,33113
ポリマ－64,2194
非ポリマー1,1129
水4,774265
1
A: ATP-dependent Clp endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0792
ポリマ－16,0551
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ATP-dependent Clp endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2733
ポリマ－16,0551
非ポリマー2192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ATP-dependent Clp endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7065
ポリマ－16,0551
非ポリマー6514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ATP-dependent Clp endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2733
ポリマ－16,0551
非ポリマー2192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.690, 68.523, 81.339
Angle α, β, γ (deg.)66.91, 86.23, 85.33
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp endopeptidase / ATP-dependent Clp protease


分子量: 16054.753 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 2-143, ATP-binding / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal maltose-binding protein fusion which is cleaved before purification and a 6-His tag with a TEV protease cut site.
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD0026, clpC, mecB / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q18CA9
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Citrate pH 5.5, 40% (v/v) PEG-400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→34.55 Å / Num. all: 59636 / Num. obs: 59636 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2970 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXD位相決定
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.5.0053精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.82→34.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 5.491 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.122
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 3015 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.189 56400 --
obs0.189 56400 96.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.253 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å21.21 Å20.65 Å2
2---0.49 Å2-1.4 Å2
3---0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→34.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4354 0 71 265 4690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.9896196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3025592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.70725.517203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.17115897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0051523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9211.52866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72924590
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.04831754
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1044.51606
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 226 -
Rwork0.275 4105 -
obs-4331 95.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3744-0.3025-0.21042.03990.65752.43820.0090.0360.0277-0.0538-0.0451-0.012-0.108-0.05140.03610.0166-0.01490.01110.10740.0130.027917.285556.650744.8236
21.3955-0.4916-0.35152.4137-0.06911.0395-0.01850.0351-0.04-0.07820.0016-0.03390.0197-0.08870.01690.0086-0.0093-0.01230.03140.00730.05849.919186.638572.5418
30.9137-0.5225-0.23763.6439-0.8751.5704-0.1098-0.10360.00880.29990.0892-0.1236-0.12240.08220.02060.03630.0063-0.00190.0636-0.00060.066720.566349.01174.226
41.0519-0.42290.23971.55940.59423.8527-0.0167-0.0786-0.1190.04780.03320.13320.46250.0495-0.01640.06220.00590.0070.06540.00490.03336.979167.784496.5029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 142
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 142
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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