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万見
- PDB-3k6v: M. acetivorans Molybdate-Binding Protein (ModA) in Citrate-Bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k6v
タイトルM. acetivorans Molybdate-Binding Protein (ModA) in Citrate-Bound Open Form
要素Solute-binding protein MA_0280
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ModA / molybdate / Methanosarcina acetivorans / periplasmic binding protein / ABC transporter / ligand / metal-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


tungstate binding / molybdate ion binding / molybdate ion transport
類似検索 - 分子機能
Tungstate ABC transporter, substrate-binding protein WtpA / : / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Uncharacterized solute-binding protein MA_0280
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Chan, S. / Giuroiu, I. / Chernishof, I. / Sawaya, M.R. / Chiang, J. / Gunsalus, R.P. / Arbing, M.A. / Perry, L.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Apo and ligand-bound structures of ModA from the archaeon Methanosarcina acetivorans
著者: Chan, S. / Giuroiu, I. / Chernishof, I. / Sawaya, M.R. / Chiang, J. / Gunsalus, R.P. / Arbing, M.A. / Perry, L.J.
履歴
登録2009年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute-binding protein MA_0280
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3522
ポリマ－39,1601
非ポリマー1921
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.629, 81.629, 104.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Solute-binding protein MA_0280


分子量: 39160.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal TEV-cleavable 6xHis-tag
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
株: C2A / 遺伝子: MA0280, MA_0280 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q8TTZ5
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 4mM Sodium Sulfate, 1.4M Ammonium Citrate, pH6.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→58.62 Å / Num. obs: 84835 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.04 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique all: 7182 / Rsym value: 0.472 / Χ2: 1.004 / % possible all: 82.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.29 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.76
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR2.5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.69→58.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.217 / WRfactor Rwork: 0.195 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.865 / SU B: 4.278 / SU ML: 0.065 / SU R Cruickshank DPI: 0.097 / SU Rfree: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 2184 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.19 43968 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.29 Å2 / Biso mean: 19.883 Å2 / Biso min: 11.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20.47 Å20 Å2
2--0.93 Å20 Å2
3----1.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→58.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2423 0 13 294 2730
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9751.973416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3645315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.45226.032126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.15315398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.793159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211957
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3461.51566
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.67622536
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9973935
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7374.5878
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.734 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 159 -
Rwork0.275 3007 -
all-3166 -
obs--97.48 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.3992 Å / Origin y: 44.2635 Å / Origin z: 14.6913 Å
111213212223313233
T0.008 Å20.0015 Å2-0.0014 Å2-0.0251 Å20.0004 Å2--0.0276 Å2
L1.0005 °2-0.4701 °20.8833 °2-0.6358 °2-0.7898 °2--2.046 °2
S-0.017 Å °0.035 Å °0.0112 Å °-0.0028 Å °-0.0146 Å °0.0274 Å °-0.0387 Å °0.1454 Å °0.0316 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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