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- PDB-5azg: Crystal structure of LGG-1 complexed with a UNC-51 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5azg
タイトルCrystal structure of LGG-1 complexed with a UNC-51 peptide
要素
  • Protein lgg-1
  • Serine/threonine-protein kinase unc-51
キーワードPROTEIN BINDING / autophagy / ubiquitin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


TBC/RABGAPs / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / dauer larval development / nematode male tail tip morphogenesis / xenophagy / positive regulation of autophagosome assembly / GABA receptor binding / phagophore assembly site membrane / plasma membrane repair ...TBC/RABGAPs / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / dauer larval development / nematode male tail tip morphogenesis / xenophagy / positive regulation of autophagosome assembly / GABA receptor binding / phagophore assembly site membrane / plasma membrane repair / cellular response to toxic substance / piecemeal microautophagy of the nucleus / programmed cell death / serine/threonine protein kinase complex / phosphatidylethanolamine binding / axon extension / phagophore assembly site / embryo development ending in birth or egg hatching / apoptotic cell clearance / cellular response to nitrogen starvation / reticulophagy / regulation of axon extension / regulation of cell size / response to starvation / necroptotic process / autophagosome membrane / autophagosome assembly / regulation of multicellular organism growth / autophagosome maturation / mitophagy / axonogenesis / lysosomal lumen / autophagosome / axon guidance / determination of adult lifespan / macroautophagy / autophagy / phagocytic vesicle membrane / cell migration / regulation of protein localization / response to heat / perikaryon / mitochondrial outer membrane / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / defense response to Gram-positive bacterium / neuron projection / regulation of autophagy / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / dendrite / ubiquitin protein ligase binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase Unc-51 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like, tMIT domain / : / Atg1-like, MIT domain 1 / ATG1-like, MIT domain 2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) ...Serine/threonine-protein kinase Unc-51 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like, tMIT domain / : / Atg1-like, MIT domain 1 / ATG1-like, MIT domain 2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein lgg-1 / Serine/threonine-protein kinase unc-51
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Watanabe, Y. / Fujioka, Y. / Noda, N.N.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology of Japan25111004 日本
Japan Science and Technology AgencyCREST 日本
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of the Differential Function of the Two C. elegans Atg8 Homologs, LGG-1 and LGG-2, in Autophagy.
著者: Wu, F. / Watanabe, Y. / Guo, X.Y. / Qi, X. / Wang, P. / Zhao, H.Y. / Wang, Z. / Fujioka, Y. / Zhang, H. / Ren, J.Q. / Fang, T.C. / Shen, Y.X. / Feng, W. / Hu, J.J. / Noda, N.N. / Zhang, H.
履歴
登録2015年10月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein lgg-1
B: Protein lgg-1
C: Serine/threonine-protein kinase unc-51
D: Serine/threonine-protein kinase unc-51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,63318
ポリマ－31,0594
非ポリマー1,57414
水1,928107
1
A: Protein lgg-1
C: Serine/threonine-protein kinase unc-51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,42910
ポリマ－15,5302
非ポリマー8998
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area7550 Å2
手法PISA
2
B: Protein lgg-1
D: Serine/threonine-protein kinase unc-51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2048
ポリマ－15,5302
非ポリマー6746
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area7570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.684, 80.116, 111.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Protein lgg-1


分子量: 14279.358 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-116 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: lgg-1, C32D5.9 / プラスミド: pGEX-6P / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q09490
#2: タンパク質・ペプチド Serine/threonine-protein kinase unc-51 / UNC-51 AIM


分子量: 1250.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q23023
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Tyr was added to the N-terminus of UNC-51 LIR for quantification.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium acetate, cadmium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→55.8 Å / Num. obs: 26489 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.878 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AZF

5azf


解像度: 1.81→55.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.646 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24608 1288 4.9 %RANDOM
Rwork0.21171 ---
obs0.21339 25170 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.174 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.54 Å2-0 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.81→55.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2117 0 14 107 2238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192173
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.191.9662928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88434770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.745245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.93923.448116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.93515395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2881516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3053.142992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3053.141991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0744.6991233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0734.71234
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6083.4121181
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6083.4131181
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7165.0241695
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.50125.5322443
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.19125.0792390
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.806→1.853 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 97 -
Rwork0.252 1768 -
obs--96.53 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.428 Å / Origin y: 16.537 Å / Origin z: 13.041 Å
111213212223313233
T0.2005 Å20.0245 Å20.0245 Å2-0.1752 Å2-0.0582 Å2--0.0306 Å2
L2.183 °20.483 °20.4234 °2-2.6731 °20.2262 °2--2.2825 °2
S-0.0132 Å °-0.5787 Å °0.2148 Å °0.6431 Å °-0.0542 Å °0.1802 Å °-0.2033 Å °-0.0031 Å °0.0675 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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