PDB-5e6o: Crystal structure of C. elegans LGG-2 bound to an AIM/LIR motif

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e6o

タイトル

Crystal structure of C. elegans LGG-2 bound to an AIM/LIR motif

要素

Protein lgg-2
TRP-GLU-GLU-LEU

キーワード

PROTEIN BINDING/PEPTIDE / ubiquitin-like protein / Atg8 protein family / PROTEIN BINDING-PEPTIDE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / KEAP1-NFE2L2 pathway / xenophagy / plasma membrane repair / cellular response to toxic substance / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of autophagosome maturation / cellular response to nitrogen starvation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

Scheffersomyces stipitis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Qi, X. / Ren, J.Q. / Wu, F. / Zhang, H. / Feng, W.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of the Differential Function of the Two C. elegans Atg8 Homologs, LGG-1 and LGG-2, in Autophagy
著者: Wu, F. / Watanabe, Y. / Guo, X.Y. / Qi, X. / Wang, P. / Zhao, H.Y. / Wang, Z. / Fujioka, Y. / Zhang, H. / Ren, J.Q. / Fang, T.C. / Shen, Y.X. / Feng, W. / Hu, J.J. / Noda, N.N. / Zhang, H.

履歴

登録	2015年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年1月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e6o.cif.gz	221 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e6o.ent.gz	180.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e6o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/5e6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/5e6o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5azfC 5azgC 5azhC 5e6nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vbs-d 6t8s-2 2wob-1 2j1u-1 3w9k-d 3mxu-d 2fzp-d 6cii-d 1ouh-d 1gu3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Protein lgg-2

B: Protein lgg-2

C: Protein lgg-2

D: Protein lgg-2

E: TRP-GLU-GLU-LEU

F: TRP-GLU-GLU-LEU

G: TRP-GLU-GLU-LEU

H: TRP-GLU-GLU-LEU

57.7 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein lgg-2

H: TRP-GLU-GLU-LEU

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein lgg-2

E: TRP-GLU-GLU-LEU

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Protein lgg-2

G: TRP-GLU-GLU-LEU

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Protein lgg-2

F: TRP-GLU-GLU-LEU

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.933, 62.351, 67.599
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.540, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein lgg-2 分子量: 13848.853 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 17-130 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: lgg-2, ZK593.6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q23536
#2: タンパク質・ペプチド	TRP-GLU-GLU-LEU 分子量: 575.610 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Scheffersomyces stipitis (菌類)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.39 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.5M sodium citrate tribasic dihydrate / PH範囲: 5.9 - 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.07 Å / Num. obs: 36467 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→47.058 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2408	1816	4.99 %
R_work	0.1774	34552	-
obs	0.1806	36368	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.89 Å² / B_iso mean: 24.1879 Å² / B_iso min: 8.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→47.058 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3979	0	0	470	4449
B_iso mean	-	-	-	34.95	-
残基数	-	-	-	-	477

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4076
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.143	5489
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	574
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	729
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.54	1612

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7979-1.8465	0.3305	150	0.235	2617	2767	99
1.8465-1.9009	0.2833	131	0.2134	2656	2787	100
1.9009-1.9622	0.2571	139	0.2044	2621	2760	100
1.9622-2.0324	0.2628	142	0.1965	2654	2796	100
2.0324-2.1137	0.2574	136	0.1913	2648	2784	100
2.1137-2.2099	0.2309	107	0.1861	2682	2789	100
2.2099-2.3265	0.2455	149	0.1804	2656	2805	100
2.3265-2.4722	0.2195	130	0.1795	2664	2794	100
2.4722-2.6631	0.2603	147	0.1919	2681	2828	100
2.6631-2.931	0.2623	148	0.1874	2645	2793	100
2.931-3.3551	0.224	135	0.1685	2673	2808	100
3.3551-4.2266	0.2458	146	0.1425	2686	2832	100
4.2266-47.0742	0.1976	156	0.1677	2669	2825	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9453	-2.9264	-2.2649	7.4682	-0.6184	7.3852	0.2797	0.2332	-0.6003	-0.5674	0.1995	0.3306	0.3429	-0.1088	-0.4662	0.1646	-0.0084	-0.0315	0.1093	0.0022	0.1824	-12.1297	-16.7356	-22.186
2	9.4278	3.9186	3.3031	4.3538	2.4982	3.984	0.2052	-0.35	-0.0449	0.4233	-0.1709	-0.1373	0.2063	-0.1771	-0.0789	0.2465	0.0372	0.0124	0.1893	0.0009	0.1261	-6.4137	-7.6171	-14.4697
3	1.9216	0.46	1.3393	1.2501	0.8777	4.9003	-0.0245	-0.1146	-0.1967	0.1549	0.2318	-0.4061	-0.1712	0.3745	-0.2173	0.1382	-0.0003	-0.0026	0.2128	-0.0356	0.16	-0.7563	-6.3713	-24.3236
4	3.1829	0.7321	0.358	2.8877	0.6408	3.1302	0.1602	-0.0297	-0.2401	0.397	0.0406	-0.0925	0.3993	0.0501	-0.1734	0.1312	0.0451	-0.0365	0.1586	-0.0031	0.1539	-3.361	-11.9261	-32.9337
5	3.4979	-1.0213	-1.7657	5.4139	3.5415	2.8479	-0.0665	0.0482	-0.0841	-0.2081	0.2081	-0.3139	-0.1817	0.2051	-0.11	0.1263	-0.0116	0.0408	0.1747	0.023	0.1525	1.731	-7.1385	-38.3901
6	2.0041	-0.0171	-0.4079	2.3774	0.8439	1.6733	0.0369	0.0376	0.1201	-0.0196	-0.067	-0.177	-0.0519	0.119	-0.0029	0.1317	-0.0114	-0.0079	0.1181	0.0309	0.1226	-6.3155	-3.5102	-37.0276
7	1.557	-0.6255	1.2524	0.9413	-0.5443	2.4702	-0.0651	-0.024	-0.0296	0.0465	0.0029	0.0227	-0.0871	-0.0234	0.0277	0.0952	-0.021	0.0156	0.0933	0.0144	0.1262	-11.1571	-7.3453	-32.8257
8	4.2143	1.0767	-1.9687	2.9638	1.9865	3.5249	0.0457	-0.293	-0.5343	-0.1372	0.0738	0.0033	1.1473	-0.0336	-0.14	0.2555	-0.0245	0.0024	0.1783	0.0405	0.2542	-37.029	-16.1243	-21.3963
9	3.2876	3.6373	2.2832	4.2098	1.8717	3.1293	0.3745	-0.2944	0.0523	0.2354	-0.1577	0.1291	0.1062	-0.0085	-0.2193	0.1737	0.0221	0.0076	0.1994	0.0034	0.1613	-29.9023	-7.2671	-14.1828
10	1.8171	-0.6979	0.4236	1.4341	1.1848	4.031	0.0286	-0.2365	-0.0166	0.125	-0.2302	-0.0422	0.1883	0.0179	0.1547	0.0886	-0.004	-0.0016	0.0919	0.0177	0.1062	-26.6004	-7.4101	-25.6554
11	2.8723	-1.8693	-0.1831	3.0743	0.6841	2.5849	0.2262	-0.066	-0.4882	0.0935	-0.0093	-0.0546	0.7513	-0.5177	-0.2458	0.2149	-0.0592	0.0187	0.1724	-0.0221	0.2648	-32.1134	-18.5831	-35.7085
12	2.3814	1.6433	-0.9853	6.3194	-3.0733	2.9128	0.1552	-0.2583	0.1669	0.1674	-0.0985	-0.0584	-0.2164	0.2428	-0.0699	0.1296	0.0011	0.0143	0.186	-0.0656	0.1586	-22.2394	-3.5896	-27.5721
13	2.6501	0.5408	-1.7074	6.941	3.4305	4.2438	0.179	-0.0497	-0.1067	0.1819	-0.009	0.0603	0.1792	-0.1229	-0.1278	0.0724	-0.0075	-0.0063	0.0792	0.0133	0.065	-22.3201	-7.1836	-37.8033
14	3.0786	-3.5969	-3.7192	6.8707	3.7537	6.3243	0.0762	0.1583	0.4851	-0.1262	-0.0101	-0.5095	-0.0674	-0.1284	-0.1594	0.1018	-0.0241	-0.0134	0.1304	0.0014	0.1973	-27.8141	-11.146	-43.394
15	6.4577	1.8936	-2.8602	3.3408	-0.8748	1.427	-0.1462	0.7176	-0.5424	-0.442	0.0011	0.3897	0.162	-1.2458	0.0803	0.2908	-0.133	-0.0703	0.4434	-0.0076	0.3187	-32.371	0.2661	-36.2885
16	9.1134	1.8385	-1.9196	2.2243	0.2419	2.5878	0.0727	0.0859	0.2833	-0.2284	-0.054	0.1291	0.1444	-0.12	-0.0329	0.1692	-0.036	0.0066	0.0825	0.0248	0.1889	-30.5147	3.0586	-27.7431
17	2.5894	-3.8293	3.1648	6.5079	-5.7295	5.1862	0.2779	0.2405	0.038	0.2066	-0.082	0.3106	-0.1104	-0.1629	-0.2843	0.1273	0.0182	0.0035	0.1356	-0.017	0.1976	-35.3118	-3.547	-21.0171
18	1.6828	-1.2423	0.2597	1.9685	-1.56	3.36	0.1882	0.1668	-0.1916	-0.1908	-0.0275	0.0527	-0.1157	0.1361	-0.1729	0.1399	-0.0125	0.0021	0.1413	-0.0105	0.1795	-36.4199	-9.2529	-38.7935
19	6.4341	0.1912	4.2788	9.5526	-3.4965	4.3015	-0.2243	0.2952	0.2585	0.1039	-0.0713	0.0944	-1.0901	0.1094	0.3062	0.2839	-0.0029	-0.0404	0.1649	-0.0085	0.1591	-15.3677	10.7672	-53.5346
20	9.5807	4.3321	-0.0468	3.7269	0.1435	1.4036	0.2004	-0.3533	-0.0114	0.108	-0.2123	0.0203	-0.0385	-0.0316	0.0448	0.1601	0.0096	0.0019	0.1163	0.0272	0.0823	-20.4537	1.8964	-46.4626
21	2.081	2.3634	-2.9953	3.5371	-3.9128	5.9617	-0.0851	-0.0757	0.0265	-0.0691	0.0318	0.1608	0.0982	-0.1143	0.0055	0.1082	-0.0028	-0.0019	0.1815	-0.0078	0.1406	-26.2291	1.354	-56.279
22	5.024	-0.2783	-0.0908	5.9577	-1.2566	7.103	-0.1564	0.0752	0.2418	0.1949	0.0327	-0.1021	-0.3392	0.1685	0.0885	0.12	0.0192	-0.0267	0.1344	0.0124	0.1721	-19.997	13.5935	-67.3867
23	2.3935	0.9171	-0.0674	5.5186	2.467	3.0525	0.2011	-0.3852	-0.1474	-0.1957	-0.148	-0.0807	0.1969	-0.5758	-0.0412	0.1767	-0.0142	-0.0326	0.2654	0.0735	0.1445	-29.5661	-1.8378	-60.2805
24	5.8778	-0.7985	0.5001	2.6556	-2.1908	4.1181	0.3223	0.025	-0.2534	-0.1794	-0.0348	0.4647	0.0228	-0.4201	-0.225	0.1323	-0.016	-0.0073	0.2701	0.0172	0.1488	-29.4936	2.4512	-70.2334
25	7.5475	-4.4683	3.5145	6.001	-3.8672	5.6745	0.0422	0.1007	0.0627	-0.09	0.1315	0.4341	-0.0032	-0.2181	-0.1502	0.1189	-0.0192	-0.0097	0.1427	0.0264	0.1537	-24.1065	7.2405	-75.4889
26	9.8192	7.8077	-0.6416	6.1452	-0.6001	0.6274	-0.2497	0.1624	-0.7042	-0.4389	0.2473	-0.4909	0.2802	0.058	-0.0003	0.2666	0.0079	0.0036	0.2116	-0.0141	0.1928	-18.1662	-5.497	-68.6041
27	2.2507	0.178	1.2802	3.344	-2.4601	3.6273	0.0307	0.4718	-0.1787	-0.5764	0.1891	-0.0665	0.4735	-0.0055	-0.1466	0.2643	-0.0235	0.0185	0.1152	-0.0436	0.2347	-20.8895	-8.1543	-60.8934
28	0.395	-0.1446	1.0598	1.8915	-2.632	5.4028	0.0056	-0.0215	-0.0397	-0.0358	-0.0113	-0.0253	0.133	0	0.0322	0.1166	0.005	0.0073	0.1442	-0.0003	0.1406	-16.6805	2.3032	-63.2923
29	6.04	-0.5666	3.8315	3.883	-3.5398	5.1789	-0.4108	-0.0802	0.5716	0.3843	0.0661	0.2421	-0.9868	-0.1108	0.338	0.2578	0.0107	-0.0494	0.1705	-0.0248	0.2588	9.8428	11.0512	-53.6798
30	9.7613	2.9366	-2.401	2.4931	-0.8101	1.5677	-0.0158	-0.9819	0.2425	-0.0957	-0.0604	0.1064	-0.1151	0.0204	0.0391	0.219	0.0394	-0.0229	0.1981	-0.0133	0.1456	3.3346	1.942	-46.2768
31	2.2113	-1.1579	-0.509	0.6814	-0.3333	3.4057	-0.2311	0.0676	-0.1473	-0.0179	0.0406	-0.0862	0.0926	-0.1084	0.1999	0.1229	-0.0204	-0.0059	0.1289	0.0129	0.1033	-0.585	1.3565	-57.6271
32	3.8237	-0.8607	-0.9353	3.6228	-0.6878	5.5195	-0.0385	0.2153	0.4241	-0.1868	-0.0369	-0.2933	-0.1868	0.2583	0.0573	0.1974	-0.0044	-0.0096	0.1706	0.0479	0.239	4.9928	13.6017	-67.4759
33	3.8045	2.5712	0.6239	7.9617	2.6421	3.4975	0.1482	0.0016	0.0906	0.2151	-0.0814	0.3554	0.4548	-0.3877	-0.0859	0.2158	-0.017	0.0193	0.2174	0.0392	0.1398	-4.588	-1.7666	-60.1538
34	4.9856	-1.2929	1.8125	2.2426	0.2682	3.2519	0.2916	0.5233	0.0724	-0.1039	-0.338	0.0228	0.2365	-0.202	0.0499	0.1308	-0.0076	0.0016	0.2362	0.0105	0.153	-4.3115	2.9871	-70.156
35	8.6346	-5.9878	4.7147	6.119	-4.3667	3.1876	0.3162	0.4048	-0.0071	-0.5003	0.0395	0.2799	0.3533	-0.0113	-0.3243	0.2154	-0.0378	-0.013	0.2307	0.0484	0.1895	1.2447	6.8146	-75.8775
36	6.2149	1.7004	-1.8546	0.6233	-0.6637	0.6795	-0.1674	0.7818	-0.6147	-0.6958	0.1279	-0.3109	0.5166	0.2402	0.0325	0.4138	0.0396	-0.0097	0.3295	-0.0227	0.1584	6.9944	-5.4298	-68.4176
37	9.0672	4.9354	2.698	4.1864	-0.1387	2.4846	-0.0825	0.317	-0.6955	-0.3166	0.0371	-0.2634	0.9198	0.2291	0.02	0.4057	0.0033	-0.0122	0.1507	-0.0338	0.2009	3.8476	-8.2213	-60.5729
38	0.8548	-0.2429	0.8081	3.4076	-2.8207	5.9512	-0.0527	0.2058	0.0196	-0.2315	0.0169	-0.1119	0.2723	0.1164	0.0688	0.1323	-0.0053	0.0077	0.1915	0.0061	0.1679	8.3385	2.3008	-63.2734
39	5.3859	-0.3576	2.0123	7.3064	-0.46	0.8546	0.2202	-0.031	0.0375	-0.039	-0.243	-0.4388	0.2452	0.1962	0.0694	0.1766	0.0312	0.012	0.2569	-0.0559	0.1529	-21.0547	-10.9928	-24.7097
40	4.7388	-1.9352	1.637	1.8127	-2.4992	4.0219	0.1042	0.3469	-0.1472	0.0502	0.1322	0.2753	-0.2837	-0.3154	-0.2262	0.2598	-0.0122	-0.0291	0.3394	0.0448	0.2281	-6.0193	5.4308	-56.7934
41	3.4271	-1.7215	-1.3956	4.2628	-0.0431	3.8639	0.0781	0.0184	0.191	0.3046	0.4882	-0.3091	-0.3378	0.0874	-0.4015	0.5283	0.0692	-0.0019	0.4193	-0.0087	0.3823	-30.8632	5.5002	-56.6804
42	7.8933	-0.5161	-2.8167	3.7147	-1.4422	1.7708	0.1127	1.001	-0.5826	-0.2331	-0.3581	-0.0572	0.6818	1.0276	0.2414	0.3056	0.1113	-0.0251	0.5178	-0.0036	0.2566	3.9384	-10.3797	-24.868

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 22 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 34 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 35 through 47 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 48 through 69 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 70 through 80 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 81 through 112 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 113 through 130 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 15 through 22 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 23 through 36 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 37 through 47 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 48 through 60 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 61 through 69 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 70 through 80 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 81 through 93 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 94 through 104 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 105 through 112 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 113 through 118 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 119 through 130 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 15 through 22 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 23 through 34 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 35 through 47 )	C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 48 through 60 )	C
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 61 through 69 )	C
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 70 through 80 )	C
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 81 through 93 )	C
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 94 through 104 )	C
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 105 through 112 )	C
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 113 through 128 )	C
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 15 through 22 )	D
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 23 through 36 )	D
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 37 through 47 )	D
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 48 through 60 )	D
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 61 through 69 )	D
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 70 through 81 )	D
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 82 through 93 )	D
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 94 through 104 )	D
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 105 through 112 )	D
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resid 113 through 128 )	D
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 1 through 4 )	E
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 1 through 4 )	F
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid 1 through 4 )	G
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 1 through 4 )	H

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)