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- PDB-3k6p: Estrogen Related Receptor alpha in Complex with an Ether Based Ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k6p
タイトルEstrogen Related Receptor alpha in Complex with an Ether Based Ligand
要素Steroid hormone receptor ERR1
キーワードHORMONE RECEPTOR / Estrogen related receptor alpha / DNA-binding / Isopeptide bond / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Receptor / Transcription / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / intercellular bridge / steroid binding / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Regulation of RUNX2 expression and activity / fibrillar center ...nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / intercellular bridge / steroid binding / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Regulation of RUNX2 expression and activity / fibrillar center / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / microtubule cytoskeleton / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-related receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Oestrogen-related receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5FB / Steroid hormone receptor ERR1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.996 Å
データ登録者Abad, M.C. / Patch, R.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Development of Diaryl Ether based ligands for Estrogen Related Receptor alpha as Potential Anti-Diabetic Agents.
著者: Patch, R.J. / Searle, L.L. / Kim, A.J. / De, D. / Zhu, X. / Askari, H.B. / O'Neill, J.C. / Abad, M.C. / Rentzeperis, D. / Geisler, J.G.
履歴
登録2009年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid hormone receptor ERR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5872
ポリマ－27,1641
非ポリマー4221
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Steroid hormone receptor ERR1
ヘテロ分子

A: Steroid hormone receptor ERR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1734
ポリマ－54,3292
非ポリマー8452
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
Buried area2690 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.007, 103.007, 110.017
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Steroid hormone receptor ERR1 / Estrogen-related receptor / alpha / ERR-alpha / Estrogen receptor-like 1 / Nuclear receptor ...Estrogen-related receptor / alpha / ERR-alpha / Estrogen receptor-like 1 / Nuclear receptor subfamily 3 group B member 1


分子量: 27164.357 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERR1, ESRL1, ESRRA, NR3B1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11474
#2: 化合物 ChemComp-5FB / 4-(4-{[(5R)-2,4-dioxo-1,3-thiazolidin-5-yl]methyl}-2-methoxyphenoxy)-3-(trifluoromethyl)benzonitrile / 3-(トリフルオロメチル)-4-[2-メトキシ-4-[[(5R)-2,4-ジオキソチアゾリジン]-5-イルメチル]フェ(以下略)


分子量: 422.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H13F3N2O4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium Sulfate, PIPES and Sodium Thiocyanate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月4日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.996→69 Å / Num. obs: 23992 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.87 % / Biso Wilson estimate: 13.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.374 / Rsym value: 0.1008 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.996→2.07 Å / 冗長度: 11.87 % / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Rsym value: 0.4467 / % possible all: 99.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
CNS精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XB7

1xb7


解像度: 1.996→51.504 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.88 / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 20.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 2000 8.35 %
Rwork0.2108 --
obs0.2139 23965 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.205 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.033 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.73 Å20 Å20 Å2
2---1.73 Å2-0 Å2
3---3.461 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.996→51.504 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1752 0 29 127 1908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081808
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1092447
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.934682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007307
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.996-2.04590.32481370.29891504X-RAY DIFFRACTION99
2.0459-2.10120.32831410.28851550X-RAY DIFFRACTION100
2.1012-2.1630.30551390.26211530X-RAY DIFFRACTION100
2.163-2.23280.27511400.23511543X-RAY DIFFRACTION100
2.2328-2.31260.28671410.2021540X-RAY DIFFRACTION100
2.3126-2.40520.24231410.20041539X-RAY DIFFRACTION100
2.4052-2.51470.21611410.19121556X-RAY DIFFRACTION100
2.5147-2.64730.23091410.19021553X-RAY DIFFRACTION100
2.6473-2.81310.26281400.19451545X-RAY DIFFRACTION100
2.8131-3.03030.2161450.19531582X-RAY DIFFRACTION100
3.0303-3.33520.24221440.20821581X-RAY DIFFRACTION100
3.3352-3.81770.21121450.18431592X-RAY DIFFRACTION100
3.8177-4.80930.19581460.17141611X-RAY DIFFRACTION100
4.8093-51.52060.23621590.2021739X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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