PDB-5fsu: Crystal structure of Trypanosoma brucei macrodomain (crystal form 1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fsu

タイトル

Crystal structure of Trypanosoma brucei macrodomain (crystal form 1)

要素

MACRODOMAIN

キーワード

HYDROLASE / MACRODOMAIN / ADP-RIBOSE BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Haikarainen, T. / Lehtio, L.

引用

ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2016
タイトル: Proximal Adp-Ribose Hydrolysis in Trypanosomatids is Catalyzed by a Macrodomain.
著者: Haikarainen, T. / Lehtio, L.

履歴

登録	2016年1月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fsu.cif.gz	106.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fsu.ent.gz	82.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fsu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/5fsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/5fsu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fsvC 5fsxC 5fsyC 5fszC 4iqyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fsx-1 3k6p-d 5fsy-d 3iiq-1 2e6v-1 1sq6-d 5qa5-1 4q8i-d 2e6v-2 6pt1-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MACRODOMAIN

B: MACRODOMAIN

58.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MACRODOMAIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MACRODOMAIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.140, 77.140, 427.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	MACRODOMAIN 分子量: 29175.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C9ZP98
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 0.2 M SODIUM SULFATE, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 20 % W/V PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月3日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 56483 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.1 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 15.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0131	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IQY

4iqy

解像度: 1.95→19.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 3.992 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21912	2825	5 %	RANDOM
R_work	0.18889	-	-	-
obs	0.19042	53658	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.727 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.54 Å²	0.77 Å²	0 Å²
2-	-	1.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3649	0	0	213	3862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3778
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3637
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.43	1.983	5126
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.918	3	8373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.035	5	483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.719	21.824	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.704	15	631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.274	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	573
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	862
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.94	5.099	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.941	5.097	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.068	7.618	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.771	5.602	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.414	203	-
R_work	0.402	3853	-
obs	-	-	99.68 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)