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- PDB-5fsx: Crystal structure of Trypanosoma brucei macrodomain in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fsx
タイトルCrystal structure of Trypanosoma brucei macrodomain in complex with ADP
要素MACRODOMAIN
キーワードHYDROLASE / MACRODOMAIN / ADP-RIBOSE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Macro domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Haikarainen, T. / Lehtio, L.
引用ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2016
タイトル: Proximal Adp-Ribose Hydrolysis in Trypanosomatids is Catalyzed by a Macrodomain.
著者: Haikarainen, T. / Lehtio, L.
履歴
登録2016年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MACRODOMAIN
B: MACRODOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2985
ポリマ－58,3512
非ポリマー9463
水1,44180
1
A: MACRODOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6032
ポリマ－29,1761
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MACRODOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6953
ポリマ－29,1761
非ポリマー5192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.957, 115.590, 70.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2006-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MACRODOMAIN


分子量: 29175.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C9ZP98
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 0.1 M MIB (MALONIC ACID, IMIDAZOLE, BORIC ACID) PH 8.0, 25 % W/V PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 34730 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 39.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.14 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FSU

5fsu


解像度: 2→19.433 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 35.84 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED TO RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 1745 5 %
Rwork0.2136 --
obs0.2156 34678 97.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.433 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3563 0 60 80 3703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083714
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1615045
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0221388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041565
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006644
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.05880.43841330.39262705X-RAY DIFFRACTION96
2.0588-2.12520.47481500.35812702X-RAY DIFFRACTION97
2.1252-2.2010.32631500.33332705X-RAY DIFFRACTION97
2.201-2.2890.35781500.31272723X-RAY DIFFRACTION97
2.289-2.3930.34781380.30312716X-RAY DIFFRACTION97
2.393-2.51890.31361500.27272734X-RAY DIFFRACTION98
2.5189-2.67640.33051440.26142751X-RAY DIFFRACTION98
2.6764-2.88240.31241480.24742767X-RAY DIFFRACTION98
2.8824-3.17130.3031380.2412772X-RAY DIFFRACTION98
3.1713-3.62770.24531480.1972766X-RAY DIFFRACTION98
3.6277-4.56070.18331380.16862787X-RAY DIFFRACTION98
4.5607-19.43360.18131580.15192805X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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