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- PDB-6pt1: Crystal Structure of Class D Beta-lactamase OXA-48 with Meropenem -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pt1
タイトルCrystal Structure of Class D Beta-lactamase OXA-48 with Meropenem
要素Class D Carbapenemase OXA-48
キーワードHYDROLASE / Carbapenemase / Carbapenem / substrate / Hydrolyzed product
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MER / Beta-lactamase / Beta-lactamase OXA-48
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Akhtar, A. / Chen, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI103158 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for Substrate Specificity and Carbapenemase Activity of OXA-48 Class D beta-Lactamase.
著者: Akhtar, A. / Pemberton, O.A. / Chen, Y.
履歴
登録2019年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.country ..._chem_comp.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class D Carbapenemase OXA-48
B: Class D Carbapenemase OXA-48
C: Class D Carbapenemase OXA-48
D: Class D Carbapenemase OXA-48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,24616
ポリマ－123,3084
非ポリマー1,93912
水9,800544
1
A: Class D Carbapenemase OXA-48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2834
ポリマ－30,8271
非ポリマー4563
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Class D Carbapenemase OXA-48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2483
ポリマ－30,8271
非ポリマー4212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Class D Carbapenemase OXA-48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3755
ポリマ－30,8271
非ポリマー5484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Class D Carbapenemase OXA-48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3404
ポリマ－30,8271
非ポリマー5133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.797, 106.512, 95.835
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Class D Carbapenemase OXA-48


分子量: 30826.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaOXA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A482LRD5, UniProt: Q6XEC0*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-MER / (4R,5S)-3-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-4-methyl-4,5-d ihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / Meropenem, bound form


分子量: 385.478 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Sodium Acetate pH-4.6, 30%(w/v) PEG-4000
PH範囲: 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.998→50 Å / Num. obs: 78000 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 1.412 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.033.40.70738550.7620.4460.8381.44599.7
2.03-2.073.40.64639050.7560.4070.7651.50299.8
2.07-2.113.50.52838770.8230.3310.6251.599.7
2.11-2.153.50.50338750.8280.3160.5951.45599.6
2.15-2.23.50.41638900.9070.260.4921.45899.6
2.2-2.253.50.40838980.9090.2550.4821.51399.7
2.25-2.313.50.3939150.920.2440.4611.48899.5
2.31-2.373.50.33438440.950.2090.3951.44199.4
2.37-2.443.50.29438540.9610.1820.3461.46699.4
2.44-2.523.50.24539210.9620.1520.2891.4599.4
2.52-2.613.50.20939000.9750.1290.2461.47199.4
2.61-2.713.60.16838820.9840.1030.1981.41299.2
2.71-2.843.60.13538900.9880.0820.1581.42699.5
2.84-2.993.60.11538920.9910.070.1351.42399.6
2.99-3.173.70.08239090.9950.050.0971.41499.9
3.17-3.423.80.05439140.9970.0330.0641.362100
3.42-3.763.80.03839210.9990.0230.0441.252100
3.76-4.313.80.02939420.9990.0170.0341.097100
4.31-5.433.80.02539440.9990.0150.0291.046100
5.43-503.60.03739720.9970.0230.0441.71798.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.85 Å30.99 Å
Translation6.85 Å30.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HBR

3hbr


解像度: 2→30.994 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2312 1999 2.57 %
Rwork0.1869 --
obs0.1881 77883 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.94 Å2 / Biso mean: 35.8475 Å2 / Biso min: 13.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→30.994 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8029 0 122 544 8695
Biso mean--46.11 38.96 -
残基数----982
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.04780.3531290.3015510794
2.0478-2.10320.31341450.27625411100
2.1032-2.16510.30711440.25945422100
2.1651-2.23490.29471390.2295433100
2.2349-2.31480.2531470.2257543099
2.3148-2.40740.26861440.2266537699
2.4074-2.51690.26421350.2061544399
2.5169-2.64960.24811530.2019539899
2.6496-2.81550.24021410.1963543199
2.8155-3.03270.22431450.20325426100
3.0327-3.33750.21971430.18295491100
3.3375-3.81970.22371460.15965483100
3.8197-4.80960.18991460.14285485100
4.8096-30.9940.18711420.1538554899

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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